酒色的过度，使神宗的身体极为虚弱。万历十四年（1586），24岁的神宗传谕内阁，说自己”一时头昏眼黑，力乏不兴”。礼部主事卢洪春为此特地上疏，指出”肝虚则头晕目眩，肾虚则腰痛精泄”。万历十八年（1590）正月初一，神宗自称”腰痛脚软，行立不便”。万历三十年（1602），神宗曾因为病情加剧，召首辅沈一贯入阁嘱托后事。从这些现象看来，神宗的身体状况实是每况愈下。因此，神宗亲政期间，几乎很少上朝。他处理政事的主要方法是通过谕旨的形式向下面传递。万历三大征中边疆大事的处理，都是通过谕旨的形式，而不是大臣们所希望的”召对”形式。在三大征结束之后，神宗对于大臣们的奏章的批复，似乎更不感兴趣了。所以，神宗荒怠的情形，还真有前后两个阶段：前一阶段是不愿意上朝听政；后一阶段是连大臣们的奏章也不批复，直接”留中”不发。但是，按照明朝的制定陵宝城度，皇帝是政府的惟一决策者。一旦皇帝不愿处置但又不轻易授权于太监或大臣，整个文官政府的运转就可能陷于停顿。到十七世纪初期，由于神宗不理朝政，官员空缺的现象非常严重。万历三十年（1602），南、北两京共缺尚书3名、侍郎10名；各地缺巡抚3名，布政使、按察使等官66名、知府25名。按正常的编制，南、北二京六部应当有尚书12名，侍郎24名，这时总共缺了近三分之一。到万历四十一年（1613）十一月，南北两京缺定陵方城明楼
尚书、侍郎14名。地方的行政管理，有时必须由一个县的知县兼任邻县的知县。由这样的情形，我们可以想见万历后期政府运作的效率。神宗委顿于上，百官党争于下，这就是万历朝后期的官场大势。官僚队伍中党派林立，门户之争日盛一日，互相倾轧。东林党、宣党、昆党、齐党、浙党，名目众多。整个政府陷于半瘫痪状态。正如梁启超说，明末的党争，就好像两群冬烘先生打架，打到明朝亡了，便一起拉倒。这样的恶果，未尝不是由神宗的荒怠造成的。所以，《明史》对于明神宗的盖棺论定是这样表述的：”论者谓：明之亡，实定陵地宫亡于神宗。”
万历四十八年（1620）七月二十一日，神宗朱翊钧病逝，十月葬于定陵。300多年以后，他的坟墓定陵被发掘。1958年，在考古学大师夏鼐的指挥下，神宗的梓宫（棺椁）被开启。在厚厚的龙袍下面，掩藏着神宗的尸骨。尸骨复原后的结论是：”万历帝生前体形上部为驼背。从骨骼测量，头顶至左脚长164米。”1966年8月24日下午，”地主阶级的总头目”神宗的尸骨被砸烂、焚烧。这位曾经统治中国48年的驼背皇帝，终于化作一缕青烟远去。
光宗朱常洛可能是明代历史中最不幸的皇帝。在他39岁的生命历程中，前20年是不受宠光宗像爱的皇子，后19年过的是战战兢兢的皇太子生活及短暂的一个月的皇帝生涯。他的一生，始终处于宫廷阴谋漩涡之中。他的父亲神宗偏爱他的异母弟福王朱常洵，而他则成为文官政府的官僚士大夫们拥护、推戴的对象。围绕着他和福王，官僚们与神宗进行了长达15年的拉锯战。他被士大夫们视作国家的根本、未来的希望。他也确实在短短的一个月的执政生涯里，曾经令士大夫们欢欣鼓舞，欣欣向治。
对于习惯于生活在皇权之下的明代大夫们来说，皇储是一个国家稳定的象征。皇太子是预备的君主，是国家的根本，可以杜绝旁人对于皇位的觊觎（jiyu）。我们应该还记得，宪宗在儿子朱祐樘6岁的时候就将儿子册立为太子；武宗因为没有儿子，所以就接连出现宗室亲王图谋皇位的叛乱；世宗不立裕王朱载■为太子，皇四子景王朱载圳就始终有着夺嫡的幻想。因此，从万历十四年（1586）起，大臣们与神宗就册立皇太子一事展开了长达15年的拉锯战。许多大臣被生气的神宗罢黜，但是，册立皇太子的呼声却从来就没有间断过，直到万历二十九年（1601）皇太子正式册立为止。
如果没有福王朱常洵，或者如果朱常洵的生母不是受宠的郑贵妃，大臣们也许没有那么敏感。在宫廷的地位升迁中，母以子贵或者子以母贵的可能性都存在。
