第三，朱元璋发明“剥皮实草”的残酷刑法处置贪官。一天，朱元璋在翻阅一批处死贪官的卷宗时突发奇想：百姓痛恨的贪官一刀斩首太便宜了他们，何不采取挑筋、断指、断手、削膝盖等酷刑。他还创造了“剥皮实草”刑法，把那些贪官拉到每个府、州、县都设有的“皮场庙”剥皮，然后在皮囊内填充稻草和石灰，将其放在处死贪官后任的公堂桌座旁边，以警示继任之官员不要重蹈覆辙，否则，这个“臭皮统”就是他的下场。这种触目惊心的举措震慑了一批官员，使他们行为大为收敛。
第四，朱元璋对自己培养的干部决不姑息迁就。为了培养和提拔新力量，朱元璋专门成立了培养人才的国子监，为没有入仕的年轻读书人提供升迁机会。他对这些新科进士和监生厚爱有加，还经常教育他们要尽忠至公，不为私利所动。然而洪武十九年，他派出大批进士和监生下基层查勘水灾，结果有141人接受宴请，收受银钞和土特产品。朱元璋在斩杀他们时伤心的连连叹气。
第五，朱元璋制定整肃贪污的纲领——《大诰》。近两年时间编纂的《大诰》一书是他亲自审讯和判决的一些贪污案例成果的记录，书中还阐述他对贪官态度、办案方法和处置手段等内容。朱元璋下令全国广泛宣传这本书；他还叫人节选抄录贴在路边显眼处和凉亭内，让官员读后自律，让百姓学后对付贪官。
作为开国之君的朱元璋，“人在政举”，借助自己的崇高威望，以极其残酷的法律严惩贪官污吏。其决心之大、力度之强、措施之精确，收到了强烈震慑作用。朱元璋从登基到驾崩，他“杀尽贪官”运动贯穿始终没有减弱，但贪官现象始终没有根除。他晚年只能发出“为何贪官如此之多，早晨杀了，晚上又生一拨”的哀叹。
【清除权臣】
明初，官僚机构基本上沿袭了元朝，朱元璋逐渐认识到其中的弊病，于是进行了改革。
首先是废除行省制。1376年，朱元璋宣布废除行中书省，设立承宣布政使司、都指挥使司和提刑按察使司，分别担负行中书省的职责，三者分立又互相牵制，防止了地方权力过重。
在军事上，朱元璋废除了管理全国军事的大都督府，将其分为中、左、前、后、右五军都督府，并和兵部互相牵制。兵部有权颁发命令，但是不直接统帅军队，都督府掌管军队的管理和训练，但是没有调遣军队的权力。这样，军权便集于皇帝之手。
在中央机构改革的重点是废除丞相制。明初中书省负责处理天下政务，地位最高。其长官为左、右丞相，位高权重，丞相极易与皇帝发生矛盾，明朝时以胡惟庸任相后最甚。
胡惟庸是凤阳定远人，1373年由右丞相升任左丞相。胡门生故吏遍于朝野，形成一个势力集团，威胁皇权。1378年，朱元璋对中书省采取行动。一天，胡惟庸的儿子骑马在大街上横冲直撞，结果跌落马下，被一辆过路的马车压了，胡惟庸将马夫抓住，随即杀死。朱元璋十分生气。十一月又发生了占城贡使事件。占城贡使到南京进贡，把象、马赶到皇城门口，被守门的太监发现，报与朱元璋，朱元璋大怒，命令将左丞相胡惟庸和右丞相汪广洋抓进监狱。但是，两丞相不愿承担罪责，便推说接待贡使是礼部的职责，于是，朱元璋便把礼部官员也全部关了起来。
两相入狱，御史们理解了皇上的意图，便群起攻击胡惟庸专权结党。于是，0年，朱元璋以擅权枉法的罪名处死了胡惟庸和有关的官员，同时宣布废除中书省，以后不再设丞相。
朱元璋以专权枉法之罪杀了胡惟庸后，胡案就成为他打击异己的武器，以致受牵连而被杀者达三万多人，最后太师韩国公李善长也受牵连，77岁的李善长全家被杀。
接着，朱元璋又于1393年杀掉功臣蓝玉。蓝玉是明朝开国大将，被朱元璋封为凉国公。1391年，四川建昌发生叛乱，朱元璋命蓝玉讨伐，临行前，朱元璋面授机宜，命蓝玉手下将领退下，连说三次，竟无一人动身，然而蓝玉一挥手，他们却立刻没了身影。这使朱元璋下决心要除掉蓝玉。1392年的一天，早朝快结束时，锦衣卫指挥使参奏蓝玉谋反，朱元璋随即令人将其拿下，并由吏部审讯。
