使徒军团的海上防御堡垒中并没有大厅一类的地方，可能是这里没有社交活动存在，或者进行军事议会必要的原因。
黑龙号最终到达的地方，原先是一处用来培育生化兽的大型克隆工厂，临时被玛丽安娜清空了出来交由李墨阳作为驻扎地。
核子黑龙号将在这里进行生命树阵图的布设工作，玛丽安娜在与李墨阳匆匆交谈几句之后，便回去接着指挥外面的战斗。
埃蒙•沙利曼对李墨阳突入海上防御堡垒的行为感到不解，虽然不知道具体原因，但却隐约察觉到一种危险的气息弥漫。
他决定全力进攻使徒军团，以免夜长梦多。哪怕多消耗点兵力也没关系，只要能完全掌握这个C级晶壁，就能利用虫族的特殊手段，将之改造成完全受深渊尸章一族控制的Vajra高级虫领。
《EVA》世界虽然不是正常的C级晶壁，但也能让深渊尸章一足的势力大大增加，也许仅仅需要十几年的发展时间，部族的人口总量就能翻上十倍。
晶壁意识指挥着使徒军团全线防守，依仗海上防御堡垒的火力与大型A.T.力场护罩，将虫族拒之门外。
李墨阳正按照预先制定的计划，有条不紊地进行着生命树阵图的布设工作。
丰饶之树的第四属性被彻底激活，大片包裹着浓烈金光的根须从主控室的固定空间门接口中出伸出，快速蔓延攀爬，将整艘黑龙号缠绕成一枚巨大的藤球。
以这枚悬浮在空中的巨大藤球为核心，丰饶之树将庞大的根系伸展过来。在数分钟内，就将整个大型克隆工厂的空间布满。
7架EVA机体与两名剑之使徒也从传送门中走出，按照预先安排的位置，被连接在庞大的根系之上。
这‘十大原质’的连接颇有讲究，并非是每一个原质之间都有相连的路径，总共只有固定的22条，成为‘二十二径’。
第六原质位于生命树阵图最核心的位置，与其他九大原质都有沟通，具有生命之力汇集之处、向整个宇宙传输生命力的意义。
第六原质的功能与卡巴拉生命树各部分器官中的‘树芯’功能颇为相似，也许就是因为丰饶之树融合了完整的卡巴拉树芯的原因，这一处原质竟然成为了第一个被点亮的原质，让李墨阳颇为意外。
而位于这一位置的机体则是EVA-七号机，由绫波丽担任驾驶员。
开启第三次冲击需要将四柄钥匙齐聚，而莉莉丝的空白灵魂现在的身份是绫波丽……这项激活便只能交给她进行——除非剥夺了她的自主意识，也就是杀掉她，才能更换开启者。
但这么做毫无意义，补全计划的控制权并不在于是谁开启了第三次冲击，而在于是谁立于生命树阵图的顶点，第一原质‘王冠’之上。
在第六原质这个生命树阵图的核心被点亮之后，紧接着是第十原质『凡人之路』，这是位于阵图最下位的原质，是基础中的基础，是『物质的王国』。
然后是第九原质『前存的灵力』，再接着是第八原质与第七原质同时被点亮。从这一步开始，生命树阵图便分为『伟大之父』与『至高之母』左右两条路径，分别象征着‘智慧的不可控性’与‘生命本身的恩赐’两条进化线路。
这两条路径各自包括三个原质，除了分支开始的第七、第八原质之外，还需要经过第五原质‘爱’与第四原质‘理性’的转化，才能连接到第二原质『伟大之父』与第三原质『至高之母』，进而最终触摸处于至高位置的‘王冠’。
李墨阳此刻所构建的生命树阵图，就是按照这个顺序激活的。父神当年创造生命的顺序刚好相反，却是从生命的顶点让‘王冠’崩碎，一步步衍生出物质性的‘凡人’。
李墨阳示意绫波丽可以开始了，将被镇压于丰饶之树根系中的白色七目巨人、和亚当的退化胚胎双双送出，同时将他从渚薰的身体中抽取的灵魂‘果冻’也送到了绫波丽所在的第六原质位置。
亚当胚胎与莉莉丝的肉体，和作为莉莉丝空白灵魂的绫波丽，再加上已经被抹消了个人意志的渚薰灵魂……四柄钥匙之间立刻生出强烈的感应，金色的A.T.力场闪闪发光，然后快速向血色的光芒进行转化。
