随着大汉帝国主力兵团的陆续南下，临近省份的不断被占领，台湾军终于无法坚持下去，尽管郑经依旧对那座龙蟠虎踞的古城恋恋不舍，但时不我与，在战争形势如此明朗的情况下，还与林风进行南京会战的话，那也未免太过愚蠢了一些。
其实，如果就军事布置而言，在南京战场台湾军未必没有一拼之力，汉军总参谋部在一块的布置显得相当轻蔑，汉军南下的几个主力兵团沿着长江一字排开，呈梯队态势渡江，正面非常宽广，兵力非常分散，信心极度高涨，似乎在汉军面前，已经没有什么值得重视的对手了。
就算在南京城下，与台湾军主力作战的部队也仅仅不过只有两个军，总兵力不过三万多人而已，就兵力而言，双方几乎数量相当，甚至台湾军还略占优势。
不过还没等犹豫万分的郑经下定决心，沿着京杭大运河迅速南下的马英兵团就彻底打消了台湾军的最后一丝幻想。
紧跟着皇帝南下的脚步，公元一六八九年三月初，汉中原兵团都督马英集结了五个军近七万大军，于徐州誓师出征，沿着京杭大运河，以骑兵第六军、骑兵暂编第十四军为主力中军，以步兵第十一军为左翼、步兵暂编第十六军、暂编第十七军为右翼，水陆并进，铺天盖地席卷而来，瞬间占领了苏北全境，至三月中旬时，最前锋的骑兵部队，甚至已经开始窜扰到镇江府城，对驻扎在南京前线的台湾军的后勤补给线造成了严重威胁。
在这种近乎半包围的状态之下，战斗已经彻底失去了意义，即使台湾军能够击败当面的瑞克兵团，那也不能挽回局势了，于是，在马英的中原兵团还没有赶到战场位置之前，郑经果断下令全军撤退。
一六八九年四月初，台湾延平郡王所属四万大军沿着长江徐徐东撤，分别于镇江、苏州、通州登船，经上海县走海路撤出大陆，分两路返回台湾、福建。
讯息传出，整个江南一片沸腾，父老百姓奔走相告，千万人悬在胸腔的心脏落下地来，台湾郑经军的撤退，这就已经标志着江浙的和平，至少，长江中下游是再也不会发生大规模的战争了。
被世人遗忘在角落里的南京守军尴尬异常，随着近一年的战火岁月，南京城已经憔悴了很多，在战争之前，这里还是人口超过百万的大城，但是现在，全城百姓加上守城的军队，却连五十万人也不到了。
负责守卫南京的伪清部队大体上可以划分为三个部分，一部分是正儿八经的八旗部队，包括原本就守备江南的八旗驻军很自北方开来跟随简亲王喇布进攻吴三桂的京城旗兵，总兵力约莫一万六千人左右；另外一部分就是汉人伪军部队，这一部分军队人数不少，约莫三万四千人左右；最后剩下的一部分身份最为模糊，其中有汉人也有其他民族，正式的名称叫做“包衣”，是依附于八旗兵存在的奴隶部队，这一批伪军就感情上讲，比汉人伪军跟亲近八旗部队，而且地位也较之为高，其总兵力约莫三千多人。
这支总兵力约莫五万人的军队，就是清政权在中国南方地区唯一仅存的武装的力量了。和其他地方没有任何不同，在满清王朝分崩离析的最后关头，这支部队的战斗欲望和战斗意志也降低到了历史最低点。
从去年八月台湾军发动大陆攻势开始，当郑经统率大军进抵南京城下时，城内的伪清大军就立即开始了动摇和分化，其中隶属于简亲王喇布直接指挥的那一直八旗子弟兵主张坚决抵抗，提出“战至最后一兵一卒，以全大清之疆域、慰列祖列宗在天之灵”——这个主意在伪绿营汉军看来简直就是发疯：大清的疆域在哪里？！出了这道城门，外面还有大清的疆域么？至于什么“列祖列宗”大伙倒是非常熟悉，走出军营拐个弯，随便找个“专卖古玩字画”的铺面就能买到，从努尔哈赤开始直到康熙，一个不少，而且个个生动活泼，所以对他们要说“仰慕之心”那倒也不是没有，但要是为他们去和别人拼命，那就大可免了。
