如地理设置，记兰州于成化十三年九月复为州，而实录则记在成化十四年四月复县为州。成都府南江，《明史》作正德十一年置，《大明会典》卷十六记为九年添设。如太仆寺之设置，《兵志》中记为设四十牧监。《职官志》、《大明会典》均作“十四牧监”。《兵志》中之“四十牧监”，系承袭《明史稿》中之误。北畿计丁养马，始行于永乐十三年十二月，实录中有记。《明史·兵志》记作十二年，恐为误以月作年，未经核订之故。
《明史·艺文志》史论颇为推崇，然其中失误之处亦不少，前举所录邓名世《古今姓氏书辨证》四十卷，乃宋人之作，误入志中。再如所著录陈仁锡《周礼句解》六卷，据考体例文字多剽窃猥杂，系坊贾托名，而非出陈仁锡之手。修志人似未睹原书而录。顾起元《说略》亦同此，《艺文志》作六十卷，而顾起元自序记，全书只三十卷，志中误记六十。再如《艺文志》中著录杨慎《墨池琐录》1卷、《书品》1卷、《断碑集》4卷，而遗漏《画品》1卷，估计也是成篇时未及仔细订正之故。
其述史不一之处，尚有表、传之不合。如吴悼王允熥之死，卷一○三《诸王世表》作永乐十三年卒。卷一一八《吴王允熥传》则作“永乐十五年卒”。《宰辅年表》汪广洋，洪武三年左丞。而《汪广洋传》则误记为右丞。李贤天顺元年为吏部右侍郎，则当依《李贤传》为左侍郎。又有志、传不合之处，如《徐光启传》记所进《日躔历指》一卷，《艺文志》作四卷；《通率表》一卷，《艺文志》作二卷。均不合。
此类小疵，不胜枚举。以《明史》三百卷之多，虽经修纂日久，难免有失误之处，众人成书，或有顾及不到，在所难免。而《明史》中真正失漏之处不仅在此，而在其有意隐蔽史实。
清初修《明史》，所以有须隐没之事实，即在于清与明本身之关系。其所隐没者有二：一是隐没清末建国前曾臣于明；二是隐没清入关后南明诸朝廷存在之事实。
清朝的发祥，大概与明朝的建立同时。清以肇祖为追尊入太庙之始。肇祖即童猛哥帖木儿。先袭职为元朝万户，后归明朝，授建州左卫指挥，升至都督。清称都督孟特穆，追尊肇祖。
1赵翼：《廿二史札记》。
据《明太宗实录》所记，明永乐间即有关猛哥帖木儿之记录。近代清史专家孟森（心史）先生曾对清之世系作有考订：“清之初系，为明之建州左卫。始授左卫职之猛哥帖木儿，又因其姑姊妹中，有入明宫为妃嫔者，因内宠之故，至升都督职衔，清实录谓之都督孟特穆。”1建州女真于明代入朝进见、上贡、袭替、改授及与周边之关系活动甚多，但此均清朝发祥后为明朝之臣的明证，为清廷所讳，因此在《明史》中不但不许见建州女真，而且凡是“女真”皆在所讳，“于是女真之服而抚字，叛而征讨，累朝之恩威，诸臣之功过，所系于女真者，一切削除之”。1自古以来，凡于易代之际，以后代修前代之史，关系到新朝与旧朝之处，难免没有曲笔。但是一般来说，大都相涉年代不多，其掩饰之处，读史者也能意会其中缘故，从未有如明朝与清朝这样关系始终，“一隐没而遂及一代史之全部”者。
