在孙承宗督师山海关的四年里，一共修筑了大城九座、堡四十五座，练兵十一万，建车营十二、水营五、火营二、前锋后进营八，造甲胄、弓箭、炮石等器械数百万，开疆四百里、屯田五千顷、岁入十五万石。明朝自努尔哈赤起兵以来，辽东的形势稍稍开始出现起色。可以说，明帝国是凭借着孙承宗造就的这些军需后备才与清军继续周旋了十七年之久，并不为过。
当孙承宗再度出山时，帝国的辽东形势已经非常不好。他最为倚重的帝国将才袁崇焕在他出山不久就被崇祯皇帝囚禁，直至杀掉。
当时，袁崇焕的亲信祖大寿等愿以封爵和家族性命担保袁崇焕无事而不可得，遂决意率兵逃逸，崇祯皇帝大惊，以为祖大寿叛变。孙承宗却上书称：“大寿危疑已甚，又不肯受满桂节制，因讹言激众东奔，非部下尽欲叛也。当大开生路，曲收众心。辽将多马世龙旧部曲，臣谨用便宜，遗世龙驰谕，其将士必解甲归，大寿不足虑也。”
过不久，孙承宗二赴宁辽东战场。据说，当边关将士闻听孙承宗来到时，忘记了饥饿和疲惫，欢呼雀跃。祖大寿知孙承宗督师，立刻率本部人马去麾下听命。辽左危局乃得以粗安，人心始定。
孙承宗离开边关已经四年，四年时间并没有消磨掉他的斗志。当他到达山海关的时候，山海关因为遵化等四城被后金占领。山海关进入京师的道路已经被堵死，满洲人看见山海关已经无险可守，计划从山海关的后面攻占。如果这时满洲人此计得逞的话，明帝国在这个时候就可以完蛋了。
孙承宗当然预料到了这一点，他采用他最善于的“筑造”方针，派人督造了一面墙，在上面放置了数十门大炮，平射来犯的满洲人。
满洲人见无好处可寻，只好撤兵。崇祯三年（1630年）五月九日，明军在孙承宗的统一指挥下，祖大寿、马世龙等诸将士奋勇杀敌，大败清军二大贝勒阿敏，阿敏本人于十二日弃守滦州，六月三日之前，永平、遵化、迁安、滦州四城都被明军克复。
此战结束后，孙承宗用他那洞若观火的眼睛看到了蓟辽备守的重要性，他请崇祯皇帝下令修复大凌河一带。事实上，这一举措在后来被证明是最正确的。可惜，当时的帝国内部——兵部和内阁都大加反对。他们认为这是劳民伤财，并且在他们看来，一点必要都没有。
满洲人却认为这很重要，在孙承宗与兵部和内阁的请求信件来往过程中，满洲人立刻派出精兵赶来。孙承宗没有办法，只好赶赴锦州，派出两员大将救援祖大寿。但是，他派出的这两员大将都认为对方不怎么样，认为自己很行，于是，都想各自为战。满洲人就喜欢这个。在长山坡，两个人前后遭遇满洲人，一打就败。大凌河坚守一段以后，被守将祖大寿主动献出。
身为主将的孙承宗自然有逃不过的责任，但是这种责任是谁造成的，崇祯皇帝并不过问。他立即罢免孙承宗，并且，还因此把以前的功勋一并追夺。孙承宗并没有什么不快，可崇祯皇帝却认为，对孙承宗是仁至义尽了。
孙承宗被夺官后并没有闲着，他把帝国的安危看成了自己的安危，甚至要高于自己的安危。他向崇祯皇帝写信，表达了即使我不在辽东，我也会心系辽东的心境，并且，还洋洋洒洒地写了所谓的《边计十六事》，崇祯皇帝闭着眼睛，在这位年轻的皇帝看来，你失败了就是失败了，没有什么好说的。一个失败者的建设性意见难道是想把我往火坑里推？
就这样，一位在辽东局势上最具有创意、在实践中最有成效的战略家孙承宗闲了七年！
明崇祯十一年（1638年）十一月初九，满洲人四次入塞，像疯了一样地奔向高阳。我们最可敬的老人家孙承宗举枪大声呼喊，聚集了亲友故旧和乡人，准备和满洲人决一死战。
