与政治改革相应，在军事制度方面进行了较大.的改革。中兴三年的时候，就可以议定：实行耕战结合，平时屯耕，战时出征；自京师至郡县，皆立军师之众，在军事重地设军，次要地方设师。成立军事堂和军务院的同时，也废除了统管全国军事的枢密院，代之以军事堂的参谋决议制度，辅助于军务院的监督机制。每府各设两名军务院成员。负责军队的管理和训练，但无权调动军队。逢有战事，由军事堂和政事堂商议，报于皇帝亲自任命军事统帅，兵部发布调令，军务院和军事堂中北指定的官员奉命出征。经此改革，把军权看着似牢牢抓在皇帝和军事堂的主事手里，但实际上却是分摊了出去，达成了一个均衡，不做一言之堂。
这样下来，整个.政务好像是谁都能做主一样，但是偏偏又是谁也做不了主，只能在那里凡事讨论再讨论之下，达到一个共识为止。
其实这样下来，谁都能感到自己的权威，说一句不好听的话，就是随意的一个政务院或者军务院的成员，无论你出身如何，只要你人缘够好，所提的意见又算是合理的话，那么你就可能做到阻止一个政令的发出，无论这个方案是由谁提出的，就算是皇帝提出的，你只要有充足的理由，也可以做到不让其通过。
这个制度开始执行的时候，大家都感到十分的好奇，经过姜明的几年努力之后，大家都已经渐渐的熟悉了这样方式，如此一来，读书人的优越感就荡然无存了。这个也正是陆秀夫等人感到痛苦的地方，整天为了自己的一个决议，在自己看来于国于民都有利的决议，到了众人的手里，往往受到很多人的排斥，有的是为了自己一个府的利益，去游说许多人跟着反对，最后不了了之。
就比如开始陆秀夫想趁着四川重庆知府王立意图投元之事，让张镇孙入川接手那里的防务，还有整个重庆周边的军政事宜，但是就得到了一些对张钰有很好看法的官员排斥，坚决不允许动用赤红军入川，还有张镇孙的入川。最后反而打草惊蛇，让王立自动的断绝了投元的念头。现在随着时日已久，就算是有一些蛛丝马迹，也找不到了。让陆秀夫颇为不快。
还有想让姜明彻底的推出大宋政坛的事情，姜明虽然在太湖基本上足不出苏州，但是皇帝的依赖之心还是十分的严重，相对于以前对其比较平和的姜明，陆秀夫等人的天天教导和决策抵触都让他们渐渐的和皇帝产生了矛盾，但是这种矛盾是不可以调和的，因为这牵涉到了君明臣贤之说，就不是简简单单的一个谦让的问题了，因为君强臣弱容易造成独断专行之君主，这个是作为道学一宗不愿意看到的，他们觉得有这个责任让皇上在他们的辅佐之下成为一个明君，换言之，若是皇帝不听自己的话，那么就会走错路子。
这个可能也就是历代读书人最终的想法吧，所以对于外戚专权，或者是任由一些来历不明、没有儒家渊源的人来左右朝廷局势，那么就是读书人的悲哀了。开始借助姜明的道家根本，还有先见之明。最终利用姜明所看重的奇技**巧来打败蒙古军队，这个是理所当然的，当天下大定的时候，就只能由他们集千年之大成的儒家根本来主持时局，再任由那样无君无父的胡来，只能是败坏朝纲。
所以陆秀夫他们这一帮子的道学先生组成的大臣们，现在唯一的目标就是恢复大宋旧时的制度，让朝纲逐渐的稳定起来，诸如这些政事堂、军事堂和政务院、军务院之流的临时机构，还是要撤掉的，要不，让他们饱读诗书之士和一些市井商贾或者是山野村夫在哪里争执，甚至还要礼求于人。那不是有辱斯文吗？
但是要改动这个制度，撤销所谓的两堂两院，那么首先就是要将他们的创始人姜明调走或者是推翻，有赤红军之力，想要扳倒姜明几乎是不可能的事情，那么只有将姜明调走才是为上策，然后用几年的时间来平复姜明的威望，还有除去其在皇帝心中的好感之后，利用皇权的威势，方可成功。
要不姜明就是一面旗帜，只要有他的存在，两堂两院是不会倒下的，除了这一步之外，陆秀夫他们还有一手准备，就是在暗中蓄力将姜明调走的同时，还要建立自己的军事力量，用于制衡赤红军的力量。
陆秀夫等人的眼光是长远的，也是为了以后千千万万的苦读之士所考虑，准备在一个很长的阶段之内隐忍，在条件许可的情况下，建立新军，也是颇费了一番周折，首先建立新的军事建制，在军事堂那一关就不好通过，为此，陆秀夫他们不知道动用了多少士子和家族的力量，又有意的将江南之兵调走四处征伐，借着这个机会，才在各府以防卫盗贼和剿匪的借口之下，建立了属于他们的军事势力，名曰：“卫所”
