郑芝龙非常痛快地答应了，大张旗鼓地以皇帝的命令征收钱粮，尽可能地让被征收者认为，这些钱粮根本就不会用去打仗。他又努力地让人们认为，这个新政权根本就不会给百姓带来好处，相反，又是一个腐败政权。
隆武帝得知郑芝龙正在给自己拆台后，恼火之下要出关，可又被郑芝龙煽动百姓留了下来。此时的隆武帝只能待在福建了。
郑芝龙又把目光对准了朝堂之上总瞪着眼看自己的那些大臣们，他首先逼走了户部尚书何楷，然后又在半路上把这个曾经弹劾过他的尚书的鼻子割了下来。接着又把张肯堂和苏观生等人排斥出政治权力中心。事实上，这些人根本就不能奈何得了他，但他觉得这些人在朝堂上一天，隆武帝就会清醒一天。果然，不久，隆武帝又要兵分五路准备收复南京。放在头阵的还是他郑芝龙。郑芝龙当然不同意，此次计划又告破产。
确切地说，他是把隆武帝囚禁在福建了。当他摇着扇子去上朝时，许多大臣都敢怒不敢言，只有隆武帝对他始终以冷眼观之。可这又有什么关系？郑芝龙想，现在是天大地大我最大。你不离开福建，我就一直能号令江南。
其实，郑芝龙的愚蠢就在这里，他当时能号令的只有福建一省，其他与清军战斗的各省明军虽然也表示服从隆武帝，但他们保护自己还不足，如何能来效忠隆武？
当隆武朝的后期局势危急之时，福建上下都希望郑芝龙出关，与清军决战。郑芝龙知道，这个时候如果不出战，那以后如何能命令制人？
他只好出战，派自己的弟弟为大元帅，只带了一千多人，但号称一万人。他嘱咐弟弟道：“你出门，当我们看不见你的身影时，你就在那里赏赏风景，保存实力。”
但他弟弟很愚笨，到了仙霞岭驻扎，忽然有一天听到一声喊：“清兵来了。”他扭头就跑，比兔子还快。
隆武帝知道后，不顾郑芝龙的恳求，坚决地削去了郑的爵位。这个时候的郑芝龙已经很怨恨，而他拜把兄弟陈谦之事更让他怒火中烧。
这个时候的陈谦正在浙江鲁王那里工作，鲁王派他充当使者去福建察探隆武帝虚实。他到了福建后，隆武帝派人将他捉了，投进监狱。郑芝龙听说兄弟被捉，便来请求隆武帝放人。隆武帝不但不放，还把陈谦的脑袋给砍了下来。
郑芝龙火了，他同时也发现隆武帝并不是一个好摆弄的傀儡，便由起初的不满变成了嫌弃。他认为在清军紧紧逼迫下的皇帝根本就不能给自己带来什么了。事实上，他打着隆武皇帝的幌子在经济上已经得到了很多好处。
恰在这个时候，郑芝龙的同乡、清军统帅洪承畴找上了他。洪承畴是千古难得一个人才，他一眼就看清了郑芝龙在想什么，无非是想保护住自己的利益，一个海盗还能有什么理想。如果你真要让他坐江南半壁，他心头肯定突突跳，但你若许诺他，可以保住他的财产和军队，他肯定乐得不行。
老乡之间可谓无话不谈，郑芝龙暂时采纳了洪承畴让他降清的建议，当他以虚假的借口从仙霞关退到安平镇时，就已经下定了投降清朝的决心。他之所以要下这么大决心投降清朝的最主要原因就是，他是个海盗，有强烈的海盗情结。他骨子里没有自主权，他不想让自己决定自己的命运。他希望有一个人能来帮助他保护自己现在所拥有的一切，先是隆武帝，当隆武帝不行了，当然就是大清朝。
当他的儿子郑成功劝他不要离开福建去北京时，他断然拒绝了。因为在他看来，清军的实力完全可以摧毁自己在福建的一切，既然人家招呼咱们，还答应保护咱们的利益，咱们为什么不笑着迎上？
他后来死在了清军的刀下，原因之一就是他的儿子在他三番五次的召唤下不投降。清军气愤之下将他和他的家人推上了断头台。
郑芝龙的降清似乎并没有给汉人的反清大业带来什么影响，只不过是献出了几张福建广东的地图，让清军**，隆武帝迅速败亡而已。
