于是在最后的掠夺烧杀之后，元军已经尽数由富山湾直接从海上撤回到了奚关总管府，从哪里抄近路直击乃颜的侧翼。
北条时宗经过侦察后，得知元军已经撤出日本，才由北海道乘船返回镰仓，准备重整日本江山，迎回被大宋劫持走的天皇陛下。但是回到镰仓后，发现经过蒙古军这一次侵略，日本国民损失竟达六成以上，其中有相当一部分的都是受到冻、或者饥饿而死的，很多森林植被都被蒙古人砍了取暖或者是毁去扎营，城堡的毁坏率基本上达到了八成以上，作为日本的京都，包括寺院僧人在内，活着的只有不到一万人而已，所有能够被带走的都被带走，能杀死的，都杀死了，空荡荡的京都已是“颓垣满目”，多成荒墟。
城郊的良田都已经长满了枯草，在人血的滋润下，估计短期内就算是能种出粮食，也无法食用，因为害怕瘟疫的传播，北条时宗从镰仓慢慢率领着人马往京都的路上看到的竟是满目荒凉，心里一直郁郁不欢，等到了京都看到京都的惨状之后，竟然是口吐鲜血跌下马来，从此一病不起。
刚刚三十二岁的北条时宗，在北海道仍然是没有放弃的操练军马，修缮战船。想着有一天能反攻回本州岛上，但是现在回来了，却是再日本到处可见的惨状下，瞬间衰老的像是六十岁一样的年纪，就再也没有恢复过来。
没有了他的雄心壮志，所以往大宋迎回天皇的事情一直都没有成行，看到自己家族内业没有人愿担当迎回天皇的重任，因为他的病重，对于六波罗探题也渐渐的失去了控制，六波罗探题乃是镰仓幕府继京都守护之后，在京都的六波罗地方所设的行政机关首领，主要的任务是监视朝廷、统辖西国的御家人。
失去了对于御家人的控制，有没有了天皇在身边的挟天子以令诸侯。对于镰仓幕府可是一个致命的打击了，在这个时候。将军惟康王又私自领兵参拜了鹤冈八幡宫。无可奈何之下，北条时宗终于决定立后深草上皇的长子为伏见天皇。支持后深草上皇施行院政。
后深草上皇和伏见天皇本来也没有随同北条时宗去北海道，但是却被持明寺院隐匿到了安全地点保护了起来，被支持上台之后，后深草上皇和伏见天皇知恩图报，极力迎合幕府的旨意，派皇子久明亲王为将军，去镰仓加强和幕府之间的联系。
北条时宗通过负责关东事务的近臣要求朝廷解除惟康亲王右近卫大将之职，并立为亲王。这虽然是破例的事，但是还是被后深草上皇和伏见天皇接受了。十二月初二，受封亲王的旨意到达。惟康亲王成为二品亲王，允许带剑，但被解任了右近卫大将一职。
惟康亲王三岁继承将军之位，到现在虽然已经过了二十一年，不过才二十三岁而已，却要被勒令出家，惟康亲王回京后，在嵯峨隐居。十二月二十六，落发出家，这个前大将殿，每日只能青灯古佛相伴，过着寂寞的生活。他心里当然是不甘心落个如此下场，也不愿意皇统独落于持明院一派。
于是就派遣亲信，通过来往商贾往大宋送去日本国内的消息，请求龟山上皇和后宇多天皇的回归。因为北条时宗这样做，并没有取得上任天皇的授权，属于非法之事，是有很多人对这种名不正、言不顺的事情看不顺眼。
只是迫于北条时宗的威慑，不敢出声而已，但是虽然不敢出声明言。暗地里动作确实不少，在短时间之内，龟山上皇和后宇多天皇接到了多宗密报，也显得不安起来，才想起了大宋当时的承诺。求助于陆秀夫等人，却因为忙于政事堂和政务院的筹备，只能将此事在政事堂作为议题商讨，最后还是交与姜明全权处理。
而姜明就是要等待这个机会，北条时宗的命已经不长了，在自己所经过的历史中，明年就会呜呼哀哉。而且伏见天皇既然已经立起来了，那么也是时机送龟山上皇和后宇多天皇父子二人回国夺取政权的时候。
在其的打算中，为了保险起见，还是准备将日本南北朝的时间提前发生，那么更利于大宋以后对日本的控制。只要能够控制了日本，那么对于高丽、辽东等地就可以造成相对的威胁，元朝的水军发展大计就更加不可能实现了，而且通过在日本的中转，大宋的军队完全可以实现迂回至元军的腹地展开跳跃式的攻击。对于以后的统一大业是有着举足轻重的作用。
