碇真嗣驾驶Eva初号机被No.12夜之使徒吞入体内，却意外地领悟了夜之使徒的天赋能力‘虚数空间’。而最后夜之使徒被斩杀时，却没有掉落出编号使徒的S2核心。
最后等初号机回到基地进行检查的时候，才发现属于夜之使徒的S2核心竟然被移植到了EVA-初号机的体内，同时大幅强化了初号机的A.T.力场产生效率。
在葛城美里的报告中，碇源渡布置给赤木律子，让她研究No.8、9、10、11号S2核心是否能够让其他几台完全体EVA也觉醒超能力的项目，全部以失败告终。
“好了，下去吧。”
碇源渡挥挥手让葛城美里离开办公室，这件事情是他想太多了。
现在也就只有他自己的‘EVA-航标八号机’与儿子的‘EVA-初号机’完成了A.T.力场的高等级性质变化，各自觉醒了12阶的超能力。
说不定需要驾驶员和机体的精神同步率达到400%以上，才能通过一颗完整的S2核心进行催化，领悟出相应的超能力。
而现在真希波•玛丽•依兰崔亚斯（7号适格者）、渚薰（5号适格者）、铃原东治（4号适格者）、绫波丽（1号适格者）四人中，同步率最高的绫波丽也只能达到281%。
距离400%的EVA超觉醒状态，还差得远。
二年A班的教室里，铃原东治、碇真嗣、绫波丽、真希波、渚薰，五人正将课桌拼在一起吃着午餐便当。
如果不是李墨阳将明日香和娜塔莎拐走的话，说不定秀明先生还真能干出让七名EVA适格者都转到一起当同班同学的事情来。
小碇同学最近由于在驾驶EVA保护世界方面的杰出表现，自信心极度膨胀，已经敢偷偷摸摸地给绫波丽送情书，或者半推半就接受真希波眼镜娘邀请，一起去看电影了。
而且男性朋友他最近也交到了好几个，除了铃原东治的一干狐朋狗友之外，温润如玉的渚薰小生，更是被他引为人生知己。
再加上那个被他以强大的A.T.力场心灵之光，从植物人状态唤醒过来的铃原东治之妹……哦吼吼，小碇同学现在的自我感觉非常之良好，好得不能再好了。
这不，绫波丽刚才还跟他说，晚上要邀请他与老碇同学来尝尝她的手艺。
连一直以来他所不愿意面对的父子矛盾现在都有了缓和的机会，难道我是人参主角？
“儿子、父亲、儿媳，多么和谐的一家人呐～”碇真嗣想到。
“儿子，父亲、继母，多么和谐的一家人呐～”绫波丽也想到。
真希波有些无聊，自己的好玩具要被人抢走了，那么就只好去训练场与EVA-5号机作伴了。
然后铃原东治要在放学后去医院陪妹妹（这才对嘛，支持），渚薰则要去调查亚当胚胎被藏在了哪里（最终教区中莉莉丝肉体被盗的事情，还没有被Seele知道），渚薰要寻找进入最终教区的方法。
五人都有打算，一顿午餐便当吃完，闲聊一阵也就差不多到了下午上课时间。
远在15000万公里之外的《EVA》内晶壁上，突然裂开了一道巨大的漆黑裂口。以三名编号使徒为首领，麾下裹挟着成百上千的低阶使徒军团与数目更多的生化兽军团，迅速穿越漆黑裂口向地球飞来。
又是一次由三名编号使徒组成的联合进攻，NO.13霰之使徒、NO.14霞光使徒、NO.15鸟之使徒，是三名编号使徒首领的名字。
这支使徒联合军团一出现就被Seele的天文望远镜发现，并立刻拉响了全球警报。吃完午餐便当正在等待历史课的五名EVA适格者少男少女们，熟练地跑出教室登上专门的接送车辆。
他们拥有五架完全体EVA和数十架EVA量产机，甚至还有战斗力惊人的‘EVA-航标八号机’与‘EVA-初号机’，根本无惧任何挑战。
哪怕是赶到了基地，美里小姐告诉他们此次的入侵又是三大编号使徒联合进攻，他们也不担心敌人能玩出什么花样。
从力量对比来说，他们确实不用担心。但天文望远镜所没有看到的是，一只将自己隐藏在使徒军团背后的阴影中的巨大生命体，在内晶壁即将裂口弥合的最后一刻堪堪飞了出来。
这只巨大的使徒生物长有六条伸缩自如的带状手臂，巨大的S2核心不同于普通编号使徒的艳红色，而呈现出一种金属感十足的纯金颜色。胸部的骨性支架结构将金色的S2核心环绕在内，头部是抽象的白色面具，肩背颈融合在一起。
雷之使徒的力量位于11阶使徒的顶峰，S2核心上有着淡淡的金色斑纹。
这只整个S2核心都显现出纯金颜色的使徒生物，是真真正正的天使级使徒。
它对A.T.力场的使用技巧出神入化，通过改变A.T.力场防御板层的折光率，就能轻易达到高级光学迷彩的隐身效果。
然后再自己身后塑形出两件巨大的A.T.力场光质涡轮引擎，让一圈圈的金色光芒爆炸开来，高速冲向火星轨道。
身为12阶天使级使徒，它并不属于这次使徒入侵的一部分，而是晶壁意识派遣出来调查白之月狱卒被杀事件的特使。
四条幸存的幽灵龙Boss将黑龙号的灵魂特性_交给这只天使级使徒生物，后者则迅速循着幻想游轮飞行轨迹上遗留的灵魂味道，一路追踪到了地球。
绕道了一趟火星，竟然还比三名11阶编号使徒组成的联合军团先一步到达地球。
12阶的天使级使徒，可以说是这个C等级晶壁中的最强武力。
