然而天有不测风云，洪武二十五年（1392）四月，年仅38岁的皇太子朱标英年早逝，史称”懿文太子”，这令朱元璋异常伤心。朱元璋制定的嫡长子继承制受到了考验，朱元璋不得不重新选择他的继承人。按照嫡长子继承制，朱标的长子朱雄英是不二人选，可惜他在10年前就死了，这样朱标次子朱允就成为首选。然而朱元璋担心朱允儒雅仁柔，难以担负起治理国家的重任。此外，朱元璋也曾考虑过从几个儿子中选择。二子秦王朱此时最长，但他实在是不成器，荒唐成性。四子燕王朱棣文韬武略，是个不错的人选。一次，朱元璋对几个心腹大臣流露出立燕王的可能性时，翰林学士刘三吾认为不可，”立燕王，置秦、晋王于何地？且皇长孙四海归心，皇上无忧矣。”朱元璋于是下定决心，九月，立朱允为皇太孙。
洪武三十一年（1398），开国皇帝朱元璋病逝，遗诏命皇太孙朱允继位。朱元璋在遗诏中明东陵享殿遗址说朱允”仁明孝友”，这是为史家所认同的。朱允14岁时，他的父亲太子朱标患有重病，身上有个大肉瘤，苦不堪言。朱允尽心伺候，日夜守在身边。朱标去世后，朱允将三个年幼的弟弟接到一起，对他们的饮食起居照顾得十分周到，并没有让他们觉得孤独。朱元璋病逝前，脾气异常暴躁，许多人担心因此遭到祸患，朱允亲自服侍，常常整夜无法入睡，但他也没有一句怨言。生性”仁明孝友”的朱允，21岁的时候被推上了权力的巅峰，承继了朱元璋开创的一统南京明故宫午门天下，改年号为建文。然而，细心的大臣会发现，新君的脸上并没有君临天下的惊喜，更多的则是愁容。是啊，年轻的皇帝面前有两道难解的题目：一是如何改变太祖建国以来形成的动辄杀戮的严峻政治氛围；二是如何解决太祖分封宗藩形成的尾大不掉的局面。也许太祖朱元璋生前并没有想到，外表仁弱的皇太孙登基伊始就开始着手变革他所开创的大明王朝。
建文新政洪武年间，经过太祖朱元璋的整治，当时国家统一，社会安定，经济得到了恢复和发展，吏治较以前大为清明。然而他生性”雄猜好杀”，屡次兴起大狱，动辄杀戮，政治气氛非常凝重，文武大臣人人自危。
建文帝对局势有着深刻的认识，因此继位伊始，就着手改革，改变了太祖朱元璋的一些弊政，史称”建文新政”。
”秀才朝廷”。太祖朱元璋用武力夺得天下，自然而然地形成了右武的局面。洪武时，南京贡院军事衙门大都督府的左右都督都是正一品，都督同知也是从一品，而六部尚书却只有正二品。《大明律》中明文规定文官不许封公侯，因此朱元璋的主要谋士刘基仅仅得封”诚意伯”，而武将得封公侯者甚多，称王者也不少。这种局面下，文官在议论朝政中的地位可想而知。
建文帝有意结束其祖父尚武的政风，大力加强文官在国家政事中的作用。初登大宝之时，他自己确定新年号为”建文”，与乃祖父”洪武”刚好形成鲜明的对照，从中可见建文帝治国方略的改变。他还立即将六部尚书升为正一品，大开科举考试，并下诏要求荐举优通文学之士，授之官职。
建文帝身边几个被委以重任的大臣也是饱读诗书的才子。兵部尚书齐泰，洪武十七年（4）应天府乡试第一，次年进士。太常寺卿兼翰林学士黄子澄，洪武十八年（5）会试第一，与齐泰同榜。翰林侍讲方孝孺是建文帝身边的主要谋士，幼时就以聪敏机警著称，后师从当代名儒宋濂，诗文为时人所推崇。据说后来成祖入南京继帝位时，怪僧姚广孝怕成祖方孝孺像杀他，为之求情，说杀了方孝孺天下读书的种子就绝了。正是因为建文帝所依赖的大臣多为这样的文人，所以人称新朝廷为”秀才朝廷”。
这种情况下，文人获得了比以前更高的政治地位，再也不用担心像洪武朝那样动辄以一言获罪的情况，因此他们胆量也大了，对朝政敢于表达自己的意见，对建文帝忠心耿耿，这也是后来大批文臣甘愿为建文帝殉难的原因。
