真正的省级地方官是布政使、按察使，再加上武职的都指挥使，后来因为巡按御史常驻地方，负责监察的范围通常是一个布政司，所以也算进去，这些人合称为封疆大吏。他们不是总督、巡抚的下属，而是向六部或五军都督府负责（除了巡按，因为督抚都是都察院的都御史、副都御史，是巡按的顶头上司）.
洪武十三年，朱元璋以宰相胡惟庸谋反伏诛，于是废宰相。秦、汉以降实行一千六百余年的丞相制度自此废除，相权与君权合而为一，明朝早期皇帝大权独揽。但由于国家事务繁多，皇帝无法处理，洪武十五年九月罢四辅官，仿宋殿阁制设内阁。内阁只为皇帝的顾问，奏章的批答为皇帝的专责。内阁大学士一职多以硕德宿儒或朝中大臣担任，只照皇帝意旨写出，称“传旨当笔”。权力及地位尚不如过去的宰相。宣宗时期，由于杨溥、杨士奇、杨荣等三杨入阁，宣宗批准内阁在奏章上以条旨陈述己见，称为“票拟”制度，又授予宦官机构司礼监“批朱”。票拟之法补救可君主不愿面见阁臣之弊。为加强对全国臣民的监视，明太祖还设立特务机构锦衣卫，明成祖又设立东厂，明宪宗再设西厂，合称“厂卫”，由宦官统领。
明朝真正完全控制朝政皇帝的只有洪武永乐两代，尽管如此，明朝却能有276年国祚。其关键点就在于皇权的扩大加上内阁优良的缓冲机制，正统以后的明朝，呈现出君主专制则衰落，内阁掌权则复兴的特点。
主要机构六部
明朝在中央设置吏、户、礼、工、刑、兵六部，与前代相比，明朝最初在每部增加尚书侍郎各一。胡惟庸案之后，朱元璋废丞相之职，取消中书省。六部因此地位得到了提高。每部只设一个尚书，两个侍郎，原有的各科尚书降为郎中。各部尚书和侍郎的官阶也上升。其中以吏部（主管文官升迁）最为重要，户部人员最多。礼部（主管祭祀大典）与工部（主管公共建设）地位较低。
监察机构
太祖尚为吴王时，始置御史台，设左、右御史大夫各一名。洪武十三年，罢御史台。十五年更置都察院，设监察都御史八人。分监察御史为浙江、河南、山东、北平、山西、陕西、湖广、福建、江西、广东、广西、四川十二道，各道置御史三到五名，称为十二道监察御史。监察御史都驻在京师，有事带印出巡，事毕回京缴印。永乐元年，改北平道为北京道。十八年，罢北京道，增设贵州、云南、交阯三道。洪熙元年，称行在都察院。宣德十年，罢交阯道，始定为十三道。正统中，去“行在”字。
六科
六科，负责侍从、规谏、补阙、拾遗、稽察六部百司之事。洪武六年，设给事中十二人，秩正七品，始分为六科，每科二人。洪武二十四年，更定科员，每科都给事中一人，正八品。六科官职品级虽低，然职权很高。他们可以不赞成皇帝的意旨。该制度发挥了一定的改善朝政作用。
五寺
五寺包括大理寺、太常寺、光禄寺、太仆寺和鸿胪寺。大理寺与刑部和都察院合为三法司，其职权与今日之最高法院相似。大理寺的首长称为大理寺卿，九卿之一。其余四寺卿职权较低。太常寺负责祭祀礼乐，隶属于礼部；太仆寺管理马匹，隶属于兵部；光禄寺负责寿宴、进贡等，隶属于礼部；鸿胪寺负责朝会、宾客（外吏朝觐，诸蕃入贡）、吉凶仪礼。
内阁
洪武十三年诛丞相胡惟庸，罢中书省，废丞相等官。在废除丞相后，朱元璋亲理政务，一度深感疲惫，于是设立四辅官来辅佐政事。但这项制度效能不彰。洪武十五年七月被废。十一月，仿宋制，置华盖殿（世宗时改为中极殿）、武英殿、文渊阁、东阁诸大学士，又置文华殿大学士，以辅导太子，明仁宗增置谨身殿（世宗时改为建极殿）大学士。明初，内阁无实权。之后内阁地位逐渐升高，权限逐渐增大，到明世宗时，内阁终跃至六部之上。嘉靖以后，朝位班次，俱列六部之上。自此，内阁成了中央最高决策机构。
厂卫机构
明朝主要的情报机构包括锦衣卫、东厂和西厂，武宗时期还一度设有内行厂。锦衣卫设立于洪武十五年，负责侦查国内外情报，直接对皇上负责，拥有可以逮捕任何人，并进行秘密审讯的权利。在东厂设立后，锦衣卫权力受到削弱。
