郑芝龙犹豫了，想当初，朱由崧在南京遥封他，他乐意接受。但若让朱由崧跑到福建来，他肯定不干。“山高皇帝远”这句话不仅仅是指你做坏事皇帝不知道，还有一层意思是，你做任何事情皇帝都不知道。
这个被弟弟称为“捡到”的皇帝就是隆武帝，这封信到达郑芝龙手中的时候，隆武帝也进入了福建境内。郑芝龙依旧在犹豫，本来自己在福建生活得很好，整个福建连海里的乌龟都要听自己的，现在突然冒出来个皇帝，自己不是要听他的吗？可十天后，他想明白了，自己虽然有一支军队，几百艘战船，又是有爵位的人，可许多人还是鄙视他，福建许多士大夫就称他为“贼”，很少与他交往。仅凭这一点，他想要以后有更大的作为就不可能。
出身决定了他的理想，同时也决定着他的想法。他在隆武帝进入福建的第十三天后去拜访了这位皇帝，两个人一见面，寒暄一回，隆武帝非常高兴，立刻把郑芝龙当成了复兴大业的干将，而郑芝龙更高兴，因为他得到了一个傀儡，可以号令江南。
郑芝龙虽然是海盗出身，但他对帝王这个东西还是很了解的。在这位武人看来，无论是哪一代的帝王还是哪个帝王，都属昏庸无能之辈。他们好色贪财，不理朝政，不关心天下。这种想法由于出现了惯性，他自然而然地就认为隆武帝也是这样的一个皇帝。
对他来讲，这样的皇帝很好。因为他希望有这样一个“饭桶皇帝”来让自己把持，所以，他就把隆武帝也当成了这样一个皇帝了。
而随着各处潜伏的士大夫们的到来，以及隆武帝制定与执行的各项方针政策的开始，郑芝龙发现，这个皇帝有点不一样。比如每天批阅奏折要批阅到很晚，在朝堂上喜欢问一些有时候连他自己都还弄不清楚的问题。这些问题直指消灭清军的大事。
确切地说，郑芝龙有点倒霉，他有点后悔接纳了这个不是他所想象中的皇帝了。既然这个皇帝不是自己所想的那样，他想，我完全可以把他变成那样。
于是，他进献了十个美女，隆武帝给退了回来，并且告诉他：我一心想要收复南京，重振大明，这个时候哪里有心情寻欢作乐？
郑芝龙见此计不成，立即就开始了架空隆武帝的行动。首先，他要隆武帝把自己派进朝廷的亲信封侯拜相。开始，隆武帝还认为这是郑芝龙在尽忠为自己推荐人才，可后来发现，整个朝堂之上尽是郑芝龙的人，他感觉到了危机，就像是一个人坐在一个孤岛上，周围都是汹涌的海水。他开始对郑芝龙的举荐表示了反感甚至当场拒绝。
郑芝龙很恼火，这个时候，他的老师，中国历史上最合格的奸臣马士英来了。他曾把弘光小朝廷搅得鸡犬不宁，当听说福州又出现了一个皇帝时，他就不远万里地跑来，准备继续让这个朝廷鸡飞狗跳。
郑芝龙对这位老师的到来，表示出了极大的欢迎。因为他知道，老师是专权误国的好手，举世无二，这样一个人才，他无论如何都要放在隆武帝身边的。隆武帝不是想要振兴吗？我就要你颓废。
当他把马士英推荐给隆武帝时，隆武帝就跟大臣们商量。商量的结果是，马士英专权误国，当为天下所诛。郑芝龙立即反对，他说马老师在弘光帝死后居然不投靠清军，如今又来到福州，就说明他心系大明。隆武帝认为这是强词夺理，没有理会他。
郑芝龙更加恼火，过不久，隆武帝准备出征，希望郑芝龙配合。所谓配合，无非就是要他的军队当出征的主力。郑芝龙要是配合，他就不是郑芝龙。
但他又不想当面跟隆武帝闹决裂。首先，他觉得隆武帝的出征不过是做戏给江南百姓看，另外，他不相信皇帝会有好东西。他相信自己能把隆武帝培养成败类，之所以现在不成功，是因为隆武帝身边还有几个清醒的臣子，黄道周就是其中之一。他要设法除掉这几个人。
当隆武帝希望他能集中兵力出福建时，他抱怨说士兵没有军饷，仗怎么打？隆武帝一想也是，就说，那就适当地向当地百姓征收点银子吧。
