袁崇焕想要杀掉毛文龙的计划不但没有成功，反而将自己逼到了进退两难的境地。无奈下当机立断，火速派人将毛文龙手下的将领召集到一起，并当场宣布毛文龙一十二条罪状。分别是：第一，兵戎重任，祖制非五府官不领兵，即专征于外，必请文臣为监。文龙夜郎自雄，专制一方。九年以来，兵马钱粮，不受经、抚管核，专恣孰甚！一当斩！第二，文龙自开镇来，一切奏报，有一事一语核实否？捕零夷，杀降夷，杀难民，全无征战，却报首功。刘兴祚忠顺奔来，止二十余人，而曰率数百众，当阵捉降，欺诳孰甚！二当斩！第三，文龙刚愎撒泼，无人臣礼。前后章疏，具在御前。近且有“牧马登州，取南京如反掌”等语。据登莱道申报，岂堪听闻？大臣不道，三当斩！第四，文龙总兵以来，每岁饷银数十万，无分毫给兵，每月止散米三斗五升，侵盗边海钱粮，四当斩！第五，皮岛自开马市，私通外夷。五当斩！第六，命姓赐氏，即朝廷不多行。文龙部下官兵，毛其姓者数千人。且以总兵而给副、参、游、守之札，不下千人。其走使、舆台，俱参、游名色，亵朝廷名器，树自己爪牙，犯上无等。六当斩！第七，由宁远回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其银九百两，没其货，夺其舡，仍禁其人，恬不为怪。积岁所为，劫赃无算，躬为盗贼。七当斩！第八，收部将之女为妾，凡民间妇女有姿色者，俱设法致之，或收不复出，或旋入旋出。身为不法，故官丁效尤，俱以虏掠财货、子女为常，好色诲**，八当斩！第九，人命关天。文龙拘锢难民，不令一人渡海，日给之米一碗，令往夷地掘参，遭夷屠杀无算。其畏死不肯往者，听其饿死岛中，皮岛白骨如山。草菅人命，九当斩！第十，疏请内臣出镇，用其腹爪陈汝明、孟斌、周显谟等，辇金长安，拜魏忠贤为父，绘冕旒像于岛中。至今陈汝明等一伙，仍盘踞京中。皇上登极之赏，俱留费都门，是何缘故？交结近侍，十当斩！第十一，奴酋攻破铁山，杀辽人无算。文龙逃窜皮岛，且掩败为功。十一当斩！第十二，开镇八年，不能复辽东寸土，观望养寇，十二当斩！
袁崇焕历数毛文龙十二大罪状后，随即宣布革除毛文龙一切官职，并下令辽东各地进行缉拿。随后向东江各官等问道：“毛文龙的罪状可明否？”各官唯唯，没人答话。又问众兵，同样也唯唯无辞。只有几个毛文龙门下私人，称其数年劳苦。袁崇焕当即厉声斥责道：“毛文龙此人不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆，官至都督，满门封荫，酬劳足够了吧！而他竟然敢欺骗圣上，欺骗朝廷，简直是无法无天！我们要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日毛文龙见机不妙，逃之夭夭，正说明他做贼心虚，心怀叵测。来日如抓到他，定要将他粉身碎骨！”
接下来，袁崇焕开始着手整编毛文龙所属军队。对毛文龙的部众，进行核查整编。将水陆共计四万余众官兵分为四协，每协一万人，并将毛文龙的印与剑、以及东江的军政大权，令副将陈继盛代管。随后分赏东江官兵，将带来的饷银10万两，分给各岛官兵。以此安抚军队。并遣散无辜民众，安抚各岛军民，释放狱中无辜，以此来收买人心。最后移咨朝鲜国王，并向朝鲜国王李倧通报了此事。
袁崇焕处理完东江事后，于六月初九，扬帆回航宁远。并立即奏报崇祯。
袁崇焕剥夺东江总兵毛文龙军职，并整编他手下四万军队一事，很快传到了京师，立时在朝廷上激起了轩然大波。要知毛文龙成名已久，也算是一方的封疆大吏了。袁崇焕虽然身为兵部尚书兼蓟辽督师，但如此重大的行动事先应禀报朝廷后才能做处理，他这样仓促的动作将之逼走并夺人兵权显然有些说不过去。当下朝堂内议论纷纷，互相讨论袁崇焕此举究竟是同室操戈，还是为民除害！一时间众说纷纭。
