万历十七年（1589），■拜以副总兵致仕。儿子■承恩袭为指挥使，充巡抚门下旗牌官。■拜私下里蓄养了一批奴仆，组成一支苍头军，见明军兵马不整，就有反叛之心。万历二十年（1592）二月，■拜与结义兄弟刘东■同时发难，杀宁夏巡抚党馨，缴去总兵张维忠的印信。刘东■自任总兵，■承恩为副总兵，■拜为谋主，扯旗反叛，企图占据宁夏，自为一个割据政权。当时，朝廷对于蒙古的羁靡政策因俺答汗之死，渐渐失控。■拜勾结河套的蒙古骑兵，企图联成一气。明朝总督魏学曾一方面切断河套的蒙古骑兵与■拜之间的通道，一方面围住宁夏。在朝廷李成梁镇守辽东的纪功石坊，神宗命大臣各献平叛之策。当时的兵部尚书石星提出的方案是掘开黄河之堤，以黄河之水灌淹宁夏城，则”一城之人尽为鱼鳖”；御史梅国桢推荐原任总兵李成梁前往平叛；甘肃巡抚叶梦熊请命讨贼。神宗后来对于三种方案竟然都能接受，一方面命叶梦熊赶赴宁夏；一方面命李成梁出征宁夏。李成梁当时在辽东，便命其子李如松前往。
神宗还下命悬赏缉拿■拜等人。到了六月，宁夏城外已经有魏学曾、梅国桢、叶梦熊、李如松等数支大军，由魏学曾统一调度。但是，魏学曾束手无策，力主招安。这让神宗大怒，以为堂堂天朝竟然奈何不了些么小丑，成何体统？七月，神宗在接到监军御史梅国桢的军情报告后，果断地以叶梦熊取代了魏学曾，并将魏学曾逮回京城，并直接部署：”决（黄河）水灌城之谋，毋得异同误事。”既然最高当局已经下令灌城，前方的将领自然再无异议。于是，当初在反对俺答封贡中似乎没有多少远见的叶梦熊，这时显得非常有胆略。他在七月十七日之前，围着宁夏城筑了一道长约1700丈的长堤，将宁夏城围成一个水泄不通的池塘，然后掘开黄河大堤，向宁夏万历十八年绘《河防一览图》城灌水。八月，城中粮食短缺。同时，李如松击败了从河套来援的蒙古骑兵。
九月，明军攻破宁夏城南城。但是，叛军退据的大城依然易守难攻，明军的攻势受挫。这时，一个名叫李登的卖油郎，挑着担子在街上边走边唱：”痈之不决，而狃于痏（wei）；危巢不覆，而令枭止。”监军梅国桢将他请入营中，让他带着三封书信去见■承恩。李登跛一足，瞎一眼，在路上根本就不被人注意。他将一封信交给■承恩，劝■承恩说：■氏有功于朝廷，监军深为可惜，可杀刘东■以自效；接着，李登又去见了刘东■、许朝，劝他们说：首乱是■氏，将军为汉人，何苦代人受过？这个离间计果然成功。九月十六日，刘东■杀土文秀，接着，■承恩杀刘东■、许朝，投降明军。九月十八日，明军进城，剿灭了■拜的苍头军，■拜自杀。■承恩等人被押解京城。至此，宁夏平定。
援朝之战，也是始于万历二十年（1592）。这一年，日本关白丰臣秀吉派小西行长等人领兵20万从釜山登陆。沉湎享乐的朝鲜国王根本就无法抵御，只会频频遣使向明朝求救。消息传来，神宗立即做了三项准备：一，令兵部向朝鲜派遣援兵；二，命辽东、山东沿海整顿军备，小心戒备；三，如果朝鲜国王进入明朝境内，择地居之。但是，当时的兵部尚书石星，确是无能之辈，只派一个游击史儒率少量兵马入援朝鲜。对于20万日军来说，这无异于羊入虎口，史儒战死；随后赶到的副总兵祖承训也只有3000兵马，结果也是仅仅只身逃脱。这两仗的大败，激怒了神宗。于是，神宗命宋应星为经略，从西北前线调回李如松，一齐东征。宋应星贪生怕死，说自己带兵要讲究什么”一字兵法”：用兵一万，要造车360辆，火炮72000门，弓弩27000副，毡牌2000面，弩箭数百万枝，以及火药、火枪之类，要兵部先给他准备齐全，方肯出征。御史郭实于是弹劾宋应星担任经略一职不恰当。宋应星碧蹄馆遗址
