唐朝灭亡后，明教继续在民间秘密流传。一些信奉明教的知识分子，修建了许多明教寺院并隐居其中。如建于元代的福建泉州市晋江县华表山麓草庵，就是中国仅存的明教寺院。
宋代农民运动中，特别是在江浙和福建一带，反抗官府的农民所参加的诸多秘密会社中，不少都吸收或渗透了明教的成分，如北宋末年，方腊利用明教组织群众，举行了声势浩大的起义，震动了东南半壁河山。而在《倚天屠龙记》故事所发生的元代，明教仍然以种种形式存在，并相当兴盛。《倚天屠龙记》中所写的明教来源、传入中土以及后来在中国的传播、被禁的情况，与史实基本相符。
波斯总教、中亚教团相继灭亡，中土明教硕果仅存
其实，在摩尼教的诞生地波斯，它的发展也并非一帆风顺，甚至命运还不如在中国的明教。就在摩尼创立摩尼教后不久，波斯的萨珊王朝认为摩尼教威胁到了自己的统治。于是在公元276年左右，波斯国王巴赫拉姆一世处死了摩尼，宣布摩尼教为异教，对摩尼教信徒实行全面迫害。许多教徒不堪其苦，就向东逃亡，一部分教徒加入了在中亚的摩尼教团。
摩尼教团的创始人是摩尼的弟子阿莫大师，在中亚地区颇有影响，后来传入中国的明教，实际上就是从中亚的摩尼教团传来。由于早在公元6世纪，摩尼教团就在撒特·奥尔米兹的领导下宣布脱离设在巴比伦的摩尼教总教会，自己组成中亚教团，总部定于撒马尔罕。因此中土的明教与波斯总教几乎没有什么瓜葛，《倚天屠龙记》中明教隶属于波斯总教的说法纯属虚构。
在中亚摩尼教团独立后不久，波斯的摩尼教就迅速走向了灭亡。当时统治波斯的萨珊王朝与拜占庭帝国进行了连年的战争，但并没有征服后者，反而严重削弱了自己的实力，结果萨珊王朝在公元651年被阿拉伯帝国所灭。
阿拉伯帝国占领波斯全境后，全面推行伊斯兰教，给摩尼教带来了灭顶之灾。中亚的摩尼教团也在穆斯林和蒙古势力的夹击下走向灭亡。这样，到元朝末年，在中国秘密存在的明教反而成了唯一兴盛的摩尼教。《倚天屠龙记》中波斯总教兴师动众地到中土寻找圣女，并最后把张无忌的女友小昭接回去当教主的故事，自然没有历史根据。
不过，小昭常唱的小曲“来如流水兮逝如风，不知何处来兮何所终”倒是正宗的舶来品。该曲出自波斯著名哲学家兼诗人莪默·伽亚谟的诗集《鲁拜集》，只是金庸先生多加了两个“兮”字，便生出无限的意蕴。联想到小昭的离别，更是令人不胜嘘唏。金庸也自称：在《倚天屠龙记》的几位女性角色中，比较喜欢小昭。而小说的结局却是把小昭发配到了早已灭亡的波斯，更是令人感慨不已。
明教弟子朱元璋创立明朝，登基之后取缔明教
波斯总教既已灭绝，中土的明教也未能独秀多久。元朝末年可以说是明教最后的风光时期了。一方面，明教的教义被其他秘密宗教如白莲教吸纳并发展；另一方面，明教自身在下层民众和一些知识分子中不断传播。
因为长期处于秘密状态，明教教名也有了多种别称，除浙江称摩尼教、福建称明教外，淮南称二桧子，江东称四果，江西称金刚禅等。明朝的开国皇帝朱元璋实际上就曾加入过明教。《倚天屠龙记》结尾写到：由于朱元璋靠明教起家，因而国号中不得不带一个“明”字。明朝二百多年的历史，均从明教而来。这种说法，虽然有点牵强，但也有一定的历史根据。
更有趣的是，明太祖朱元璋实际上导致了明教的全面衰落。朱元璋在登上九五至尊之后，由于深知秘密教派的厉害，便下诏严禁白莲教、明教等教派，并把取缔“左道邪术”写进《明律》，用法律形式固定下来。其后，白莲教以各种支派的形式变换名目继续得到发展，明教却逐渐衰落了。到明清之际，明教在中国完全消失了。
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