如杨晨所料，当他从核弹爆炸中心走出时，所有听到消息的日本人都崩溃了，在巨大的恐慌下，日本人乱成一团，各地的治安糟到了极点，学校停课，工厂停产，商人停业，整个社会都停顿下来，只有一个行业反而迅速发展起来，那就是航空业。
在日本各大机场，无数买了票或是没买票的日本人争抢着上飞机，因此而被同胞打死的日本人不计其数，尽管各大航空公司都尽最大可能增加了航班，载满日本人的飞机日夜不停地飞往世界各地，但各机场的日本人还是越聚越多。
那时候，任何一张去国外任何地方的机票，或者船票，都比满屋的黄金还要贵重，几乎每一个蛇头都成了亿万富翁，因为为了逃生，日本人一个个排着队找他们，双手把自己的所有财产奉上，还要看他们心情如何。
这时，在日本凭着一张机票，几乎可以杀掉任何一个想杀的人，也可以让任何贞洁女子献上贞操。有不少人为了发财，铤而走险，从临国开着私家飞机，开着轮船，甚至划着木船，去日本做偷渡生意，结果每个幸运的成功者都如愿以偿的得到了几世都花不完的财富，不过，他们中大部分人都死于非命，不是被各国巡逻警打死，而是被疯狂的日本人所杀死。
这个混乱期是三个时期中最短的一个，因为杨晨很快就发觉不对劲，亲自破坏了所有他能在日本找到的大小飞机和船舶，而且他还通知了王前进，通过他在黑白两道日益增大的影响力，中断了各大航空公司的日本航线，同样的还有海运线。
为此，王前进还指挥丽春院成员进行了成立以来第一次恐怖活动，炸毁了几个允许从日本来的飞机降落的机场，同时，在海上也组织起了海洋巡逻队，发现偷渡客后就暴打一顿，然后遣送回国，最后凿沉船只。
这样，没多久，日本人终于绝望了，他们终于意识到已经不可能离开日本，已经注定要被杨晨所杀了。
于是，日本大屠杀就进入第二个时期，抗争期。
在这个时期，除了少数人躲到荒郊野岭，大部分顽强的日本人重新凝聚起来，发挥出这个民族的所有潜力。学生重新上课，工人重新上班，商人重新营业，先前被破坏的行业以更快的速度重建起来，这段时间日本人的建设能力，之后被全世界公认为是一个奇迹，最后这个民族虽然不存在了，但他们在这段时间创造的奇迹却还是被传颂了很久。
而日本各业中，发展最快的还是军工产业，各种各样的军用物资源源不断地走下生产线，然后被武装到越来越多军队手中。不过，可笑的是，这么大的阵仗，这么疯狂的扩军，目的只是为了对付一个敌人，而且最后还失败了。
那是整个国家，整个民族，被一个敌人打败。一批批日本公民志愿参军，一批批的领到武器，一批批的走上战场，最后一批批的被屠杀得干干净净。
当然，这种屠杀也不会无限地持续下去，当被杨晨消灭的集团军达到三位数时，日本人终于彻底崩溃，彻底绝望了。
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