魏学曾不知是大脑进水了还是实在不喜欢打仗，他居然给万历皇帝写信说，还是招安吧。万历皇帝生气了，这一气真是非同小可。气得直骂。在此期间，各路大军都赶到了宁夏城，李如松率领宣大兵团抵达宁夏城南，从而切断了哱拜老头与蒙古骑兵的联络。更狠的是叶梦熊，调了神炮器四百车到达了宁夏城不远的灵州。一个月后，魏学曾被万历皇帝召回京城，扔进了监狱，并任叶梦熊为总指挥官。
万历觉得国库有点支撑不住了，希望叶梦熊能速战速决。而叶梦熊经过几天的观察后发现了几个问题，第一，军令不严；第二，军饷不发；第三，监军太监太不是东西。万历得知此事后，下令：有敢违抗叶长官军令者斩，重赏军卒，把监军太监调回京城，扔进监狱。命梅国桢为监军。看着国库一天一天空虚下去，万历皇帝给叶梦熊捎话，必要时可放黄河之水灌它。
叶梦熊果然听话，先是在宁夏城四周筑堤，这样做的目的是不让河水外溢。到七月十七日，一千七百多丈的长堤筑成。宁夏城里的哱拜老人看见明朝士兵在城周围修东西，不明白他们在干什么，等到大堤一成，黄河之水天上来的时候，他傻了。到了八月初一，宁夏城外水深已达八尺；黄河之水冲刷着城墙，东城很快坍塌百余丈。明军虽然没有从这个大口子冲进来，但哱拜老头着实吓出了一身冷汗。
八月十二日，叶梦熊派人向哱拜老头投了一封信，让他在三日内开门迎接自己进城。哱拜老头觉得叶梦熊有毛病，断然拒绝了。他之所以觉得叶梦熊有毛病，是因为在边境线上，还有他的兄弟——河套部的骑兵。
但一切都是梦，当八月二十一日，这些骑兵准备向宁夏城外的明军进攻时，李如松一鼓作气把这群骑马的家伙赶出了塞外。九月，叶梦熊发动了对宁夏城的总攻，经过三日激战，攻下了南城，剩下孤零零的大城。哱拜老头依旧不投降，在这个鞑靼看来，投降就是对自己和自己祖宗的侮辱。
这时，梅国桢使用了一反间计，彻底地离间了哱承恩和土文秀与哱拜的义子哱云还有刘东旸之间的关系，使得几人自相残杀，大城很快被攻破，叶梦熊斩草除根，杀了哱拜全家。
万历皇帝知道后大喜，十一月，叶梦熊班师回朝。在浩荡的凯旋之师扬尘舞蹈之时，大明的国库已经见了底。
有人说，平定哱拜之乱，大明在西北边境大振了国威，使得沿边的蒙古各部慑于威势而在相当长一段时期内不敢轻易入塞骚扰。但另一方面，张居正推行改革所缓和的严重的财政危机在此征讨后又加剧，社会秩序动荡不安。据统计，平定鞑靼老人哱拜之乱的战争花去了二百多万两白银。
当然，这位鞑靼人的叛乱根本就没有招安的可能，所以只能用战争手段来解决。但不得不承认的是，在深宫中的万历皇帝显然是在炫耀自己的帝国，要不然，为什么在其他事情上他实施断头政治，而在战争上，却不断头？
他平定鞑靼人的叛乱完全是出于炫耀之心，他可以在帝国的其他方面放任自流，但在战争上，却从不马虎。是不是可以这样理解，这位躲在深宫里的皇帝有一种阴暗心理：既然我不能文治，那么，我就炫耀我的武功。
>>>抗倭援朝万历十九年（1591年）四月，万历皇帝听到了这样一个消息，弹丸之地的日本想要从海上进攻中国，万历皇帝笑了半天，几乎直不起腰来。但笑归笑，他绝对不是夜郎自大的皇帝，笑完后，他立即命令沿海一带加紧防守，倭寇并没有来。第二年五月初十，朝鲜国王送来消息说自己现在已经不是国王了，原因是倭寇占领了他的老窝。同时还把倭寇首领丰臣秀吉的宏图告诉了万历，在这份宏图中，丰臣秀吉展望了未来，准备灭掉明朝，并且已经把天皇住北京、他住宁波的住所问题都作了详细的展望。
