但事情还没有结束，清朝降伏了外蒙古，将其作为征服准噶尔汗国的前哨站。外蒙古诸部也就理所当然的承担了清朝征服战争的种种义务。据喀尔喀蒙古文档案记载，在1715年至1735年（康熙五十四年到雍正十三年），清朝从喀尔喀四部征调骟马二十三万匹，骡马五万三千匹，骆驼约十万峰，牛四千头，绵羊两百万只，毡子三万块。这是实物征调，还有繁重的徭役，在阿尔泰台、塞尔乌苏——乌里雅苏台、塞尔乌苏——恰克图的驿站，都要令喀尔喀兵供役，在喀尔喀边境上还设有许多哨所和卡伦。吐谢图汗部共设28座卡伦，赛因诺颜部和扎萨克图汗部共设19座卡伦，在喀尔喀西端还设立26座卡伦，都要派遣喀尔喀兵驻守，而各王公还要为这些卡伦供应一切军需物资，至于清朝军队的物资运输也完全由喀尔喀人负担。
这样的竭泽而渔，使得喀尔喀蒙古不堪负重，牧民大量破产，“过度的征集大量骆驼、马匹和绵羊，除了那些两岁的儿马和母马外，最后把牧民所剩下的全部马匹都烙上汗的印记登记了”，“无限制的勒索，带来了兀鲁斯人民的破产。”（《蒙古近代史纲》）。于是，成群的人逃到俄罗斯避难。据俄国档案记载，1730年有2091帐蒙古人赶着5210峰骆驼，68465匹马，14962头牛和131610只羊逃到俄国境内。原因是“在此之前他们向中国皇帝以牲畜纳贡。自从洪台吉（指噶尔丹策零）的战争开始之后，繁杂的赋税多了起来。最后为了移居洪台吉地方，受蒙古将军和王的命令，一个不留的同妻子儿女一同参加征战洪台吉的军队。”（赛切夫斯基《中国边界历史笔记》）另据记载，1734年有喀尔喀人935帐逃到尼布楚地区，俄国地方当局将他们用武力遣返。但不久又有540帐逃入俄境，经遣返后，又有227帐第三次逃到俄国境内。俄国是喀尔喀蒙古人曾经英勇抵抗过的侵略者，现在却成了他们避难的港湾。可想而知受到的压迫剥削何等严重。
这样的剥削使得喀尔喀蒙古人对于清朝的不满日益高涨，而1755年冬又发生了白灾和瘟疫，对于卡尔喀蒙古来说更是雪上加霜。在这个多事之秋，清朝乾隆皇帝杀死了因为疏忽而放走准噶尔首领阿穆尔萨纳的扎萨克亲王额璘沁，额璘沁是喀尔喀蒙古大活佛哲布尊丹巴二世的哥哥。他的被杀引起了诸王公的普遍愤怒，这就引起了1756年的“撤驿之变”。
撤驿之变是以撤驿站、弃哨探为形式的反清斗争。它的发起人青衮扎布是喀尔喀蒙古很有名望的贵族，他与阿穆尔萨纳交好，因此在看到额璘沁被杀后，为求自保，起了反叛之心。虽然是出自私心，但因为正好与喀尔喀人不满清朝的情绪相契合，因此引起了相当大的动乱，各地牧民纷纷举行暴动，撤驿弃哨，袭击清军，并对平素依靠官府势力发放高利贷进行勒索的汉商进行打击，清朝在漠北的驿站全部瘫痪。但是，青衮扎布没有利用牧民的反抗情绪，仅仅想联络上层王公。而上层王公又不敢对清朝彻底翻脸，撤驿之变仅维持了数月便彻底失败。青衮扎布父子被杀，追随者遭到残酷镇压。
这次事件，使得清廷对喀尔喀蒙古加强了警惕，从而用各种手段加强对外蒙古的控制。
首先是设置了驻库伦办事大臣，直接对中央负责，管理土谢图汗部、车臣汗部和哲布尊丹巴活佛属民的所有事务，将土谢图汗、车臣汗和哲布尊丹巴活佛这些在喀尔喀蒙古有着崇高威望和号召力的贵族架空，处于绝对控制之下。
