可以说，顾宪成在万历二十二年（1594年）之前，想要有所作为是有心栽花，而万历二十二年以后，其所为却是无心插柳，这棵柳树引起的党争并不是顾宪成所能想到的。
所以历史往往原谅这样“无心为恶”的人，虽恶不罚。
>>>并不纯净的东林党被对手扣以“东林党”这个帽子，其实戴起来并不舒服。明时所谓的“党”，文雅一点来讲是派系、团伙；不文明来讲，所谓“东林党”就是在东林书院和与东林书院有来往的那群家伙。
所以，这群家伙并不都是仗义之人，并不都是想为天下出力之人。顾宪成就曾在京察中联合吏部尚书打击内阁一派的推荐人，这些后来没有升职或者是被贬的人中肯定有多才刚直之人，只不过是内阁一派，就被顾宪成打击掉了。
他被清除出朝廷后，一心研究学术，对朝廷之事并不过问，直到李三才的出现。李三才这个人很倒霉，他在凤阳做巡抚时给万历皇帝上疏并没有得到重视，后来结识了顾宪成，并成为好友，他很为这个朋友的讲学所为而激动。当朝廷希望顾宪成到南京就职时，李三才给顾宪成写信，希望他能重新出山。但顾宪成只是一笑置之。
可第二年，由于万历皇帝长时间的断头，内阁大量缺人，时大学士叶向高提议推选阁臣，朝中很多官员推选了李三才，但却遭到工部郎中邵辅忠的强烈反对，反对的理由几乎可笑，他们认为李三才生活太奢侈。李三才在这方面的确不怎么注意，可这种生活细节无论如何都不能成为不能当阁臣的正当理由。通过叶向高的解释，我们得知此人正是前首辅王锡爵一党的，而且，此人也知道当年诸多兄弟在京察中落马，完全是顾宪成一伙的东林党人所赐。而李三才又和顾宪成交往甚密，这样成了邵辅忠反对的理由。
一时之间，诸多人站出来反对，诸多人站出来表示赞成。朝廷上下，南京北京仅围绕着一个阁臣问题开始了激烈的争论，由就事论事发展到了个人攻击，再由各人攻击发展到了派别之争。
一个李三才竟然引动了整个大明帝国两京的大臣们打嘴仗，真是毫无天理。远在无锡的顾宪成听到这个消息后，就出于好意——别的一点意思都没有——给当时的叶向高写了一封信，他说，自己和李三才是再好不过的朋友，对这位朋友很是了解，无论是能力还是人品，都对得起阁臣之职。
先接到他的信的是李三才的好朋友御史吴亮，这个头脑简单的家伙居然把这封信抄在了邸报上，遍递各衙门。无疑，这激起了那些反对李三才入阁的人的愤怒。他们认为，顾宪成以一介草民，居然敢干预政事，简直是大逆不道。
不过，在这个时候，关键是打胜李三才入阁这一仗，至于顾宪成，随便牵扯进来就是了。几天后，反对声最高的御史徐兆瑞忽出奇招，认为东林书院干预朝政，并给其命名为“东林党”。
徐兆瑞在大明的功劳本上并没有留下什么，但在反对东林那些家伙的历史上却写下了很浓重的一笔。他多次在奏疏中诬陷东林书院与顾宪成，在他的言辞中，不知道历史的人还以为当时的执政政府是东林书院，而不是万历皇帝。自然，顾宪成是他首先冲击的对象。他说，此人虽然远在山林，却能遥控朝廷事务，这种胆量如果再让其发展下去，有一天不是要造反吗？
为了彻底地搞臭东林党，徐兆瑞捏造了东林书院的种种罪状，比如，说东林书院在浒墅关附近的小河向来往商船收税，胁迫浒墅关的官吏以“修书院”的名义向东林书院送银两；东林书院的成员到各地讲学，动辄一百多人，要县衙门迎接款待，每次耗费银子二百两上下；东林书院的讲会“杂以时事”，它的讲义刊印出来，涉及地方政治事宜，各地方政府必须照办。
