花山谜窟的谜团在于不同于国内外其他著名石窟，它不是天然溶洞，而是人工开凿的，目前已发现石窟多达36座、遗址区面积达7平方公里，如此大规模的人工开掘石窟，又处在新安文化的中心地带，居然在历史上沒有任何信息记录，另外，石窟的开掘年代、用途、石料去向、持续时间、开掘者身份等谜团至今未解，
花山谜窟谜团众多，带來了各种猜想，目前仅就为什么开凿如此大规模的石窟，相对比较成熟的猜想就有20多种，
越王勾践伐吴的秘密战备基地说，是目前对石窟形成时代最悠久的一种猜想，公元前494年到公元前473年，越王勾践“十年生聚，十年教训”，《史记》载，伐吴越军总数为49000人，全在外秘密训练而成，
屯兵说，据《新安志》载，东汉时期，孙权为铲除黟、歙等地山越人，派大将贺齐屯兵于溪水之上，后改新安江上游这些水域为“屯溪”，这也似乎印证了花山谜窟是贺齐屯兵和储备兵器弹药的地方，
十三陵说 ，花山迷窟的石料采用木排载运，沿新安江至杭州入京杭大运河，直抵北京，用作修建十三陵的石料，这种说法的主要根据是：在明定陵地下宫殿石壁上有“石料來自徽州，木料來自柳州”的铭刻，不过根据地质学家勘定，这种说法已经被否定了，原因是：明定陵所用石料均为汉白玉和花岗岩，而屯溪石窟石料均为红麻石、白麻石，两地石料材质截然不同，
另外还有徽商屯盐说、采石场说、皇陵说、花石冈说、晋代说、临安造殿说、方腊洞说，九黎氏部落说、青铜器工具说、外星人建造说等等，这许多猜想都言之凿凿，不过都因为花山谜窟毫无史料记载而难成定论，所以花山谜窟到现在依然是难解之谜…… ”
因昨晚陆大川问我时，我含糊其辞，他背教科书一样对我说得特别详细，而自他提到北纬30度后我也听得特别仔细，听完后也明白了他为什么要这些详尽地告诉我这些，他在怀疑花山谜窟是大脑袋他们开凿的，而从石窟中开凿出來的大量不知所踪的石料就是亚特兰蒂斯岛上倒金字塔和困住众多妖物魂魄的那座巨大的城池修建材料，于是开口问道：“红麻石、白麻石是什么样的石头。”我记得很清楚，当时看见古城的第一眼便发现城池上的石砖和周围的洞壁不是同一种石质，不过由于地质学知识的匮乏，我对不认识的石质一律称为普通山石，而颜色清淡一点的便称为青石，
陆大川想了一会说：“好像是，不过特征并不明显。”
“别好像呀，如果真是谜窟是大脑袋他们开凿的，开凿出來的石料被他们从咱们出來的那条河中运到了地底就确定无疑了。”
“当时那种情况，我哪有心思是仔细研究那些石头。”
“说的也是，当……”
“咚咚，。”这时门外传來两声响亮的敲门声，
