经过啄木鸟计划，军统局在南京的势力得到极大削弱，南京站的林之江叛变加入了76号，日军在南京对军统组织开展了肃清，军统的交通站一个个相继被破坏，大批军统人员被捕，甚至叛变，加入了76号。由于林之江的出色表现，他得到重用，也正是由于他的叛变，他一直苦苦追求的周红离开了他，身为军统特工的周红虽没有被林之江指认出来，但也失去了军统上级的领导。
孔庆文终于和**上级领导组织取得了联系，他的任务更加具体和危险，上级命令他最大限度地帮助军统，但由于他所处环境，虽尽力但未能挽回局面。当他得知林之江秘密叛变，而且充当了破坏军统组织的主力的时候，他产生了刺杀林之江的念头，但未得到上级的同意和支持。一次偶然，他发现周红有刺杀林之江的意图，进一步证实了自己对她真实身份的判断。同时，他也在暗中掩护、配合周红对林之江的刺杀，甚至为她创造机会，但最终未果。也就是在这段时间里，孔庆文与周红之间产生了一种默契，可周红始终无法证实孔庆文的真实身份，而周红是军统特工的事实孔庆文也未捅破。由于与上级取得联系，他得知了刘丽英系苏共人员的实情，但两人的感情并没有随着工作的疏远而产生隔阂，孙瑰婷在经历过孔庆文的舍生相救后也展开了对他的爱情攻势。
1939年末，军统局重新组建南京站，新派来南京站站长李洪利展开了对76号和南京汉奸们的反击。就在此时，南京伪政府成立已迫在眉睫，孔庆文历经坎坷终于拿到了伪政府的人员名单，并巧妙地将名单成功送出，国共之间的合作在锄奸行动中出现了一次**。痛苦中的孙瑰婷表现出了大爱无私，由原来的排斥刘丽英渐渐转为与她建立起非常深厚的友谊，内心的爱国情怀让孙瑰婷由衷地敬佩她，继而逐渐主动去撮合刘丽英与孔庆文之间的爱情。**华中地区地区负责人郑华强的被捕改变了整个局面，他陷入了失落和消沉。刘丽英在他最痛苦的时候给予了他最大的精神支撑，经过此事，孔庆文再次尘封起自己的情感。
1940年10月份，汪伪政府在南京成立，治安局更名为南京绥靖公署，孔庆文升至副局长，日军交予了他更多的任务，孔庆文也在潜伏中获取了更多的情报。侵华日军在南京设立的秘密监狱被公诸于世；日军号称“空中堡垒”的顶级绝密密电码被复制；柳尼娜精心设计的抓捕**上海地下组织的计划被彻底粉碎，**上海要员安全转移……一个个行动都在孔庆文那双睿智的眼眸中得以成功实施。这些情节原定在作品中有所展示，但由于时间和篇幅的原因，再加上均在各种影视作品中有所展示，因此笔者也就不再缀述，只做一个这样的简单描述。
接下来就是我们所提及的铺垫性桥段。1943年末，此时的日军已成了强弩之末，连年的战争已让日本人身心交瘁，常规的战争方式已经无法取得明显的效果，就在这种环境下，日军违反联合国公约，将一批化学武器秘密运抵中国，意欲投入侵华战争，而这批化学武器的中转站就是南京。
