真金终于伤重不治，溘然长逝，这也意味着大都城的政争陷入了新的阶段。阿合马等人来势汹汹，忽必烈为了稳定政局，只得立铁穆尔为皇孙。同时，张世豪所部在大掠畿辅后，携文天祥南返。
邱寻率军苦战半年，一举攻下汉中全部，而元军驻守成都所部企图夺回汉中，然后和陇右诸军分两路合力夺回关中，而邱寻彼时仅有军不到两万，形势危急。
关键时刻，宋廷与蒲寿庚谈判成功，福建归附，萧统趁机尽空两湖大军自峡口而入，驰援东川，同时掉钱能熙部入两湖接防，而蒲寿庚果然信守承诺，亲自往金陵朝见萧统，当众自断一臂，以示诚意，并且马上宣布终身茹素，寄居栖霞山。
而蒲师文兄弟也歃血为盟，宣誓效忠，并且当即统军北上，前往淮泗一线，萧统也不客气，便调台湾军队前来接管福建防务。
祥兴九年三月，邱寻在得到增援后于剑阁同元军海失部决战，大获全胜，歼敌一万八千余人，同时白普率偏师效邓艾故事，偷渡阴平，一战克江油，再战克绵竹，邱寻在打开剑门关后，与白普会师蓉城。
四月，元军成都守将率部出降，邱寻趁机分兵略蜀地，至七月，西川大定。邱寻留白普镇川，自率主力东返。
在同时，张世杰与陇西元军失麻利部血战三个月，迭次放弃临洮一代，最终坚守长安，元军倾大军十余万围攻，张世杰坚守，长安虽然城高池深，无奈敌军皆是西线与海都相持多年的精锐。张世杰飞章告急。
祥兴九年六月，萧统亲率清远军驰援千里，奔赴长安增援，于渭水河畔一战击溃失麻利所部。阵斩失麻利，元陇西军溃散，关中遂定。
八月，皇太孙铁穆尔率宿卫军自安阳南下，意图截断宋军补给线。混江龙刷军北上抵御，被铁穆尔一刀砍死。混江龙全军覆没，中原大震。
九月，铁穆尔率军攻克开封，进逼洛阳。钱能熙率军自南阳北上，与铁穆尔数战，均不利。一时间。皇太孙威震华夏。
陆英前往行刺铁穆尔，失机遇险。柴光复拼死以救，萧统擢其为偏将军。
十月，萧统率军出潼关，于铁穆尔战于信阳一线，铁穆尔本占上风，萧统几被所擒，所幸天有大风。萧统率军奋力反扑。张世豪部来增援，遂胜铁穆尔。然宋军死伤逾三万。
忽必烈遣使议和，双方约定以淮河，潼关，渭水为界，萧统遣文天祥与留梦炎谈判，其中，文天祥呵斥留梦炎，致使留梦炎发疾而死，萧统遂复文天祥为太傅。宋军仍据山东一隅。
和议不成，然双方停战，过冬。
十一月，马南宝以赵非龙脉，乃是妇人之子，拥八岁童曰赵铭为帝，改元兴平，奉杨后监国，司徒不群，黄主文，陈明文悉数以叛，台岛大震。
张浦于台南殿上呵斥众人，为马南宝所磔。
并死者有翰林十余人，皆车裂。
十一月初五，张钟麟夜刺马南宝，陆秀夫起兵南投，萧统亲率部于高雄登陆，三军齐发，三天即平所乱。司徒不群诛三族，其他人等连坐。此事史称祥兴之乱，萧统为此诛杀八万七千人。
萧统宣布迁都金陵，改元中兴，仍以杨后为遵，然杨亮节迁延犹疑，被贬为庶人，永不录用。
铁穆尔本欲率军南下，与寿阳为邱寻所拒，遂罢。
中兴元年三月，萧统于金陵祭天地，大婚，以张芷嫣为左后，陆英为右后，陆秀夫仍为太师，另重建丞相，文天祥为左相，陆秀夫为右相。
本年，宋元与临时线停火，然摩擦仍不断。
征东将军苏刘义以萧统饶恕蒲寿庚为由，出走扶桑，据之，萧统遣张世豪前往晓以利害，同时，蒲寿庚卒，苏刘义遂罢，复本名苏义，归宗。清远苏家遂平。
忽必烈年老，阴率军南下，与临清击溃谢书，谢书阵亡。萧统遣军五万北上，以张世杰为将，于历阳战之，不敌，萧统遂率军亲政，忽必烈闻之，退兵。
海都率军十五万，分三路直趋上都，铁穆尔出奇兵大破之，海都忧愤而死，后王部遂溃散。
中兴二年春，铁穆尔率军取高丽，张世豪救之不及，高丽遂入敌手。
二年夏，宋朝阳入川，取大理，元军梁王萨哈林败死。
