南北朝、隋、唐是中国佛教极盛时代。佛教含有神秘而又丰富的哲学、修道证功的理论和方法。从来统治中国思想界的儒家各学派，哲学成份极其贫乏，远不是佛学的敌手，就是专门谈玄的老庄学派，规模狭小，对抗佛学，仍不免“鲁班门前弄大斧”，一接触势必败退。恰巧西晋灭亡，黄河流域被野蛮人占领，他们本身文化低微，正需要接受新的教化；长江流域侨居着大量北方士族，他们极度苦恼、失望，正需要强烈的麻醉剂，求得精神上的安眠，佛教流行，再没有更好的机会了。北方的道安、罗什，南方的支遁、慧远，适应社会需要，都成就了最大的业绩。
北朝流行大乘教义，南朝流行小乘宗风；北朝重在翻译，南朝重在义解（理解）。南北朝时代，北朝佛教高出南朝，北僧多到南方传教，大乘逐渐战胜小乘。隋唐时代，小乘衰息，大乘盛行，南方佛教与北方齐驱，最后南盛北衰。北宋时代，佛教在思想界的统治地位，被宋学夺去。南北朝隋唐时代佛教诸宗派列表于下：
涅槃、地论、摄论三家并入他宗，盛行的凡十宗，所属教乘如下表：
十宗中影响中国思想界最重要的有净土宗、法相宗、禅宗三派。
净土宗——道安弟子慧远，东晋末居庐山结念佛社，号白莲社。社友一百二十三人，有僧有俗，有道安弟子，有罗什门徒，成南方佛教中心地。白莲社创念佛修行法，在阿弥陀佛（西方极乐世界无量寿佛，左右有观世音、大势至两大菩萨）像前昼夜六次（昼夜各三次）口唱佛号，心观（想）佛相佛德，据说死后可往生净土（极乐世界）。
唐贞观时代，有善导大师居长安光明寺，大开念佛法门，据说善导在寺三十余年，极少睡眠，手写弥陀经十万卷，画净土变相三百壁，一心念佛，不谈世事，僧俗信仰，门徒甚众，长安肉店，几乎无人买肉。信徒中有的念弥陀经十万卷至五十万卷，有的念佛每天一万声至十万声。某信徒问善导：“念佛一定能生净土么？”善导说：“念佛一定往生。”某信徒礼拜毕，口念“南无阿弥陀佛”，登寺外柳树梢，合掌西望，倒投下地死。大众都赞叹善导善能引导人往生极乐世界。
善导传教与其他宗派大异，他不讲什么高深的哲理，只是教人一心念佛号，在下层社会流传极广。元、明、清三朝都有白莲教起义，“弥勒佛下凡”是当时号召民众的有力口号，因为净土宗有往生极乐世界（弥陀佛所在），别一念佛派有往生兜率（音律。弥勒佛所在）天的说法。弥勒降生，是释迦牟尼在世时的预言，佛教徒全有这个信念。
法相宗——法相、天台、华严称教下三家，是大乘教的主要宗派。法相宗又名唯识宗，又名慈恩宗（玄奘弟子窥基号慈恩法师创立法相宗）。小乘教说“有”，大乘教说“空”，在“有”、“空”中间，不空不有，离有空而合中道的是法相宗或唯识宗。因为有就是有，无（空）就是无，只有明了诸法的相状，才能明了非有非无的中道妙理。相状的根本在体性，相状无论怎样变化不齐，归根不离一识（心）。所以从决判（分析）诸法性相说，称法相宗，从百法事理皆不离识说，称唯识宗。
法相宗讲心、性、情、意识、中道、三学（戒学防止身口意所作恶业，定学收澄放心散心，慧学断惑证真），在各宗派中最精最密，给宋儒理学建立了巩固的基础。
禅宗——印度龙树菩萨创“非有常非无常；非乐非不乐；非空非不空；非有神非无神”及“不生不灭，不不生不不灭；非有非无；不受不著，言说悉灭，心行处断”的教义，鸠摩罗什译坐禅三昧经，龙树禅学开始输入中国。
相传释迦曾在灵山会上拈花，大弟子大迦叶微笑，传授心法，从此开始。二十八传至达摩禅师，自海路到中国，与梁武帝谈道不合，转至河南嵩山少林寺，面壁坐十年，创不立文字禅，被称为中国禅宗第一祖。禅宗依印度祖师例，不说法，不著书，觅得传衣钵人后，前祖就圆寂（死）。至五祖弘忍，号黄梅大师，始开山授徒，门下一千五百人，首座弟子神秀不得传正法，不识一字的舂米人慧能（广东新兴县人）独受衣钵称六祖。从此禅宗分南（慧能）北（神秀）两派（南派主顿悟，北派主渐悟，禅宗分出顿、渐二门），南派尤盛行，派下衍出云门、法眼、曹洞、沩仰、临济五宗。佛教各宗只有法相宗堪与禅宗对抗，其余都落在下风。
四祖道信门下有法融、弘忍两大弟子，道信付法时说：“百千法门，同归方寸（心）；河沙（无量）妙德，总在心源。一切戒门、定门、慧门神通变化，悉自具足（一心全有），不离汝心；一切烦恼业障，本来空寂，一切因果，皆如梦幻。无三界（欲界、色界、无色界）可出，无菩提（最高的道）可求；人与非人，性相平等；大道虚旷，绝思绝虑，如是之法，汝今已得，更无阙少，与佛何殊，更无别法。汝但任心自在，莫作观行，亦莫澄心，莫起贪瞋，莫怀愁虑，****无碍，任意纵横，不作诸善，不作诸恶。行住坐卧，触目遇缘，总是佛之妙用，快乐无忧，故名为佛。”
这种见解，对佛学起着极大的破坏作用，一切法门全被推翻，禅宗虽是极端的唯心论者，但确有它大胆无拘束的革命意义。道信提出这一段大议论，法融不能契合无间，于是衣钵传给弘忍大师。
弘忍首座弟子名神秀，传法的时候，神秀写出一首偈语道：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹尘埃。”众弟子们都认作最好的悟道语。厨下舂米僧慧能听了不以为然，请人代写四句偈语道：“菩提本非树，明镜亦非台，本来无一物，何处惹尘埃。”第二偈超脱高妙，衣钵传给不识字的慧能了。什么人都有传衣钵（得道）的机会，这是禅宗发达的原因。
慧能南宗盛行以后，禅学更向“破坏一切”的方向发展，如临济慧照禅师某日上讲堂问：“赤肉团上有一无位真人（佛），常从你们诸人面门出入。你们不知道的看看。”某僧问：“什么是无位真人？”慧照走下讲座捉住某僧道：“你说，你说。”某僧正待说话，慧照把他推开，道：“无位真人，是什么干屎橛！”说罢，便走归方丈。
把佛比干屎橛，将是何等的大胆。凡是禅宗中人，都敢大胆思考，大胆说话，大胆行动（当然，行动范围只限在禅学上），确有自由思想、自由言论的意义。可是统治阶级最怕的是思想自由、言论自由，虽然还不到禁止禅宗的程度，但已感到有提倡别种学说来抵制它的必要，高谈性命伦常的宋儒学派，在这个契机中开始萌芽了。
