到5月3日左右，日本已经完全控制了吕宋岛，除了在丛林里面坚持抵抗的菲律宾游击队之外，日本军队已经没有别的威胁了。
此时，日本军队在棉南老岛上的行动也基本上结束了，由于这是菲律宾最贫穷的地区，所以日本人的占领行动非常顺利。但是，让日本军队想不到的是，这里最后成为了菲律宾抵抗力量最强大的地方，神出鬼没的菲律宾游击队成为了日本侵略者的招魂者！
到5月10日左右，日本在完成了占领菲律宾的行动之后，开始调遣国内的军警部队前来接替占领军的任务，同时，大量的日本工程人员进入了菲律宾，开始修缮遭到破坏的生产设施。而这才是日本进攻菲律宾最主要的目的！
到5月25日，日本已经恢复了菲律宾80%的产油能力，另外在铁矿开采，橡胶种植方面，也逐渐恢复到了战前的水平。当然，日本此时已经将主力部队抽调了出来，用国内调遣而来的15万名军警承担起了维护地方秩序的任务。反正，对已经拥有4.5亿人口的日本来讲，他们并不缺乏人力，而是缺乏资源！
6月初，菲律宾的抵抗力量逐渐壮大了起来，特别是在中国决定向菲律宾派遣更多的特种部队，协助菲律宾抗日游击队作战之后，日本认识到了这一问题的严重性，立即决定暂缓进攻印度尼西亚的行动，调遣了5万多兵力开始在菲律宾境内进行镇压活动！
菲律宾虽然很快战败了，但是菲律宾的人民并没有停止抵抗。在二战时期，菲律宾就遭到了日本侵略者的血腥打击。而随后，美国控制了菲律宾，直到美国撤出西太平洋地区之后，菲律宾人才获得了自由，因为相对来讲，中国对菲律宾的控制并不是很强，在很多方面，菲律宾保持了自己的独立自主性，并没有受到中国的奴役。所以，对任何一名菲律宾人来讲，自由都有着非常的意义！现在，日本侵略者再度来到了菲律宾，那么有志的菲律宾人民，在赶走侵略者之前，绝对不会放下手中战斗的武器！
菲律宾抵抗组织的功劳是非常巨大的，根据战后统计，菲律宾抵抗组织至少牵制了15万日本兵力，另外至少有25000余名日本官兵被打死打伤，同时，菲律宾游击队破坏了大量的生产设施，让日本从菲律宾掠夺的资源降低了4成，严重打击了日本的战争潜力！当然，菲律宾游击队的损失也是非常巨大的，在数年的抗战中，至少有5万余名菲律宾游击队员在战斗中牺牲，另外还有20多万菲律宾平民因为与游击队有关系，被日本侵略者秘密残酷杀害了。但是，日本人的血腥镇压根本就扑不灭菲律宾人的抵抗意志，也根本就战胜不了顽强的菲律宾人！
当然，中国也一直比较重视菲律宾的敌后战场，因为这是现在中国唯一能够想办法牵制住日本进攻步伐的地方，只有扩大菲律宾的敌后战场，才能够让日本陆军无法从这里抽身出去，掩护在其他方向上的行动。所以，中国一直在向菲律宾游击队提供帮助，甚至派遣了大量的特种兵到菲律宾作战，帮助菲律宾游击队对付侵略者，同时也将更实用的游击战术传授给菲律宾游击队，让他们更有效的抵抗日本的扫**！在整个菲律宾抗日战争期间，中国一共派遣了2500余名特种兵赴菲作战，其中战死1200人，伤800余人。战后，这些为菲律宾的独立与民主作战的中国士兵都得到了应有的奖赏与荣誉。所有为菲律宾作战牺牲的中国官兵都被授予了菲律宾国际英雄称号，同时其家属拿到了菲律宾政府提供的抚恤金。而所有参加过菲律宾抗日战争的中国军人都成了菲律宾人民心目中的英雄与偶像！
虽然菲律宾游击队一直在抵抗着日本侵略者，但是菲律宾的国力太弱小了，而且此时中国无法分兵协助菲律宾战斗，所以，并没有对日本的下一步南下行动构成多大的威胁。日本在向菲律宾增派了数万镇压部队之后，立即开始其下一步的战略进攻行动了！
