郑贵妃是神宗最宠爱的妃子。她在14岁的时候就成为19岁的神宗的宠妃。据说，郑贵妃不但有闭月羞花的美貌，而且聪明机警，喜欢读书。她敢于毫无顾忌地挑逗、嘲笑神宗，同时又能倾听皇帝的诉苦。可以不夸张地说，她是精神匮乏的神宗的精神支柱。她为皇帝生下了两个孩子。其中，皇三子朱常洵最为神宗所喜爱。在神宗内心深处，肯定希望由朱常洵继承他的皇位。但是，神宗同时也深知这样对于继承规则的破坏，可能会产生严重的后果。所”天潢演派”玺（寿山石）以，他一直在犹豫，借口皇后还年轻，说不定能生出一个嫡系的皇子出来。在这种犹疑中，受伤害最大的无疑是皇长子朱常洛。
朱常洛生于万历十年（1582）。母亲王氏是一名普通的宫女，平时在慈宁宫侍候慈圣皇太后。有一次神宗去慈宁宫探望慈圣太后，索水洗手，私下里宠幸了王氏，并赏了她一副首饰。此事虽然有随侍的文书房宦官记载于《内起居注》上，但是，神宗觉得自己与一名宫女发生关系很不光彩，便秘而不宣。一天，太后问起此事，神宗沉默不语。太后命人取出《内起居注》，让他自己看。神宗面红耳赤，静候太后的发落。太后说：”我老了，还没有孙子呢，如果生个男孩，也是宗社之福呀，有什么忌讳的！母以子贵，分什么贵贱等级？”于是，万历十年（1582）六月，有孕在身的王氏受封为恭妃。两个月之后，就生下了皇长子朱常洛。但是，恭妃王氏始终没有受皇帝的宠爱。
因此，恭妃王氏带着皇长子，僻居别宫。等到万历十四年（1586）正月郑贵妃生下皇三子朱常洵，就立即引发了大臣们觉得不能掉以轻心的问题。首辅大学士申时行请求立即册立东宫太子，但是皇帝以朱常洛年纪还小拒绝了。接着，皇帝决定将淑嫔郑氏的地位提高为皇贵妃。贵妃在宫中，地位仅次于皇后了。这样，生育皇长子朱常洛的恭妃在地位上反居于郑贵妃之下。这一下，更引起了大臣们的警觉。因为，按照子以母贵的说法，皇三子朱常洵的地位反而要高于皇长子朱常洛。大臣们纷纷上疏，要求：一，按有嫡立嫡，无嫡立长的继承制度，应册立朱常洛为皇太子；二，郑贵妃、王恭妃应当同时进封。但是，神宗一一驳回。
慈圣太后的过问，应当说遏止了神宗立皇三子为太子的意图。皇长子朱常洛的母亲，本就是侍奉太后的宫女，生下了皇长子后，更受太后的疼爱。一天，神宗去见太大高玄殿习礼亭后。太后问：”外廷诸臣多说该早定长哥（宫中呼太子为长哥），如何打发他？”神宗道：”他是都人（宫中呼宫人为都人）的儿子。”太后怒道：”你也是都人的儿子。”慈圣太后，本来也只是一名宫女，后来进了裕王府，才生下了朱翊钧。这一说，多少让神宗有所感悟。在另一方面，恭妃王氏对皇长子的约束甚严。从出生到十多岁，皇长子都是随母亲一同起居的。所以，当万历二十二年（1594）郑贵妃诬陷皇长子与宫女有染已非童贞之身时，恭妃王氏恸哭，说：”十三年与我儿同起居，正为此也，果有今日。”因此，朱常洛在未立太子之前，始终行动循规蹈矩。
另据文秉《先拔志始》记载，神宗曾经与郑贵妃一同去紫禁城西北角的大高元殿行香。其间郑贵妃要万历皇帝立下誓约--立皇三子朱常洵为太子，并将誓约藏于一个玉盒之中，交付郑贵妃保管。后来，神宗改变了立朱常洵为太子的念头，命人去郑贵妃处取回玉盒。玉盒表面如故，揭开一看，誓约上所写的誓文腐蚀殆尽，只余一张白纸。这让神宗感到非常害怕，从此也就决意立朱常洛为太子了。其间，三王并封、皇太子出阁讲学等事情，神宗与朝臣之间有过不少的争议和冲突。但是，一切的局势倒还是向有利于朱常洛的方向发展。
万历二十九年（1601）十月，朱常洛正式立为太子。然而，皇三子朱常洵仍未离京之国，宫廷中的明争暗斗仍然继续。
