日本征服的社会影响是深远的。所有的荷兰官吏都被撤职，和荷兰平民一起被拘留起来，共计六万多人。荷兰官吏由日本人接替，这些日本人主要来自日本本土、朝鲜和福摩萨。在1945年，有二万三千多名日本人受雇于日本军政监部。爪哇人和其他土著居民大都只限于担任军政监部内的低级职位。少数允予担任较高职位的人员，身边都有日本顾问。象在马来亚一样，日本人严厉地打击在爪哇人数相当多的欧亚混血种人，日本人怀疑和讨厌他们，认为他们是保持西方影响的祸根。很多人被监禁或拘留，其余的则遭到严密的监视。后来，这种严厉的对待有所改变，因为日本人发现欧亚混血种人对他们是有用的。广大的华人也受苦很深，那些有亲重庆嫌疑的人由宪兵队加以处理，而一般的华人则被强迫加入那些支持日本人以及日本人在中国建立的政权的组织。
日本的教育政策按照它一贯的方针进行。和在其他日本占领地区一样，所有的学校起初都被关闭了，后来又重新开办。课本和课程经过修订，以灌输反西方、亲日本和泛亚主义的思想。禁止使用荷兰语，而以日语和印度尼西亚语（马来语的变种）为官方语言。建立了图书检查制度，报纸和电台则置于日本人的控制和操纵之下。对收听盟国广播和散布所听到的任何消息的人，规定处以死刑，而且经常如此执行。
这样，东印度群岛的土著居民看到了旧的社会秩序被推翻了。尽管他们自己也受压迫，如果被怀疑有任何同日本统治敌对的行为就要受到残酷的处理，可是他们看到欧洲人、欧亚混血种人和华人的遭遇更惨，日本人并且怂恿他们把那些人看作外国人和下等人。
在语言方面，由于荷兰语还没有成为东印度群岛的通用语，不象英语那样在马来亚和菲律宾已成为通用语，因此日本人在禁止使用荷兰语这件事上大体上是成功的。但是，正如在东南亚和其他地方一样，日本人企图推广复杂难懂的日语，却收效甚微；尽管如此，若假以时日，结果也许会做得好一些。另一方面，印度尼西亚语作为标准的马来语，在日本占领以前就已经取得了迅速的发展，因为它受到了民族主义运动兴起的推动。因此，日本人不得不利用印度尼西亚语作为唯一立即可用的交际工具。由于这一情况，印度尼西亚语得到迅速的普及，并由于它吸取了各种地区方言的词汇，在一定程度上还吸取了外国语言中的现代术语，因而有所得益。印度尼西亚通用语的这种不断发展，对激发东印度群岛各土著民族要求统一的觉悟，以及在使“印度尼西亚语”一词具有比一般概念更为丰富的含义方面，起了重要作用。
日本统治的其他特点，也有助于产生日益高涨的要求统一的觉悟。军政监部的集中统一，对减少地方独立性是有效的。同时，日本人派来的大批官员中，很多人尽管经过担任行政官员的良好训练，但是他们并没有关于东印度群岛的经验和知识。其中许多人表现出来的无知、无能和腐败，使印度尼西亚人感到吃惊，因为他们原来指望日本人会比荷兰人高明些。
结果是，隶属于日本人的印度尼西亚人，由于具有对自己的国家、语言和人民方面的知识，实际上已能行使很大一部分实际权力。这就使他们有了自信心，也使他们受到一些训练，为今后完全掌握政权作了准备。日本反对荷兰人和其他西方人的宣传，在日本取得了战争胜利的业绩鼓舞之下，很快受到了欢迎；可是，日本人把自己的国家描绘为亚洲的保护者、亚洲的领导者和亚洲的曙光等等所作的努力，却因经常发生的日本警察、军人和官吏所表现的残暴、腐败和无能而大受损害。
