郑芝龙想的自然和儿子不一样，即使一样，他也会寻找借口反驳儿子的观点。因为在他心中早就没有了忠诚的概念，而郑成功却满脑袋忠心。
当他认为分析形势不能打动父亲时，他又从降清后的利害关系来进行规劝：“老虎离开山中还能叫老虎吗？您一离开福建还是您吗？”
郑芝龙当然想过这个问题，但是，清朝答应他会保护好他的一切，老虎如果离开山中还有肉吃，为什么还要在山里受苦？
他当然觉得儿子说的都是废话。当他准备去福州面见清军时，郑成功对父亲的邀请嗤之以鼻，“我只听过父亲教儿子以忠，还没有听过父亲让儿子背叛的。您今天不听儿子的话，他日倘有不测，儿会为您披麻戴孝的。”
但是，他没有等来父亲的不测，等来的却是隆武帝出福建入江西后被杀的消息。他愤怒之下招集了三百多人，跑到海上和清军对抗。最初两年，在强大清军的阻击下，他没有打过胜仗。永历三年（1649年），他跑到了广东揭阳一带活动，先后攻破潮州外围等数十处清军据点，第二年，他的队伍壮大，该年八月，回师厦门。到了永历五年（1651年），郑成功凭借着坚强的战斗意志和杰出的政治军事才能，已经掌控了他父亲曾经统一过的地方。
永历五年三月，郑成功以厦门为基地，开始准备与清军对峙。郑芝龙受清军所托，给他写信，希望他能投降。
郑芝龙在这个时候脑袋似乎进水了，当初郑成功没有一兵一卒都不投降，如今有了五六万人马，怎么可能投降？
永历八年（1654年）二月，清朝的顺治皇帝实在受不了郑成功在福建附近的骚扰了，要求郑芝龙摆平这个不孝的儿子。郑芝龙没有别的办法，他在北京虽然不愁吃穿，但清军不让他出北京，他只能写信给儿子，劝他投降。
郑成功懒得理父亲：太讨厌了，我在这里的事业正如日中天，你却要我投降？怎么说都说不过去！他继续发展自己的力量并且骚扰清军。到了永历十年（1556年），他的队伍已经扩大到三十万人，遥尊永历皇帝为正统。
也就是在这一年，郑成功开始了他的战略反攻，但当他正要北上之时，他的部将黄梧投降清军，使多年存储于海澄的粮食和银子丧失殆尽。
这个时候，郑芝龙的信不合时宜地到来。内容有两个：第一，要郑成功投降；第二，如果你不投降，老父亲就没命了。
郑成功大概知道，由于自己的不投降，清廷已经对父亲很有意见了。但他并没有当回事，在当地百姓的支持下，他的恢复能力相当快，第二年八月，他下天台，整个浙江清军震动不已。但同时，清军正在进攻他的老家福建，他只好回救福建，他父亲的信并没有到来，去年的那封信成了父亲给儿子写的最后一封信。后来，郑成功得知父亲遇害的消息后，痛哭不已。原来，他是有孝心的，可偏偏遇上了一个让他忠孝不能两全的父亲。
在福建整顿一番后，永历十二年（1658年），他再次北征。这一次的目标是南京，当初，隆武帝的心愿就是收复南京。十几年后，郑成功准备帮他实现。可惜，收复南京并没有成功，确切地说，是根本就没有打进南京城。有一种说法是，当初顺治皇帝听到郑成功攻打南京的消息后居然哭着要回关外，这有些扯淡的成分。
当然，郑成功收复南京之役的确是那段时期南明朝廷的一次辉煌壮举。在这个时候，永历皇帝正在李定国的东拼西挡中过着日子，而郑成功攻南京，正给了永历帝一种希望，他以为，光明就要来了。可惜，郑成功不是他的光明，自南京战役后，郑成功的军队丧失大半，他只好另谋出路。
关于南京之役失败的原因，当时的南明大将张煌言分析得很透彻，现抄录如下：“（郑成功）围石头城者已半月，初不闻发一炮姑射城中，而镇守润州将帅亦未曾出兵取旁邑，如句容、丹阳实南畿咽喉地，尚未扼塞，故苏、松援兵得长驱集石城。余闻之，即上书延平，大略谓顿兵坚城，师老易生他变，亟宜分遣诸将尽取畿辅诸城；若留都出兵他援，我可以邀击歼之，否则不过自守虏耳。俟四面克复方以全力注之，彼直槛羊阱兽也。无何，石头师挫，缘士卒释兵而嬉，樵苏四出，营垒为空，敌谍知，用轻骑袭破前屯。延平仓促移帐，质明军灶未就，敌倾城出战，兵无斗志，竟大败。”
如我们所知，郑成功在南京之役后被清军挤压得无处藏身，只好向海外发展。他收复了台湾，成为中华民族的英雄，永历十六年（1662年），他突然去世。这一年，远在中缅边境的大将军李定国也病逝。
明帝国就真的灭亡了。
郑芝龙与郑成功这对父子走的是两条完全不同的路。当初，郑成功在南京弘光朝就想以考试得到朝廷认可，为朝廷效力。可郑芝龙却想帮他买个官当，他大为斥责父亲的荒唐。大概在这个时候，就注定了父子两人以后的道路肯定不会相同。
父亲是想通过利益来换取利益，儿子是想通过光明正大的手段来换取在上者赞赏的忠心。特别是当爱才如命又善于感动人的隆武帝的出现，更让郑成功决定把这种思想发挥开来。
他在福建沿海活动了十多年，的确给清军惹了不少麻烦。收复台湾，也让我们有了歌颂的民族英雄。但真正应该让我们记得的是，他对大明至死不渝的忠心，这种在那个时代几乎已经绝迹了的东西永远值得我们铭记在心。
