此外，《明史》其它部分篇章，也为后人保存了不少可贵的史料，如《刑法志》中对明代特务机构厂卫的叙述等，都有助于后人对这段历史的考察研究。
本纪
共二十四卷，就卷数而论，《明史》本纪所占不足全书十分之一，若以字数而论，则所占不及全书二十五分之一。由此可知本纪在《明史》中所占比例甚小，这是《明史》编纂体例中的一个特点。本纪在纪传体史书中，是以编年形式叙史的部分，《明史》显然是将本纪作为全史之纲，以简明扼要的方式，首列于全书之前，使人在读阅这部史书之时，首先了解到有明一代历史之概况，而不是使人在读阅本纪时便事无巨细尽览尽知。这应该算是《明史》修纂整体设计上的独到之处。
《明史》本纪的另一个特点，是尊重史实，不以明代官定史论为据。如建文帝年号于成祖夺位后革除，其四年实录仅以元、二、三及洪武三十五年，附于《明太祖实录》之后。《明史》中则专立《恭闵帝纪》一卷，甚为得体。再如英宗削景泰帝号，情形与建文事相似，《明史》中亦处理得当。清代史家钱大昕曾论称：“其例有创前史所未有者。如《英宗实录》附景泰七年事，称郕戾王，而削其庙号，此当时史臣曲笔。今分英宗为前后两纪，而列景帝纪于中，斟酌最为尽善。”（钱大昕：《十驾斋养新录》卷九）明洪武中懿文太子朱标，因早逝而未及继位，建文元年（1399）追尊为孝康皇帝，庙号兴宗。成祖夺位后，废其帝号庙号，复称懿文太子。是虽曾有帝号，而未改元登极，故不入本纪，而入列传，但其曾有帝号，亦为史实，又与诸传不同，特于后妃传后，诸王传前立传。与之同列者，又有嘉靖皇帝之父，兴献王朱祐杬。嘉靖中兴大礼议，特尊其父为睿宗兴献皇帝，也属仅有帝号而已。《明史》本纪不列兴宗、睿宗，正与其以本纪为叙述有明一代历史之大纲有关。光宗即位于万历四十八年（1620）八月初一，死于同年九月初一，在位仅一月，未及改元，遂定以是年八月后为泰昌元年。《光宗本纪》于是附于《神宗本纪》之后，未单立一卷，仅以数百字述过，不失为大纲之作。
《明史》本纪虽以时间长短为本，分卷记史，然而又不尽拘泥于此。太祖在位三十一年，本纪则占三卷，因其为开国之君。成祖在位二十二年，本纪则占三卷，虽可称因其夺位登极，事属特殊，则已有轻重之分。英宗二卷，尚可因前后各有年号为由，宪宗二十二年，亦占二卷，世宗四十五年，神宗四十八年，同样各占二卷，庄烈帝十七年，亦占二卷。可见诸人修史，颇以史事轻重叙述，此又符合其立纲之体。总的来看，《明史》本纪，分帝而述，编年记事，又不失为一个整体，笔墨虽少，却完整明了，轻重适宜。《明史》本纪中一大令人遗憾之处是未能给南明诸帝立纪，这是清初政治形势所决定的。清朝官修史书，不仅不可能给南明诸帝立纪，甚至于列传中亦不立传。清初私家修史，妄谈及此，则也难免于“文字狱”之祸。
志之修纂，依照天、地、礼、乐之顺序排述，《天文志》出自汤斌之手。汤斌为清初廉正之臣，于修《明史》颇有所建言。顺治初修《明史》时，他曾应诏陈言，请广搜野乘遗书以修《明史》，且言：“《宋史》修于元至正，特传文天祥之忠；《元史》修于明洪武，亦著巴颜布哈之义。我朝顺治元、二年间，前明诸臣亦有抗节不屈，临危致命者，与叛逆不同。宜令纂修诸臣勿事瞻顾，昭示纲常于万世。”此下于所司，招致冯铨等人攻击，说他“夸奖抗逆之人”，幸亏顺治皇帝赞许汤斌之言，才未因此获罪。至康熙再修《明史》时，汤斌于康熙二十一年（1682）充任《明史》总裁，因此《明史》中本纪、志、列传不少篇出其笔下。但汤斌颇重经学，于天文则非其所长，其所撰《天文志》较为难读。
