是数者，杀人至惨，而不丽于法。踵而行之，至末造而极。举朝野命，一听之武夫、宦竖之手，良可叹也。”此卷记厂卫之事较详，史论甚佳。厂卫为明代刑法中之大事，洪武中行锦衣卫镇抚司狱，末年废罢，至永乐中复置，且立东厂。立东厂事实录中避而不述，是有所隐晦遮掩，《刑法志》颇予详述，此举甚当，亦补《职官志》之所难述。
《艺文志》四卷，出目录学名家黄虞稷之笔。黄虞稷撰有《千顷堂书目》，于目录之学甚为博知。《艺文志序》另出倪灿之手，文中申明本志体例，仅录有明一代名家著述，此与前史不同。“前史兼录古今载籍，以为皆其时柱下之所有也。明万历中，修撰焦竑修国史，辑《经籍志》，号称详博。然延阁广内之藏，竑亦无从遍览，则前代陈编，何凭记录，区区掇拾遗闻，冀以上承《隋志》，而赝书错列，徒滋讹舛。故今第就二百七十年各家著述，稍为厘次，勒成一志。凡卷数莫考、疑信未定者，宁阙而不详云。”
自《汉书·艺文志》、《隋书·经籍志》之修，搜罗历代图书，考其存亡，为目录学整理之大功业。《明史·艺文志》不采用此种修纂方法，专取有明一代之书，似简而实详，确是颇有用心者。然智者百虑，不免一失，如其著录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，以其体例而论，必为误录之书。
《艺文志》四卷，依经、史、子、集排述。一曰经，共十类：《易》、《书》、《诗》、《礼》、《乐》、《春秋》、《孝经》、《诸经》、《四书》、《小学》。二曰史，共十类：正史、杂史、史钞、故事、职官、仪注、刑法、传记、地理、谱牒。三曰子，共十二类：儒家、杂家、农家、小说家、兵书、天文、历数、五行、艺术、类书、道家、释家。四曰集，共三类：别集、总集、文史。其经部收书目九百零五部，史部一千三百十六部，子部九百七十部，集部一千三百九十八部，共计收书四千五百八十九部。虽然并未能将有明一代图书尽收其中，仍不失为一大功绩，而为了解明代目录书籍之不可少者。
列传
基本沿旧史之体例，但亦有其创新之处。《四库全书总目》卷四六《明史》条提要中称：“列传从旧例者十三，创新例者三，曰《阉党》、曰《流贼》、曰《土司》。盖貂珰之祸，虽汉、唐以下皆有，而士大夫趋势附膻，则惟明人为最夥。其流毒天下，亦至酷。别为一传，所以著乱亡之源，不但示斧钺之诛也。闯、献二寇，至于亡明，剿抚之失，足为炯鉴，非他小丑之比，亦非割据群雄之比，故别立之。至于土司，古谓羁縻州也。不内不外，衅隙易萌。大抵多建置于元，而滋蔓于明。控驭之道，与牧民殊，与御敌国又殊，故自为一类焉。”应该说，创设《阉党》、《流贼》、《土司》三类传，确实符合于明史之实际情况，这与诸表中创设《七卿表》有异曲同工之处。明代宦官之干政，虽不及汉、唐诸朝有废立之举，但外廷士大夫屈膝卑颜于阉宦，而成一时之气焰，则为亘古未有。《阉党传》所列四十六人，属刘瑾党者七人，余皆魏忠贤之党。读《阉党传序》可知史馆诸人于明亡之鉴深痛而慨然。然而与《流贼传》相比，其感情又有所不同，所撰《流贼传序》自唐赛儿起义论起，直至李自成、张献忠之亡明，文称：“自唐赛儿以下，本末易竟，事具剿贼诸臣传中。独志其亡天下者，立《李自成、张献忠传》。”其中《李自成传》长达万余言，为《明史》诸传中之最长者。从修史者角度虽主要为后人之鉴，却因此而保留较为丰富的有关记载，而未采取分散于“剿贼”诸臣传中。
