按察使司设按察使一人，正三品；副使正四品，佥视正五品，均无定员。其下有经历司经历、照磨所照磨、司狱司司狱等属吏。按察使掌一省之司法，并负责整觞吏治政风，大事与布、都二司会商，报呈抚按，听命于刑部、都察院。按察司副使、佥事分巡各道，举凡有关兵备、提学、抚民、清军、驿传、水利、屯田、招练、监军等均可过问。都指挥使司是一省的军事长官，“掌一方之军政，各率其卫所，以隶于五府而听命于兵部。”（《明经世文编。守令定例疏》）都指挥使为正二品，官品高于布、按二使，凡有三司联名公文，序衔均在二司之上。
府是省以下的行政单位，直隶于布政使司。南京应天府和北京顺天府，直隶于朝廷。各省所属之府自明初改元代的路时即设置。宣德三年（公元1428年），废除交趾布政司后，全国共有一百五十九府。知府僚佐有同知，正五品；通判，正六品；均无定员。推官一人，正七品。知府属吏有经历、知事、照磨、检校、司狱各一人。府下设有吏、户、礼、兵、刑、工六房。知府掌一府之政，举凡狱讼、赋役、教化、考察属吏、仓库、河防诸事，都由知府负责。县是明代的第三级行政区划。明初分县为三等，“粮十万石以下为上县，知县从六品；六万石
以下为中县，知县正七品；三万石以下为下县，知县从七品。已并为正七品。”（《明史。职官志》）全国共有一千一百七十一个县。知县掌一县的刑名钱谷等事，狱讼、治安、征收赋税等均须亲自过问。下设县丞一人，正八品；主簿一人，正九品；还有典史一人。县丞称职者可以升任知县，县丞以下属吏非经特许不得升任知县。
里甲是明代的基层行政单位，以自然村为单位，一百一十户为一里，一里十甲，每甲十户。每里推举丁粮多者十人为里长，每人轮流担任一年，十年一周转。每甲以丁粮多少为顺序，每户在十年中轮流担任一年甲首。城市相应的组织称之为坊，近郊区相应的组织称为厢。里长的行政管理职责是：管理和约束里内人户，检查督促生产，调处本里的民事诉讼和轻微犯罪，催征钱粮等。
明代基层行政组织中具有半公职人员性质的是“老人”，亦即里老。里老由乡民推举，州县政府任命，其职责在明太祖洪武三年颁布的《教民榜文》中作了明确规定。里老主持本乡本里的民事审理和轻微刑事案件审理，凡属婚姻、田土、盗窃、子孙违反教令，以及犯奸、作伪、人命案不愿告官，愿在乡里解决的，可以在申明亭会审，里甲长、粮长参加，里老可以做出裁决，进行调解。
中央：
1.三公三孤
三公指太师、太傅、太保（正一品），三孤指少师、少傅、少保（从一品），另有太子太师、太子太傅、太子太保（从一品）；太子少师、太子少傅、太子少保（正二品），这些均为加官，用来表明受官者的功绩与崇高身份，没有实际权利。
2.六部
吏部、户部、礼部、兵部、刑部、工部，六部各设尚书一人，直接对皇帝负责，尚书之下有左右侍郎（副部长）、郎中（司长）、主事等。
吏部：负责官吏的管理，考核，升迁等
户部：有十三个司，分别管理各地的收支与报销
礼部：主管国家凶吉大典，教育与考试，招待外宾，宴劳功臣等
兵部：管理天下军政（军令由五军都督府管理）
刑部：管理天下刑名
工部：管理建筑、后勤、水利、制造等。
3.督察院
直属于皇帝的监察部门，下设正二品左右都御史、正三品左右副都御史、正四品左右佥都御史，再往下设十三道监察御史，分管每个省的检查工作（明时全国分十三省）。
4.六科
分为吏、户、礼、兵、刑、工六科，每科设正七品都给事中、从七品左右给事中与给事中。
给事中品级虽低，权力却极大，皇帝交给各个衙门办理的工作由六科每五天注销一次，如果有脱拉或者办事不力的，六科可以向皇帝报告。六科还可以参与官员的拔擢、参加御前会议、审理有罪的官员，最为重要的是六科有封还皇帝敕书的权力，即如果对皇帝的旨意认为不妥，可以退回，不予执行。六科给事中与十三道监察御史统称“科道”，属于言官范畴。
5.五寺
五寺是五衙门的简称，包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺、鸿胪寺等
大理寺：相当于今天的法院，是全国最高审判机关，与督察院、刑部构成了著名的“三法司”
