这时，上岛的我军便开始在当地征发壮丁，但也就是在这个时候，发现了一个问题，那就是，岛上的百姓已经很少了，仔细打听下才得知，原来在开战前的一个月，日军就开始将那里的百姓移往本州，而我军上岛后攻击的那几支日军部队并非是守卫部队，他们只是负责运送百姓的部队。
这件事情虽然有些奇怪，但是陈唯一将军并未放在心上，他与刘国轩将岛上的一些矿山瓜分之后，便按照兵部事先的安排，开始进行下一步的作战。
在休整了半个月后，镇虏军与镇南军便开始渡海攻击四国岛，但与九州岛一样，四国岛上的守军也是不堪一击，双方没有进行什么大的战斗，日军就开始撤退，他们坐着船，渡海逃往本州岛。
陈唯一将军觉得非常奇怪，他与刘国轩商议了很多次，但总是摸不清日军意图。
元帅是知道的，我军在日本的行动完全仰仗郑森的情报，因此，陈唯一将军就希望郑森的部下能够继续传来更准确的情报，以便摸清日军意图。
但是，由于连续取得了两次大战的胜利，郑森开始有些轻敌起来，再加上九州四国的矿山急需重新开凿，所以，郑森将主要的精力全部放在了这件事上面，而对日本的攻势就减弱了许多。
后来在陈唯一将军的一再催促下，刘国轩才又再次将分散的舰队召集起来，准备将部队运过海峡，直接登陆本州岛。
但就在这时，我军遭受了重大损失。
原来，趁着这一个月的空隙，日军已经重新组织了防御，不仅部队的人数更多，而且装备也更精良，更重要的是，他们建造了一种小而快的帆船，这种帆船船体不大，水手也只有三人或者是五人，但是其速度却比我们的战舰要快，每当其张开全部的帆，那么就能轻易的追上我舰队。
本来我们并没有将这种船放在眼里的，因为不论是刘国轩还是陈唯一将军，他们都认为，这种船在海战中根本就是废物，甚至不用炮就能轻易的撞翻它。
但是，他们都错了，因为日军根本就没有打算将这种船用于作战，或者说，他们根本就没有打算跟我们打海战。
他们在这种小船的船头上装了大量的火药，船头还装上个撞针，他们的水手就驾着这些船冲向我们的战舰和运输船，用船上的火药炸毁我们的战舰和运输船，因为他们的这种战术无异于自杀，所以士兵们就将其称为‘自杀船’。
刚开始的时候，我们吓了一跳，损失颇大，第一次的登陆就这么失败了，当我军第二次登陆的时候，便装了大量的快炮，准备用快炮的火力摧毁那些小船。
日军没有准备，便被我军击败，我军顺利登陆。
上岸之后，我军与早已等候在岸上的日军连续几场恶战，虽然没有一举将其击溃，不过，仗着攻城重炮的威力，还是成功的在岸上占据了几块山地，随后的部队便大量的登陆上岸，本州岛上终于出现了我军的阵地。
这时，我军才发现，这里的日军战斗力十分的强悍，远非九州与四国的日军部队可比，显然这里集中了整个日本最精锐的部队，其中又以岛津师团和毛利师团最为凶悍，与我军战斗之时，他们决不后退，虽然我军比他们更顽强，不过，毕竟地形不利，一直被日军压在海岸附近，未能迅速向内陆推进。
后来虽然又从南洋和台湾调来了援军，并增加了重炮，不过，取得的进展仍然不大，唯有郑山河的一次奇兵攻击，才在日军的北部阵地撕开了个口子，他的骑兵才得以冲杀进去，而我军的步兵也紧随其后，成功的将日军一举击退数十里，使其龟缩到了京都城中。
其实这还是依仗了那些蒙古骑兵部队，虽然郑山河对他们很严厉，甚至有些苛虐，不过那些蒙古骑兵倒真是勇猛的很，不仅骑术精湛，而且极善于近战，正是他们首先冲进了日军北阵地，不过，他们的损失也极大，伤亡差不多是五千人，基本上已无战斗力。
日军并没有在京都城中呆多长时间，他们的主力迅速从城中脱离，而且将城中的皇帝也带走了，只留下了两万人固守京都城，而且城中那些来不及逃难的百姓也被武装起来，为日军主力殿后，阻滞我军追击。
