更为重要的是，两个元帅府的保卫力量更是加强到了无以复加的程度，在这皇宫一带的小小地域里，竟然驻扎着近十五万军队，搞得风声鹤唳，气氛相当紧张，若是再加上双方在江南一带驻扎的军队，整个明朝差不多一半的军队集中在这里，这严重牵制了双方的力量，不仅林清华无法全力向北经营，而且郑森也放慢了进攻南洋的进度。
当然了，在这种对峙下，郑森是明显处于下风的，这是由于，不仅他的陆军少，而且大炮更是少的可怜，无法对镇虏军炮兵形成有效制约，所以，他是不敢住在南京城里的，他的居所位于南京下游十余里的船上，由他的舰队保护他的安全。
既然形势很紧张，那么林清华自然也不能大意，除了加强府邸一带的防守之外，他还特意在府里挖了坚固的底下室，地下室顶上那厚达六尺的水泥钢筋层足以保证他的安全。
林清华不愿意离开南京城的原因除了想向郑森表达自己的坚定立场之外，还有一个原因，那就是就近控制朝廷里的两个皇帝。
虽然林清华与郑森已经分道扬镳，但是对于皇宫里的那两位天子，他们都没有把其挪到外面去的意思，还是与以前一样，皇宫由两人的卫队负责保护，而伺候两位天子的太监也是两人共同招募，由于已经有一年多的时间两人没有再在皇宫里上过早朝，因此， 那两位天子倒显得有些自在了，他们两人除了每日领着太监和自己的妃子们在后花园里赏花看雪之外，就只剩下研究**的兴趣了。
在这过去的两年多的时间里，林清华不仅巩固了他的那些地盘，而且还成功的逼降了云南的土霸王沙定洲，大半个云南和整个广西已经落到了他的手里，除了一些还在负隅顽抗的云南小土司之外，云南已经成为了一块新的财源重地，不仅井盐源源不断的输出，而且气候炎热、人烟稀少的云南还成为了一块新的屯田之地，那些淮河水灾的难民被林清华分批送往云南，在那里定居下来，此举不仅解决了难民们的吃饭问题，而且由于他们都是按照军事编制组织起来的，并组建了民兵师，因此，云南将不再是一块山高皇帝远的地方。
南边的战事渐渐接近尾声，而北边的战事却仍然没有结束。
清军在与镇虏军争夺山西的过程中损失很大，不得已，他们只好放弃了山西，退守直隶，做困兽之斗。
当马满原率领的骑兵部队在鲁南平原再一次沉重打击了清军骑兵之后，山东也告光复。
本来他的部下是想挟胜利之威一鼓做气拿下直隶的，但是林清华却另有打算，他命令部队停止继续攻击直隶一带的清军，转而经营蒙古草原。
在他的命令下，平定云南的部队被大量调到北方，山西镇虏军人数增加到了近十万人，他们按照林清华的安排，分成三支部队，轮换前往蒙古草原作战，由于合理的安排，因此，在漠南蒙古草原上，镇虏军始终保持着至少三万人的作战力量，与他们一同作战的还有由河西回回骑兵整编而成的一个骑兵师，同时还有从青藏高原征募而来的五千蒙古和硕特部骑兵，他们由固始汗的一个儿子统率，协助镇虏军征服漠南草原上的各蒙古部落，逼迫他们与满清断绝一切关系，并向林清华称臣纳贡。
由于双方不仅力量悬殊，而且由于镇虏军武器先进，力量集中，进攻目的明确，因此，当那些各怀鬼胎、一盘散沙的蒙古王爷们看见自己部下的那些骑兵被镇虏军打得象炸了圈的羊一样四处乱跑的时候，当他们看到那些前来支援他们但却也被镇虏军打得狼狈不堪的清军的时候，他们不得不冷静的衡量一下自己的实力，在与和硕特部的使者交谈之后，他们大多选择了改换门廷，向林清华臣服，与满清断绝来往，并将他们的儿子送到武昌，与和硕特部未来的首领一同在林清华派来的老师的教导下学习汉语与汉字。
对于那些不肯臣服的蒙古部落，林清华采取的是以夷制夷的策略，他向那些已经臣服自己的蒙古王爷许诺，谁打败了那些不肯臣服的漠南蒙古部落，那么那个部落的一切东西就归谁所有。
