三十四年，倭寇一部六十七人自上虞登陆，经绍兴至杭州北新关西进攻掠于潜、昌化、淳安、歙县、绩溪、旌德、泾县，达芜湖南岸，转奔太平府，东犯江宁镇，攻南京大安德门及夹冈，经秣陵关，掠溧水、溧阳、宜兴，驻军无锡惠山，一昼夜走一百八十余里，至浒墅关遭明兵袭击，逃至杨林桥，被围歼灭。凡奔窜数千里，杀伤军民四五千人，历时八十余日。又一部倭寇不满二百人，自乐清登岸，攻掠黄岩、仙居、奉化、余姚、上虞，杀人民无数，窜至嵊县才被歼灭，历时凡五十日。又一部倭寇数十人，自山东日照登陆，攻掠东安卫及淮安、赣榆、沭阳、桃源，至清河遇大雨，被围歼灭，其他倭寇联合汪直、徐海、陈东、麻叶等贼首，盘据海岛（主要是舟山群岛）及沿海城镇如柘林、乍浦、乌镇、皂林、陶宅、周浦、川沙、高桥等地，有利出来掳掠，无利守险自保，明军坐视，不敢进攻。
三十四年，赵文华大集浙直（南直隶）兵，又约应天巡抚曹邦辅合剿，分路并进，军至松江砖桥镇，倭寇冲来，文华大败，奏称水陆大胜，寇已平靖，请求还朝。三十五年，胡宗宪升任总督。宗宪力主讲和，派使人至日本商议，不得要领，使人路遇汪直，汪直说：“日本内乱，各岛主不相统属，只要明朝允许通贡开市，战祸即可停止。”宗宪奏闻，朱厚熜不许。宗宪设计离间徐海等，海杀陈东、麻叶，宗宪又杀徐海，江南、浙西诸寇略平。日本山口岛主源义长、丰后岛主源义镇各遣使入朝谢罪，送还被掠人口，并称前后侵犯都是中国奸商引诱岛夷，义镇等实不知情，朱厚熜令擒倡乱渠魁及中国贼首才许通贡。三十六年，源义镇遣汪直等载巨船来贡市，巡按御史王本固杀汪直，和议破裂。三十七年，新倭大至，攻掠浙东诸郡，转入福建，自福宁至漳泉千余里，尽成贼巢，蔓延至广东潮州一带。四十年，胡宗宪因罪被逮。四十二年，主剿派谭纶巡抚福建，与名将戚继光、俞大猷、刘显合力痛击。四十四年，福建、广东倭寇悉数歼灭。
剿灭倭寇，主要依靠民兵的力量。剿倭第一名将戚继光，见卫所官军不堪作战，自募金华、义乌民兵三千人，纪律极严，训练特精，戚家军名闻天下。又松江曹泾盐民，击倭至岛上，焚毁敌船，后来见民家有盐袋，摇手相戒不敢犯，又少林、伏牛、五台有僧兵，少林僧四十余人应募击倭，每战必胜。其余各地人民自立队伍，到处截击倭寇，使流动奔窜的寇军不敢远离巢穴。
倭寇**山东、江南北、浙东西、福建、广东，破府州县卫所百余处，掠夺人口财物不可数计，军民死伤不下十余万，全国财富地区，大遭破毁。这一次战祸的远因由于明朝阻止两国间正在发展的商业，近因由于大姓豪绅犯禁贪利，恃势欺压中倭商人。战祸既经开始，朝廷先用赵文华，枉杀剿倭有功的总督张经，继用谄附赵文华、严嵩力主讲和的胡宗宪。朝廷措置乖谬，人民受害无穷。如果战前朝廷允许倭人正式通商，战时任用主剿派，如朱纨、张经诸人，整顿海防，肃清内奸，专力痛剿，何至造成绵延十余年，残破五六省的大战祸？所以直接残杀人民的是倭寇和汉奸，间接残杀人民的是明朝的统治阶级。
（三）第二次战争
嘉靖时代的倭寇，明朝应负激成祸乱的主要责任，朱翊钧万历二十年到二十六年的朝鲜战役，明朝完全是正义的，却因主和派在朝得势，正义战争竟得到可耻的失败。
久经内乱的日本国，当织田信长任关白（最贵官）时开始统一了，到丰臣秀吉继任时完成了统一事业，因而商业资本的发展，也要求向国外侵略了。丰臣秀吉威胁琉球、吕宋等国，使向日本人朝奉贡，大治兵甲，造战船，谋攻灭明朝。他的计划是一路攻北京，用朝鲜人做向导，一路攻浙、闽海岸，用汪直余党做向导。同安人陈甲在琉球经商，听得秀吉的阴谋，急请琉球贡使向明朝告密，陈甲亲归福建，见巡抚赵参鲁陈述所闻。朱翊钧得报，转告朝鲜王李昖。李昖荒**酒色，自辩并不知情，明朝也就不做戒备。万历二十年（一五九二年）四月，丰臣秀吉发兵十三万七千人、战船数百艘，令加藤清正、小西行长充先锋，由对马岛渡海，攻入朝鲜。秀吉训诸将士道：“我要先平朝鲜，令朝鲜做前驱，一举灭明，那时候我要多割土地，封给你们。”五月，渡临津，朝鲜兵望风溃败，李昖弃王京（京城）逃义州，寇军渡大同江，绕出平壤界，朝鲜全国陷没。李昖率群臣奔爱州，遣使向明朝告急。
七月，明游击（军官）史儒率兵至平壤，兵败战死。副总兵祖承训率兵三千渡鸭绿江援救，又战败逃还。败报传来，举朝震动，兵部尚书石星无计可施，募无赖嘉兴人沈惟敬往寇军探消息。惟敬贪和成得赏，力助寇军胜利。石星信任惟敬，赏给游击官号，使往来两军间谈和议。
当时朝臣公议“朝鲜是中国的藩篱，势在必争”，主张派大军出援，石星却一意主和，朱翊钧动摇不定，大体偏重主战。十二月，经略宋应昌、征东提督李如松率兵四万分三路趋辽阳。副将李如柏将左路，张世爵将右路，杨元将中路。沈惟敬自寇军归来，说行长愿退至平壤以西，划大同江为界。如松大会将士，叱责惟敬卖国当斩。二十五日，誓师东渡鸭绿江。二十一年正月，进攻平壤，大破日本守军。行长提败兵渡大同江遁还龙山。明军收复黄海、平安、京畿、江源四道，进军距王京七十里。如松误听朝鲜间谍报告，说寇已弃王京逃走，急率轻骑追至碧蹄馆，中伏大战，寇军战败入城，明军精锐丧失极重，退驻开城。三月，如松走间道烧寇龙山积粮，寇乏食，四月十八日，寇弃王京逃遁，宋应昌、李如松整军入城。分路追袭，收复汉江以南千余里。寇军穷促，退保釜山浦，如松调海军分布釜山海口，断寇交通。
主和派兵科给事中侯庆远奏称“我与倭何仇，我为朝鲜出力已多，应速撤回援军，令朝鲜自守国境”。宋应昌奏称“日本图朝鲜，意实在中国，我救朝鲜，不只为属国谋利益，朝鲜安，蓟辽自然无患，京师也就巩固了”。朱翊钧从石星议，留兵三千暂驻朝鲜，余军撤退归国。
六月，沈惟敬与寇使小西飞等自釜山来议和，石星急求和议成功，待寇使礼极隆重。石星用同党顾养谦为辽左总督。十月，顾养谦奏请撤兵，朱翊钧令明军尽撤归国。朝臣群起抗争，朱翊钧、石星悉置不顾。二十二年和议成。据《明史》说和约凡三条：（一）勒倭尽归巢，（二）既封（封秀吉为日本王）不与贡（不通朝贡），（三）誓不犯朝鲜。据日本史所载和约是：（一）明嫁公主给日本王，（二）两国通商，（三）朝鲜王子大臣到日本当人质，（四）朝鲜誓不反日，（五）日军退出占领地。两方记载悬殊。当时辽东都御史李化龙奏称，“倭不识汉字，恐中间两相欺蒙，请停沈惟敬职”，工部郎中岳元声奏参石星力主和议，有三辱、四耻、五恨、五难。足见石星、沈惟敬利用朱翊钧昏愚，从中欺蒙，三条和约，实不可信。
刑玠受朱翊钧“阳（表面）战阴（暗中）和，阳剿阴抚”八字密命，督军至朝鲜，进攻不力，各路溃败，无法收拾。二十六年七月，丰臣秀吉死，寇军退走，明军自称大胜，收兵归国。
