“在殿凡五六十人，痛哭仆地，俱矢随亡，帝曰：”多人不能无生得失，有等任事著名，势必穷诘；有等妻子在任，心必萦系，宜各从便。”御史曾凤韶曰：”愿即以死报陛下！”帝麾诸臣，大恸，引去若干人。九人从帝至鬼门，而一舟舣（yi）岸，为神乐观道士王升，见帝，叩头称万岁，曰：”臣固知陛下之来也。畴昔高皇帝见梦，令臣至此耳！”乃乘舟至太平门，升导至观，已薄暮矣。俄而杨应能、叶希贤等十三人同至。
上面这段文字的真实性的确让人有所怀疑，可谷应泰偏偏讲得栩栩如生，真是令人真假难辨。建文帝到底是自焚而死呢，还是由密道逃离南京？史学家对此各持一说，尚无定论。当年清朝编修《明史》之时，明史馆中诸史臣即对此意见不一。撰写《明史·恭闵帝本纪》的徐嘉炎认为建文帝未死于火，而是逊国外逃。而同在明史馆的著名学者朱彝尊则相信《明实录》的记载，认为建文帝已死于火。于是，正如我们所见，《明史·恭闵帝本纪》便有如下的表述：”宫中火起，帝不知所终。”看来当时谁也拿不出证据证明自己的观点，只好选择这种折中的意见。
现在，随着对建文帝出亡问题研究的不断深入，对史料掌握的不断增多，相信建文帝未自焚而是出亡的人渐多。那么，明成祖朱棣礼葬的是建文帝吗？有人认为当时下葬的并不是建文帝而很可能是马皇后。朱棣在废墟中找到的尸身面目全非，难以分辨真伪。而且，史料没有发现安葬马皇后的记载。还有一点值得注意的是，在明朝中后期竟然没有人知道建文帝葬于何处，可见当时的人也都不认为真的安葬过建文帝，因此不用祭奠扫墓，时间久远就变得无人知晓了。其实，朱棣本人也可能知道礼葬的并不是建文帝本人，但这并不影响举行礼葬仪式，因为只有这样才可以遮蔽天下人耳目，才可以名正言顺地坐上皇帝的宝座。
另外的一个疑点就是城破时没有发现建文帝的长子。当时建文帝有两个皇子：长子朱文奎，7岁，次子朱文圭，2岁。朱文圭，史称建庶人，被成祖幽禁在广安宫，直到英宗天顺年间才被放出来，当时已经57岁了。由于一直被关在宫内，出来时连牛马都分辨不清。然而作为建文帝长子的朱文奎却一直下落不明，《明史》中说”燕师入，七岁矣，莫知所终”。既然朱文奎可以逃脱，没有理由相信建文帝不能出亡。而且，所谓的”靖难之役”长达4年，并非朝夕之间，建文帝有充分的时间准备。朱棣进入南京时，江南、西北、西南、东南等大部分还都不在朱棣的控制之下，建文帝有能力组织有效的反攻。
那么，既然建文帝有可能逊国出亡，他又去了哪里呢？综合各种资料，有如下几种说法：
逊国为僧，云游四方正如《明史纪事本末》记载，建文帝从南京逃出后，带着杨应能、叶希贤、程济两比丘一道，隐名易服，云游天下。学者根据地方志、遗迹、遗址等资料考证，认为建文帝曾流亡于云南、贵州、四川、湖北、江浙、广东等地，《明史纪事本末》说他为逃脱追捕，”西游重庆，东到天台，转入祥符，侨居西粤，中间结庵于白龙，题诗于罗永，两入荆楚之乡，三幸史彬之第”。
