虽然侯君集后来担任过防御吐蕃的当弥道行军大总管等总指挥职务，但是最终另他成为李靖以后军队第一号人物的战争是贞观十四年灭高昌之战。
侯君集自以为讨伐西域有功，却因贪图钱财被囚禁，心中实在不痛快。贞观十七年，张亮以太子詹事的官衔外放洛州都督，侯君集故意激怒张亮说：“你为什么受到排挤呀?”
张亮说：“你也遭到排挤，还要说谁冤枉呢?”
侯君集说：“我平定一国，回来却被天子如此的责怪，怎么能受到这样的压制排挤?”于是捋起袖子说：“郁闷得活不下去了，您能造反吗?我将一定和你一起造反。”
张亮悄悄地把这事报告给了皇上，太宗对张亮说：“你和侯君集都是功臣，侯君集单独和你说的话，没有别人听见，假若把他交给司法官员审理，侯君集一定会否认此事。两人互相对证，事情也说不清楚。”
于是就把这件事压了下来，对待侯君集依然像从前一样。不久侯君集和其他一些功臣在凌烟阁上被画功臣像一起进行了表彰。
这个时候李承乾立为东宫太子，担心有朝一日被废而地位不保，又知道侯君集对朝廷心怀不满，于是就和他勾结起来一块谋反。侯君集的女婿贺兰楚石当时做东宫千牛，李承乾让他多次带侯君集进入东宫，向他咨询如何自保的办法。
侯君集认为李承乾劣弱，想要乘机谋反，于是就帮助李承乾暗中图谋不轨，曾经举着手对李承乾说：“这是双好手，应当被您使用。”
等到李承乾谋反之事败露，侯君集也被拘捕，贺兰楚石又到朝廷告知此事。太宗亲自审问说：“我不想让那些办案的文吏来侮辱你，所以我亲自审问你。”侯君集无言答对。
太宗对侯君集说：“和你永别了，从今以后，只能看到你的遗像了!”因此哽咽落泪。于是在十字路口杀了他，查抄了他的家产。
侯君集临刑的时候，颜色不改，对监刑将军说：“我侯君集难道是反叛的人吗?只是失误受挫到了这个地步!然而，我曾经做过将领，灭了两个国家，也还有点小功劳。请替我向陛下求情，请陛下能为我留下一个儿子，将来能为我守孝扫扫墓，上上坟吧。”
因此皇帝特赦他的妻子和一个儿子的死罪，流放到岭南。
（本章完）
