接着就是争国本事件，顾宪成和其他小言官员与内阁进行了长时间的争斗。事实上，在国本之争上，两派没有根本分歧，都主张册立太子，但当权的阁臣为了保住自己的位子，不想过分催逼万历皇帝，认为多言为无事生非，要长远一点来看问题；而顾宪成等言官们却不这样想，在他们看来，所谓的深谋远虑根本就是扯淡，我现在看到了皇上不立国本，那么，就必须要求他马上立国本。最后，顾宪成把天下百姓搬出来，他自己推测，这是天下百姓的意思。
众所周知，从古到今，任何一个人都代表不了天下人，即使圣贤如孔夫子，也还有反对者。顾宪成居然不以为耻地想代表天下老百姓，简直是荒唐之极。
王锡爵当时就冷冷地说，依你这样讲，就让人很奇怪了。为什么朝廷有什么决定，天下就必然反对呢？
顾宪成读了那么多书，反应当然敏捷如猴，立即把球打了回去：我也奇怪的是，为什么天下有什么意见，朝廷就必然反对呢。
王锡爵笑了笑，不久，顾宪成被贬回老家当无业游民。他一回到老家，就将自己在朝堂上的失败归结于政治不可玩，玩火者，必将自焚。于是，他把目光投向了文化。就像一个在生意场上大败而归觉得自己不是商人材料的人准备再进修一样，顾宪成开始在无锡交天下客探讨学术，称之为讲学。
此人本身就在嘴上有独到之处，况且，在朝廷时，与他同道之人多如牛毛。这些人在朝堂之上自然和顾宪成一样，很难待久。当他们一旦被贬为无业游民后，自然就找到了顾宪成在无锡的讲学之所。
十年后，顾宪成修复了前人留下的东林书院，经过十年与各种各样人物的交流，顾宪成的学术水平已不是一般。各地来听他讲学的人也多起来，东林书院名声大振，在许多老百姓眼里，这里住了许多好人。而这种好人是与朝廷的坏人针锋相对的。
但倘若要说，此时已有东林党，那显然是对历史不负责任。首先，顾宪成在东林学院只是讲学，他并不像后人传说中的那样评议时政。略有头脑的人就会想到，顾宪成并不像其他被贬的官员一样受过身体之苦，所以他对朝廷的愤恨并不深，他回到无锡后之所以讲学无非是因为看透了官场是一是非之地。一个具有这样想法的人怎么会回过头来对是非之地大谈特谈呢？假设他总是评议朝政，朝廷难道会任凭他胡说八道而不理？
有一点是不容置疑的，当时诸多被贬官员总到他那里听他讲学。这就让人有一种感觉：东林书院是失败者的乐园，大凡失败者对打败他的敌人肯定不会有什么好评价。
所以，有时候，一件事情你做没做并不重要，重要的是有人说你做了。认为顾宪成在东林书院评议时政，并将其命名为“东林党”的内阁一派之所以会这样讲，无非是因为当时朝中有许多反对派都是倾向于东林书院的，即使不是很倾心于东林书院，但对顾宪成于东林讲学并无恶感，或许还去听了几次。内阁一派为了大范围地打击这些人，总要找到他们的老巢，而这个老巢就是东林书院。
有人曾将东林书院的那副“风声雨声读书声声声入耳，国事家事天下事事事关心”的对联当作是顾宪成议论时政的证据，但这副顾宪成写于年轻时代的对联就像是一个人的衣服，难道穿黑衣服的人就都是黑社会吗？
但凡一个人做事都有一定的目的，倘若顾宪成当时真的有评议朝政之事，那么在万历三十六年（1608年）他接到圣旨去南京任职时却婉言谢绝*就成了怪事。按照常理来讲，评议朝政无非是希望自己能颠倒该时的朝政，他不去做官，就说不过去了。
那么，顾宪成在东林书院干什么呢？历史告诉我们，他的确在讲学，讲孔孟思想，他想要从当时对孔孟思想纷繁复杂的解释中告诉人们真正的孔孟到底说的是什么。
所谓东林党的形成是明朝晚期的一件大事，东林党并不是一些人所说的那样，清纯可爱。明朝的灭亡，和他们的反对党一样，他们也有一定的责任。
