在更下级的指挥通信机构中，台湾军队的损失更加惨重。那些本应该对付衡山地下指挥所的攻击机都将打击力转移到了这些无法躲藏到地下的目标上。在解放军空军不计成本的空袭中，台湾空军已经无法与基地联系，也就无法指挥空军的那些残存战斗机进行防空作战。而台湾海军更加彻底，在通信设施被摧毁之前已经让所有的分舰队各自为战，行动不再需要请示上面的批准了。台湾陆军虽然受到的“照顾”要小很多，但是其脆弱的通信系统却更加容易遭到破坏，当把决策权交到了旅一级的部队后，也标志着台湾陆军无法整体作战了。
虽然衡山地下指挥所仍然在坚持着，但是现在它就如同一个丧失了控制手脚能力的大脑一样，根本无法对对方构成威胁了。而解放军空军在使用了三个攻击波将台湾的通讯系统炸了个底朝天后，也将注意力转移到了消灭那支还在僵持着的台湾空军身上。
战争爆发12个小时之后，台湾空军仍然没有失去战斗力，其400多架的先进战斗机虽然损失了100多架了，但是仍然有着强大的战斗力，特别是在一批封存的老式战斗机被投入使用之后，台湾空军的战斗力再次得到了增强。当然，台湾空军也并不是没有麻烦，他们现在不缺飞机，缺的是飞行员，特别是高素质的飞行员。
在解放军空军对台湾指挥系统进行攻击的时候，双方间的大规模空战已经开始了。虽然台湾空军卖命般的派出了几乎所有的战斗机，似乎准备在台湾上空建立一条空中长城来阻止解放军空军的袭击，但是这条根本就没有纽带连接的“空中长城”却异常的脆弱。
解放军空军先期投入空战的战斗机只有150架，比起台湾空军近400架战机的规模是小了很多，但是在飞机质量，飞行员素质以及系统支援方面，却比台湾空军高出了很多。
这150架战机几乎是清一色的转职空战的F-11战斗机，也就是经过了中国自行改进的俄罗斯的Su-27战斗机。虽然这种已经服役了近30年的战斗机比起如同“阵风”，EF2000这些战斗机来说算是比较落后了，比美国的F/A-22战斗机更是差了许多。但是中国一些针对其弱点的特殊改造却大大的提高这种高机动性战斗机的战斗力。就如同美国一直在改进的F-15与F-16战斗机一样，在现在的战争中并不显得落后。而台湾空军的主力是120架F-16，100架IDF，40架“幻影”2000-5以及一些F-5E/F战斗机，比起解放军空军的F-11来说，出了F-16与“幻影”2000-5有一拼之力外，别的根本就不在一个档次上。所以，台湾空军即使仗着多得多的战机，却并不一定代表着有更强大的战斗力，特别是在远距离空战上，台湾空军还处在了下风。
最为关键的是，现在台湾空军已经失去了E-2T的帮助，而解放军空军的战斗机后面却有4架预警机一直在提供着援助。在现代化的空战中，自从1982的贝卡谷地大空战以后，预警机已经成了最为关键的力量倍增器。在大规模空战的系统对抗之中，预警机这种长着“千里眼”却拿不动“长矛”的机种所起到的作用就如同一命能够准确掌握战场动态与局势的将领在军队中所起到的作用一样，能够带领下面的战斗部队获得最大的优势，并且能够对战场上的兵力进行最合理的安排。而台湾空军在没有E-2T的指挥下，只能各自为战，且不能发现100公里外的空中情况。而解放军空军却能够集中优势兵力，对各自为战的台湾空军机群各个歼灭，以少得多的兵力战胜强大的对手。
