在深化改革中坚持和完善基本经济制度，需要按照国民经济发展的规律和加强宏观调控的要求，加强公有制经济的控制力和影响力。近年来，质疑公有制经济作用的声音不绝于耳，出现了借打破“垄断”来反对“国进民退”的所谓改革观，导致公有制经济的重要地位受到忽视。部分地区和部分领域中公有制经济的影响甚至日渐式微，这与我国社会主义国家的根本宗旨是完全不相容的。还有一种观点认为，建立完善社会主义市场经济体制，可以照搬西方国家的做法，实行“私有制加公共财政再分配”的制度。但是，从西方国家至今仍未真正解决社会的两极分化问题以及我国改革后收入差距拉大的现实来看，完全依靠非公有制经济的发展，劳资矛盾难以从根本上缓解，建设和谐社会、实现共同富裕也没有坚实的基础。相反，国际金融危机发生以后的事实表明，公有制经济的存在及建立在其基础之上的国家宏观调控能力，始终是社会主义国家化解矛盾和问题的立足点和优势。科学发展观提出进一步完善我国的基本经济制度，重点是要重视维护公有制经济的主体地位，对于我国缓解收入差距拉大、加强国家宏观调控能力和实现共同富裕，具有重要的指导意义。
2．在改革开放中不断推进体制创新。社会主义市场经济体制的确立和完善，是一个相当长的历史过程。在我国经济改革过程中，不同领域的改革，其推进速度和完成程度存在着差异，部分领域的改革相对滞后是正常的。但是，在新的历史阶段进一步深化改革，就必然要触及到一些深层次的矛盾和问题。当前，我国经济改革的对象已由原来的放权让利改革转变为自身的利益调整，体制因素成为制约我国经济社会全面协调发展和构建和谐社会的根源，深化体制改革面临着新的要求。将体制改革的重点转向改革中相对滞后的领域，是科学发展观关于我国深化改革重点内容的新论述。
以创新体制深化经济改革，一是要建立务实高效的行政管理体制、改善民生
的社会管理体制、发展可持续的环境治理体制等，在若干重点领域和关键环节的改革上有新的突破性进展；二是要解放思想，要打破原有的不合理的利益格局，克服部门利益、地方利益和眼前利益的局限；三是要由原来的单向突破改革转向为综合体制改革，由原来的经济领域改革转向为政治社会领域的全面改革。创新体制还需要着眼于打破传统的发展模式，改革与科学发展不相适应的政绩考核制度、招商引资制度、金融监管制度、社会保障制度等体制因素，真正使市场经济体制逐步完善，内外贸体制更加平等，投融资体制更有效率，积累和消费关系更为合理，政府调控更加科学，社会保障更加健全，为实现经济社会又好又快发展提供体制保障。
3．正确处理好改革意愿和社会承受力的关系。在深化改革的进程中，坚持社会主义经济制度和创新体制之间本质上是统一的，但在不同时点和不同领域，也存在着非对抗性矛盾的一面。创新体制不能漠视或者损害社会主义的原则，而坚持和完善基本经济制度也需要在实现形式上进行新的探索。科学发展观将维护基本经济制度和创新体制相统一，就是既要尊重群众的首创性和实践的丰富性，也要坚持发展的基本原则和考虑社会的承受力。科学发展观要求在坚持基本经济制度基础上推进体制创新，在社会承受力基础上加快改革，就是要避免那种脱离实际和群众诉求的深化改革倾向，更是要防止单纯按经济利益导向的深化改革。
