在入关前，清太宗皇太极不遗余力的打击蒙古汗国的林丹汗，使其败死青海，将内蒙古完全纳入版图。顺治时期，清朝的主要任务是消灭明朝和农民军的残余势力。到了康熙时代，在消灭三藩之后，他收回了台湾，并通过击退准噶尔汗国噶尔丹的胜利，将喀尔喀蒙古也就是现在的外蒙古纳入到直接统治之下。直到乾隆中期，称雄中亚的准噶尔汗国灰飞烟灭，新疆、青海被牢牢的攥在了手心里，至于西藏，驻藏大臣的出现，终清朝一世，没有人怀疑西藏不是“大清”的领土。
说这些不得不说的废话，就是要表明，所谓“自古以来”，还是从清朝说起，才有说服力，才能有个基础来论述内外蒙古独立运动的前因后果。
清朝对外蒙古地区的征服及外蒙古的独立
清廷对于内、外蒙古的态度并不一样，内蒙古诸王公因为是“从龙入关”的功臣，所以最被信任，与清廷联姻也极多，所以清廷对于内蒙古的管理，基本上是“自治”。而外蒙古诸王公对抗清朝征服时间长，归附的时间晚，而其后又有反复，所以并不被十分信任，虽也封官予爵，但还要在库伦（今乌兰巴托）设立办事大臣，以为监督。这就和西藏的情形大同小异。
清朝虽然稳固的统治了这个多民族国家200多年，但并没有形成一个现代化的民族国家。在现代化的多民族国家中，各民族完全平等，都是国家的主人。虽然民族不同，但都有共同的国家观念。而清朝，满族无疑是这个国家无可争议的家长，汉族是这个国家最重要的家庭成员；内蒙古的蒙古族，是家长最重要的亲戚，享有和家长一样的尊贵；藏族按他们自己的话说，与清廷是“供施关系”，是清廷养活和尊敬的僧人；而比较尴尬的，便是外蒙古，他们与内蒙古同宗同源，但却享受不到内蒙古在清朝皇族中的地位。如果说内蒙古是十分认同清朝，可以和满人共同分享家长的权势和荣光，那么外蒙古便是被清朝牢牢控制而又很是疏远的“远亲”。
这样的构成，表面上相得益彰，实则要有强大的武力形成的威权作为后盾，在出现重大的变故，家长无力在维持这种关系的时候便会有“树倒猢狲散”的危机。清朝衰落之后，汉人的革命党喊出了：“驱逐鞑虏，恢复中华”的口号，藏人开始驱逐清朝驻军，外蒙古的独立活动也就风起云涌了。因为，外蒙古对于清朝的反抗，在蒙古人中，除了西蒙古的准噶尔人之外，是最为顽强的。准噶尔人几乎被清朝屠戮殆尽，那么外蒙古的“内附”又是如何的呢？
清朝对于外蒙古的征服和控制可说一波三折。
在清朝征服漠南蒙古也就是内蒙古之后，又不停的向漠北蒙古也就是喀尔喀蒙古渗透自己的势力。面对清朝强大的压力，原本混战不休的喀尔喀蒙古和卫拉特蒙古不得不考虑联合。于是，在1640年，喀尔喀蒙古三部汗王与漠西卫拉特蒙古诸位首领共26名贵族举行了会盟，制定了《喀尔喀——卫拉特法典》。《法典》明晰了贵族的权利和义务，调整了蒙古各部的关系，从新整合了力量，共同应对清朝的征服。在这次会盟之后，喀尔喀汗王们策动了内蒙古的滕吉斯对于清朝的叛乱，并亲自率兵支援。但在清朝的强力反击之下，滕吉斯被镇压，喀尔喀派出的援军也遭到惨败。随后喀尔喀诸汗王对于清朝表示了妥协和退让，与之保持了30多年的和平状态。
到1686年，喀尔喀诸部发生内讧，直接导致了准噶尔汗国的入侵，诸部汗王和大活佛哲布尊丹巴一世纷纷南逃到内蒙古境内，寻求清朝保护。清朝康熙皇帝亲率大军迎战准噶尔军并大败之。借着这次胜利的余威，康熙皇帝在1691年于多伦诺尔与喀尔喀各王公会盟，这标志着喀尔喀蒙古也就是外蒙古正式服从了清朝的统治。
