十月二十二日，工部主事陆澄源弹劾魏忠贤；十月二十四日，兵部主事钱元■（que）弹劾魏忠贤；十月二十五日，刑部员外郎史躬盛弹劾魏忠贤。直到二十六日，思宗一直不动声色，任由着臣工们攻击魏忠贤的高潮一波胜过一波，中间还得面对魏忠贤的哭诉，依然无动于衷。十月二十六日，海盐县贡生钱嘉征上疏攻击魏忠贤十大罪状：一，并帝；二，蔑后；三，弄兵；四，无二祖列宗；五，克削藩封；六，无圣；七，滥爵；八，掩边攻；九，伤民财；十，亵名器。应当说，钱嘉征此疏并不是空洞的议论，十条罪名大都可以坐实。于是，思宗立即开始行动，召魏忠贤，命令太监当着魏忠贤的面宣读了钱嘉征的奏疏。魏忠贤”震恐伤魄”，立即去找了他的赌友--原信王府太监徐应元，讨教对策。徐应元劝魏忠贤辞去爵位，也许可以保富贵。次日，魏忠贤请求引疾辞爵，得到思宗的允许。
十一月初一日，思宗斥责徐应元，并再次将魏忠贤贬往中都凤阳祖陵司香。然而，魏忠贤是过惯了有权有势生活的人，出京的时候竟然还带着卫兵1000人、40余辆大车浩浩荡荡地向南去了。一个戴罪的宦官竟然还敢如此跋扈，无疑进一步刺激了思宗敏感的神经。于是，思宗接着下了一道谕旨，命锦衣卫旗校将魏忠贤缉拿回京。十一月初六日，在阜城县（今河北阜城）南关的旅舍中，亲兵散尽的魏忠贤孤零零地呆在旅馆里，听着旁边房间里一位书生的《桂枝儿》小曲。只听得”势去时衰，零落如飘草……似这般荒凉也，真个不如死”，魏忠贤在旅馆中绕房疾走，自缢而亡。从此，树倒猢狲散，清算魏忠贤余党的行动也很快就着手进行了。在思宗的一再严厉督责下，崇祯二年（1629）三月十九日，所谓阉党逆案终于定谳（yan）。
思宗能除去魏忠贤，固然说明了明代皇权的至高无上地位，再有权势的宦官，其实只是能借助皇权为恶罢了，很难动皇权分毫。然而，思宗在除去魏忠贤过程中所表现出来的胆略，还是令人钦佩。紧接着钦定逆案，无疑更进一步肃清了魏忠贤的政治影响。这些，都体现了思宗的远见卓识。然而，思宗以一己之力除魏忠贤一事，显然让他对于自己的政治才能产生了过高的估计。他在此后十余年的统治中，事事独断，事事亲为，过度迷信自己的能力。这样，思宗的自信，慢慢地变成了自负，变成了刚愎自用。所以，一方面他成为明代最勤袁崇焕像政的皇帝之一，但另一方面，他的事事亲为却没有收到很好的效果。正如他自己所说，他虽然不是亡国之君，但事事乃亡国之象。然而，崇祯帝之亡国，未必与己无关，如杀袁崇焕一节，即是愚蠢的自毁长城之举。
思宗的多疑，在明代历史中也是有名的。在他即位不久，就曾经有一个名叫陕嗣宗的御史上疏指出思宗的性格中有”五不自知”，其中有一条即”日涉于猜疑而不自知”。在处理袁崇焕问题上，思宗从极度信任逐渐转为极度生疑。
袁崇焕，字元素，号自如，祖籍广东东莞县，落籍于广西藤县。由于是南方人，思宗私下里称他为”蛮子”。明代两广并不是文化发达的地域，所以当地出身的官员倒确有另外一种气质。像出身于广东琼州府（今海南省）的海瑞，也曾经是一代名臣。袁崇焕的才能，体现在军事方面。即使在他被杀之前的一段时间，思宗仍是以为”守辽非蛮子不可”。可以说，他是明末最善于与后金军队作战的明军将领。他是一名文臣，万历四十七年（1619）的进士，却在天启六年（1626）就做上了肩负东北防务重任的辽东巡抚。这充分说明了他的军事才能。曾经向思宗推荐过袁崇焕的官员吕纯如，对袁崇焕就有”不怕死，不爱钱”的评价。”文官不爱钱，武官不怕死”，就足以开出一个太平盛世来。
明代的边将中，不贪财的极少。像万历年间著名的边将谭纶、戚继光，都非常善于敛财。明代的许多次兵变，多半是因为边将的贪财和克扣军饷造成的。因此，袁崇焕”不爱钱，不怕死”的性格，也就决定了他必然能够取得士兵们的拥戴。袁崇焕的军队在明末也就成为最能作战的军队。
从万历四十七年（1619）的萨尔浒之战后，在明军与后金军队的力量对比中，后金军队明显占据优势。幸好宁远一战，袁崇焕用新式武器红衣大炮胜了一次，暂时使辽东战局在天启六年出现转机。但是，袁崇焕很快被魏忠贤罢免。思宗即位，在处理完魏忠贤一事之后，便全力应付辽东战局。天启七年（1627）十一月重新召还了袁崇焕。次年元月，即任命袁崇焕督师蓟辽，兼督登莱天津军务，等于是将辽东的防务全部委托给了袁崇焕。然而仅仅3年过后，崇祯三年（1630）三月十六日的下午，袁崇焕便在京城的西市被凌迟处死，然后传首边关示众。这可说是思宗统治期间最大的冤案。历史学家们对袁崇焕之冤死，有过许多的解释。
