在完成了军队领导权的改革之后，紧接着就是对三军参谋部的改革。三军参谋部，在周国辉的时代，几乎就是军队的最高领导，其管辖范围从作战部署，到军队发展，到后勤保证等等方面，都囊括在了其中。这是相当危险的，因为三军参谋部必然由军人控制，这变相的增加了军人在国家政治生活中的重要性。而现在，三军参谋部的职能只剩下了作战部署，及负责在战争时期对军队的指挥，以及在和平时期负责军队的训练，预先制订各种作战计划，并且负责研究军队未来的发展。而其余的权力，都移交给了国防部，包括军队装备的采购，军事科研的管理，还有军队人事权的任免等等，都将又国防部负责！
三军参谋部被削弱之后，军人的权力已经受到了极大的限制。现在，军人就只是国家手中的武器，而武器的使用权，以及使用办法，却必须要由国家政府来决定，而不再参杂军人自己的思想与意见了。而只要这步改革计划一完成，军事与政治就将完全分开，军队完全听从政府的调动，而政府则直接由人代会监管，从王一林时代就开始了的有中国特色的党内民主化进程，在此时终于确定了中国自己的三权分立政体。但是，要最终实现这一步宏伟的改革计划，还不是短时间内就能够完成的事情！
在整个军政改革中遇到的问题，最严重的还是人事安排。政府与军事职能部门的巨大变动，必然导致人事安排的巨大震**，而怎么处理好每个重要人物在这场改革中的利益关系，以及解决其地位问题，成为了改革前两年中最关键的问题。
期间，许三立找鲁毅单独谈过两次话，想摸清楚鲁毅这位在解放军中地位超然的将领的态度，以及其政治觉悟。鲁毅的回答让许三立比较满意，因为鲁毅一直坚持按着皮定均那天给他说的最后的那段话在做。他只是一名军人，军人就不应该干预政治，军人只是为国家，为人民服务的。所以，他这种没有政治野心的表现，让许三立稍微安了下心，但是并没有完全放弃警惕，因为不会有多少人会相信，一个在全军内都有重大影响力的上将，竟然没有政治野心！
而在军政改革的人事安排问题上，鲁毅确实是让许三立觉得老大难的一个人。鲁毅的年龄不但，但是军威不小。如果让他提前退役的话，必然会让军队中的将领人人自危，这简直相当于自毁围墙了。但是，将他安排到一个较高的位置上的话，许三立又放心不下，如果鲁毅不是表现出来的那种人，那整个军政改革将功亏一篑，变得毫无意义，军人仍旧将在国家政治生活中充当非常重要的角色。而且，这个安排必须要非常合适，如果出现了一点问题的话，在军队内部引起的震**是不会小的。而在未来的可预见的时期内，国家的安全仍然是建立在一支强大的军队上的。
为此，许三立没有少做鲁毅的工作，希望鲁毅能够退役，然后担任国防部长。这已经算是很给鲁毅面子了。但是，鲁毅却并不接受这个好意，因为皮定均的例子就摆在那，如果他一退役，即使是当上了国防部长，到时候哪个领导人一上台，直接架空了国防部长的话，那他这一辈子也就完了。
因为双方的意见没有能够达成一致，所以鲁毅就一直在总参谋部作战处处长的位置上呆了下来。这还比较对他的胃口，因为他的兴趣一直在战争方面，虽然这不能够亲临战场，好象现在中国也没有什么仗好打，但是总能够在各种虚拟战争中得到一点满足，至少，他能够以此为国家做出贡献，谁知道下场战争在什么地方与什么时间爆发？既然不知道，那就要针对各种可能做好战争准备，而制订作战计划，就是非常关键的一环，而这整好是作战处长要做的主要工作！
