在中共“打”“拉”结合的策略下，南京代表团的态度终于有所软化，在两个关键问题上做出了一些让步：关于“惩办战犯”问题，南京代表团提出，战犯应受惩办，但不必正式提名，如赞成和平条款及对人民做出有益贡献者，可划酌情减少或撤销，反之，再列为战犯不迟；关于“渡江”问题，南京代表团认为可并入中共八项条件的第四条，签字后中共军队不必马上渡江，但亦不必拖至联合政府成立后。
李宗仁也于4月7日致电毛泽东，重申谋和诚意，并表示：“凡所谓历史错误足以妨碍和平如所谓战犯者，纵有汤镬之刑，宗仁一身欣然受之而不辞。至立国大计，决遵孙总理之不朽遗嘱，与贵党携手，并与各民主人士共负努力建设新中国之使命。”
但国民政府真正的当家人蒋总裁显然无法接受中共的条件，4月6日，蒋介石向国民党中央党部做出指示：一、和谈必须先订停战协定；二、中共何日渡江，则和谈何日停止，其破坏责任应由中共负之。4月7日，国民党中常会通过蒋的和谈方针，坚决反对中共渡江。有鉴于此，为了争取李宗仁，4月8日，毛泽东电复李宗仁：“贵方既然同意以八项条件为谈判基础，则根据此八项原则以求具体实现，自不难获得正确之解决。战犯问题，亦是如此，总以是否有利于中国人民解放事业之推进，是否有利于用和平方法解决国内问题为标准，在此标准下，我们准备采取宽大的政策。”在战犯问题上有所松口。同日，毛泽东亲自会见张治中，长谈4小时，向张治中表明了中共的和谈底线：一、战犯在条约中，不举其名，但仍要有追究责任字样。二、签约时须李宗仁、何应钦等皆到北平参加。三、改编军队，可以缓谈。四、中共军队必须过江，其时期在签字后实行，或经过若干时日后再过江。五、联合政府成立，必须有相当时间，甚至须经四五个月之久；在此期间，南京政府仍可维持现状，行使职权，免致社会秩序紊乱。
接下来的几天，毛泽东又分别会见了邵力子、章士钊、黄绍兹、刘斐、李蒸、卢郁文等南京代表团成员，再度重申了中共对和谈的诚意。
中共的让步终于使得原本几乎陷入绝境的和谈“柳暗花明”。
但4月12日，国民党中常会和谈问题特种委员会又做出五项决议：一、战争责任问题，可依据代表团所谈原则处理；二、所邀南京参加签字各位，届时再作决定；三、签约后驻军，第一期最好各驻原地；四、新政协及联合政府事，等中共提出方案后再行研究；五、渡江问题应严加拒绝。
对此，中共迅速做出反应，于13日宣布结束非正式谈判阶段，进入正式谈判阶段，同时将己拟好的《国内和平协定草案》提交张治中。《协定草案》虽没有列出战犯名单，也没有规定国民党军队整编人数和期限，而且同意南京政府在联合政府成立前继续存在并暂行职权，同意吸收南京政府中若干爱国分子参加新政协和联合政府；但在前言中却历数了国民党自1946年以来在美国帮助下破坏停战协定，发动全面内战和实行各项错误政策的罪行，并要求南京政府必须对此负全部责任。正文内容更是充满了对国民党及南京政府的蔑视和命令之词，甚至明确规定南京政府在联合政府成立前应对中国人民革命军事委员会负责并接受其领导。
这一草案在南京代表团看来，无疑有着“招降书”和“判决状”的意味，但代表们对于自己一方的弱势自然心知肚明，所以，在当晚的正式会谈中，南京代表团的反应并不是很激烈。不过首席代表张治中还是提出，希望在正式协定中能够避免过于刺激的字句；希望能够取消战争责任条款；南京政府的军队与政权应向联合政府移交，而不是直接向中共移交。4月14日，南京代表团经过研究后提出修正案，修正案主要修改了中共草案的一些激烈刺眼的措辞，同时对军队改编、联合政府两项也有若干修正。
