不过，此时踌躇满志的克伦威尔此时并不想砍掉国王的脑袋，他希望英格兰走君主立宪的道路，让国王成为名义上的君主，而由议会来掌握实权。虽然此时查理已成为议会的俘虏，但是议会军统帅克伦威尔谒见查理时仍然毕恭毕敬，以臣下谒见国王的礼节吻国王的手。查理一世也像在台上一样，宽宏大量地表示，将来要封克伦威尔为伯爵。
不幸的是，革命刚一成功，议会里就因为宗教和利益之争产生了矛盾。囚禁中的查理遂产生利用矛盾里应外合打击议会军的想法，他私下里与爱尔兰密谋串通，企图拖逃。王后也在欧洲大陆招兵买马，准备反攻倒算。于是，1648年，议会与国王的第二次内战爆发了。
经验丰富、兵多将广而又粮饷充足的克伦威尔早有准备，可怜的王军还没有准备好，就被克伦威尔主动出击，各个击破了，随着这年8月最后一支支持英王的苏格兰军队在普雷斯顿战役中被消灭，第二次内战在很快就结束了。
这次等待不幸的查理一世的不是克伦威尔的晋见，而是死神的亲吻。克伦威尔对伯爵的头衔已经没有兴趣了，他感兴趣的是国王的脑袋。
克伦威尔：他们有呼吸的自由
革命是自由的儿女，却是专制的父母。
国王被砍掉脑袋后，用暴力建立起来的政权只能用暴力来维持，克伦威尔先生用他一生的奋斗经历为我们证明了这个道理。
历史的大变局注定不可能在一朝一夕间完成，将国王送上了断头台的英国革命产生了一个意外的结局：革命因反抗一个人的专制开始，却以另一个人的专制结束。革命推翻了一个旧体制，却没有建立一个有效的新体制。
护国主克伦威尔成为一个没有国王名号的“国王”，掌握了兵权的克伦威尔形成了新的**，议会于1653年再次被解散。克伦威尔死后，被解散的议会与逃亡在荷兰的查理一世的儿子达成了协议，落难国王的儿子答应恢复议会传统的权力，给英国带来秩序和稳定。
于是，查理二世回到了英国，这一年是1660年。
克伦威尔专政
查理一世被处死后，英格兰建立了共和国，国家行政大权临时由克伦威尔任主席的国务会议掌握。但是，效忠国王的势力并没有消失，就在克伦威尔以“叛国罪”的名义将查理一世送上断头后，仅仅过了一个星期，苏格兰议会就宣布拥立查理一世的儿子查理二世为国王，并且准备出兵讨伐英格兰。
克伦威尔先生来了个先下手为强，在消灭了爱尔兰王党分子的威胁之后，迅速移师苏格兰，不久就攻占了苏格兰首都爱丁堡，消灭了苏格兰军队，查理二世逃往法国。克伦威尔占领了整个苏格兰，从此，他获得了“常胜将军”的称号。
1653年，内战以保皇派被彻底粉碎而告终。
虽然国王的幽灵被驱散了，但是议会没高兴多久，就发现它的日子也开始不好过了。
在多年的战争中，军队逐渐成了一个新的利益集团，它对坐在那里对它指手画脚的议会十分反感。军队的暴力是它的权力的基础，军队想自己制定税则收税，以使自己有固定的收入，但是军队发现议会成了它的绊脚石。
可怜的议会经过多次清洗，早已成为“残缺议会”。但是作为军队利益化身的克伦威尔还是不放过这个倒霉的机构，终于，议会遭到了新一轮洗劫。
面对不合作的议会，克伦威尔派兵守在议会门口，将一百四十多个长老派议员赶出议会。经过这次洗牌，议会仅仅剩下了大约九十名议员，以后又减少到五六十人，于是，“残缺议会”有了一个新名称：“臀部议会”，历史上称之为“残余议会”。但是，就连这个议会也不肯与克伦威尔合作。
1653年4月，克伦威尔干脆一不做二不休，亲自率兵入院解散议会。他对议员们说：“离开，我说，让我们来把你们的事儿都了了。以上帝的名义，走吧！”当可怜议员们派人向克伦威尔要求“自由”时，克伦威尔带着讥讽的声调说：“他们有呼吸的自由！”
