五路大军分为两路陆路、两路水路，另一路由他亲自率领。但这一计划马上就泡汤了。因为他根本就没有那么多的兵，他所掌握的部队主要有各地归顺而来的前明军和郑芝龙的水军，另外就是他亲戚鲁王手下方国安的军队。而想要把这一战略落到实处，必须要有这些人的支持。因为他们就是隆武帝战略最关键的一部分。可是，郑芝龙在睡觉，他觉得隆武帝在扯淡，各地归顺的明军虽然口口声声为大明效力，但他们害怕清军。方国安的部队虽然号称十万，但真正能打仗的没有多少。
对上面几点，朱聿键看得很清楚，所以他把希望寄托在自己一手提拔起来的湖广总督何腾蛟身上，指望他能发兵赣南接应自己。但何腾蛟也不容易，表面看来，他接受了大顺军遗部，兵力号称有十多万。但真正归他指挥得却只有自己从前的部队，大顺军遗部如果不是被清人追得叫天叫地都不应，也不可能投降于他。
隆武帝并不知道何腾蛟的难处，他以为何腾蛟在玩把戏，隆武二年（1646年）正月，他派出使者去湖南找何腾蛟。使者回到福建后告诉他，何腾蛟打了几个胜仗，隆武帝十分兴奋，但使者又告诉他，因为打了胜仗，他手下的那些武将正在争功，乱糟糟的。
隆武帝长叹不已，他接连两个计划的失败让他开始丧失了信心。在他面前晃来晃去的郑芝龙更让他咬牙切齿，他不甘心就这样，他已经当了一年多的皇帝，却什么事都没有做，只是给主张出关的首席大学士黄道周几两银子，让他去招兵买马。可这个黄道周写文章有余，打仗明显不足。隆武二年三月，清军击败了这位大学士，趁势攻克吉安，一路势如破竹，包围赣州，经过数月激战，十月初清军破城。守城明军全部战死，江西失守，隆武朝廷与湖南的交通为之断绝。
他曾经一心想要控制的江西从此再也没有回到他手里，随着西线交通的断绝，东线局势也传来了不好的消息。早在隆武二年二月十九日，清军就由多罗贝勒博洛率同另一位大将固山额真图赖领兵南下，进攻浙江、福建。
隆武帝害怕浙江丢失，立即弄了一大笔银子给在浙江监国的鲁王送去，可鲁王手下的方国安将军是个饭桶，居然以为其中有诈，把送银子的使者给杀掉了。隆武帝却并没有过问此事，但当清军逼近浙江防线时，鲁王害怕隆武帝报复，居然把本该在长江抵御清军的部队调到西线来防备隆武帝。这个倒霉的鲁王为此而付出了丢失浙江的代价。浙江一失，清军便乘胜准备入福建。
福建的大门仙霞关正在郑芝龙的手上，这位海盗出身的人一见清军太猛，连忙去同清军谈判，最后达成协议：他投降，清军入仙霞关。几天后，清军兵不血刃地从此**。郑芝龙又谎报海盗进犯其家乡安平，上疏道：“军队的所用银子多是我发的，我的银子是从海上得来的，如今家乡安平有难，我若不回，以后就无家可回了。我必须要回去救家。”
整个福建，也只有郑芝龙有一点点军队可以用，而现在他又要走，隆武帝几乎要哭了，他跟郑芝龙说，你们家乡一定很不错吧，带我一起去吧。
郑芝龙没有理他，而是径自带领军队返回安平。各地守将纷纷投降清军，朝中大臣们也开始准备为自己留后路。他们开始给清军写迎降表。就在这些人派人送迎降表出关的时候，却被隆武帝截下来了。
七月二十五日上朝这天，他让人拿出了那些迎降表，对着满朝文武说：“诸位以为我是什么人呢？是个一心想享受皇帝乐趣的人？可我哪里有乐趣，我不分昼夜地批阅公文，我为了什么？还不是希望能上对得起祖宗，下对得起百姓！你们当初拥戴我时可是誓言满天飞啊，结果呢，看看这些东西，无耻！不过我不想知道这些都是谁写的，我现在就把它销毁。你们若还对大明有点良心的话就赶紧改过，若没有良心就出关去吧。”
