六月十六日早朝，宫中传出话来：”有旨，召内阁、五府、六部众至。”高拱兴高采烈，以为将颁布驱逐冯保的诏旨。张居正则面色如水，心中有数。到会极门时，太监王榛（zhen）已捧圣旨出，说：”张老先生接旨！”接下来宣读：”今有大学士高拱专权擅政，把朝廷威福都强夺自专，通不许皇帝主专。不知他要何为？我母子三人惊惧不宁。高拱著回籍闲住，不许停留。”这一段话，可惊得高拱面如死灰，汗下如雨，浑身瘫软，伏地不能起。第二天，高拱坐着一辆骡车离开京城，由于仆婢都逃逸了，身上没多少钱，只能到一些小店里吃饭。一直到了良乡，才得到张居正为他请来的驿传勘合，可以坐着政府的驿传还乡。高拱一走，高仪也坐不住了，惊得呕血三日而亡。至此，三位内阁顾命大臣中只剩下张居正一人，担当辅弼小皇帝的重任。从此以后，万历朝的前10年，小皇帝的生活基本上是受三个人的规范：一个是自己的母亲慈圣李太后，一个是司礼监掌印太李太后像监冯保，一个是内阁大学士张居正。
神宗需要侍奉两位母亲。一位是嫡母仁圣皇太后，即原来穆宗的皇后陈氏；一位是生母慈圣皇太后李氏。仁圣皇太后体弱多病，不能生育，却很疼爱小皇帝。据说，小皇帝还是太子的时候，经常去皇后那里玩。陈氏每次听见太子跑的鞋声，就非常高兴。所以，神宗虽然尊崇自己的生母李氏，即改变过去皇帝生母只称”徽号加太后”的惯例，为李氏加”皇”字，称”慈圣皇太后”，但是，对于嫡母仁圣皇太后始终非常尊敬，一视同仁，备极孝心。当时人称神宗之孝顺，乃”古今帝王之孝所稀有也”。比起他的祖父世宗以宫廷逼仄的理由勒令孝宗张皇后迁居于宫城幽僻之地来，神宗显然是有情有义得多。不过，小皇帝的监护人主要还是生母慈圣皇太后。慈圣皇太后生性淳朴善良。
例如，她虽然母以子贵，但是对于仁圣皇太后却非常恭敬。万历九年（1581）她为女儿寿阳公主选驸马的时候，面对侯拱宸等三位候选人，唯独选择了衣冠朴素、战战兢兢的侯拱宸，还说：”此子浑朴不雕，真我家儿也。”对于儿子，慈圣太后也一心想让他成为一个有为之君。据说，太后”教帝颇严”。每次万历小皇帝不读书，李太后就命令皇帝跪在地上。要上朝的一天，五更时分太后就到皇帝睡觉的地方，叫他起来，命太监们把小皇帝扶起来，为他洗脸，催他上驾。有一次，小皇帝在宫中喝多了一点酒，命内侍唱歌。内侍回答说不会唱。小皇帝大怒，说内侍竟敢抗旨，拿起剑就刺，在左右的劝解下，小皇帝玩耍般地割了两个内侍的头发，算是将他们”斩首”了。
这件事传到了慈圣皇太后的耳朵里。太后非常生气，命小皇帝在地上跪了很久，历数他的过错。小皇帝吓得涕泗横流，请求让他改正错误。这事才算了结。还有一次，皇帝在太监孙潞王”中和琴”、客用的引导下喝了酒，受二人的引诱将冯保的两名养子打伤，又骑马直奔冯保的住所。冯保被吓得只能抱起巨石撑住大门。第二天，冯保将此事禀告太后。慈圣皇太后立即换上青布衣服，不带首饰，命召阁、部大臣，要谒告太庙，将万历小皇帝废了。小皇帝吓坏了，赶紧前去请罪。太后说：”天下大器难道就是您可以继承的么？”意思是要改立神宗的弟弟潞王。神宗跪在地上哭了多时，皇太后才肯宽恕。
慈圣皇太后与太监冯保都喜欢书法。所以，神宗很小的时候书法就极为工整。冯保在宫中，被皇帝称作”伴伴”、”大伴”。万历小皇帝对于冯保非常畏惧。每次万历小皇帝与小太监玩的时候，看到冯保来了，就正襟危坐，说：”大伴来了。”冯保的职责不但是对皇帝实行一般的教育，有时还要代皇帝朱批。因此，他与张居正之间的联系要紧密一些。实际上，正因为内有冯保，外有张居正，万历初年的新政才能顺利地推行。大臣与宦官勾结，本来是一件极让人痛心的事情，但是，对于一心为国的张居正来说，对于整个国家来说，未尝不是一件好事。
张居正（1525～1582），字叔大，号太岳，湖广荆州府江陵人。他比较喜欢禅学，又曾自号张居正像太和居士。他对于佛教华严宗的《华严经》很感兴趣。万历元年（1573），他在写给一位朋友李中溪的书信中说道：”前年冬，偶阅《华严》悲智偈，忽觉有省。即时发一弘愿：'愿以深心奉尘刹，不于自身求利益。'”其实，万历元年（1573）至万历十年（1582）的10年中，辅弼小皇帝的张居正倒确实是全心地为朝廷办事。应当来说，佛教华严宗的献身精神，造就了后来”工于谋国，拙于谋身”的张居正。
