万幸的是，万历皇帝对这种胡说并没有如其他皇帝那样很重视，原因是，他对任何事情都不重视。所以，只有徐兆瑞在那里空喊，东林党毫发无损。可李三才就倒霉了，因为顾宪成的那封信，他已经没有任何理由入阁。并且，他原来的职位也无法保住，他只好请求辞职。当他一连向皇上上了十五次辞职的疏章没有得到回音后，他就不等皇上允许，自动离职卸任，回通州定居去了。
李三才事件拉开了东林党与反对派的争斗，在这件事上，无论后人多么想为顾宪成辩护，但一条不容置疑的事实却是，他希望李三才入阁来提高东林书院在朝廷的影响。
虽然，他后来解释说，自己所写给叶向高的信的缘由只不过是出于对李三才的了解与肯定，但在攻击他的言辞里，都有这样一条：李三才本就是东林一伙的。
几年后，发生了明末三案，直接引起了党争。这三案是梃击案、红丸案、移宫案。梃击案我们在前有所介绍，这里不再赘述。红丸案发生在泰昌元年（1620年），万历皇帝的那位太子朱常洛即位后不久就得了重病，司礼监秉笔兼掌御药房太监崔文昇进泻药，服后病益剧。鸿胪寺丞李可灼就献上了两颗红色的丸子，说是仙方，可长生。朱常洛服后不但没有永远不死，反而立即就死了。朝臣群起弹劾崔、李二人，东林党人立即怀疑此二人是受郑贵妃指使而下毒；而反对派却反对，其实这些人反对的目的就是因为东林党赞成。争论一起，大学士方从哲从中协调，事久决不下。最终，两派谁也没有取得胜利，朱常洛死后，儿子朱由校即位，抚养他的李选侍坚决居住在乾清宫，以把持朝政。都给事中杨涟、御史左光斗等联合大太监王安迫其移宫哕鸾宫。朱由校正式即位后，此事引起争论，成为官僚派系斗争的内容之一。
东林党的势力逐渐扩大，特别是当朱由校登基后，由于是他们的努力，所以皇帝对这些人很是器重。在这样的情况下，一些失意的政客，善于钻营的士大夫纷纷投进东林，而且，在这些人信誓旦旦的承诺下，东林也接纳了他们。
在后期，东林党之所以敌不过阉党，有一部分原因即在此。诸多的政客发现自己所凭借的东林已经不是当初的东林时，他们立即掉转，把枪口对准了真正的东林党人。
我们回过来看，当初，万历皇帝下令全国开展矿监税使活动，最先反对的就是东林党。这并不是说，他们在为天下百姓着想。因为在万历皇帝最先派出矿监时，老百姓的利益并没有受到影响，而受到影响的是一些富民。那么，东林党的人是些什么人呢？这些人大都是有功名、田地或是资产的中小地主阶层。
税使刚刚成立时，其所征税的对象也无非是一些开旅店的店主，这些人自然也被称为富户。也就是万历皇帝侵犯了他们的利益，才使得他们奋起而反对之。
在天启三年（1623年）的京察之中，东林党人赵南星掌管吏部，力斥反对派官员亓诗教、赵兴邦、官应震、吴亮嗣等，议当罢黜。吏科给事中魏应嘉坚决不同意。赵南星可不管，总之，不和自己站在一边的就是敌人。他写了《四凶论》攻击亓诗教等，最终这些人在强大的东林势力的打击下被罢黜了。从各种史料来看，赵南星通过这次京察大肆打压其他派别的人，完全是一种斩草除根的想法。的确，东林官员不与阉党合作，从而获得清誉之名。但东林党人以“清流”、“正人”自诩，对三党官员心存报复，对政见不合者均斥为“邪人”、“邪党”，甚至直指为阉党，却也是他们的愚蠢之处。这样造成的结果就是：被东林排斥的官员，便投依阉党求存。东林执政后反而在朝官中日益孤立，而魏忠贤的阉党的势力却得到了极大的增强。
针对这次京察中东林党人的报复行为，前辈学人谢国桢先生就说：“天启三年的京察，赵南星未免作的太辣，但后来魏忠贤的残戮，又未免太毒了。”他这句话其实还可以这样来理解，后来东林党人被魏忠贤大肆清洗，一半责任要归于自己。
