雍正元年十月，青海发生罗卜藏丹津叛乱。青海局势顿时大乱，西陲再起战火。雍正命年羹尧接任抚远大将军，驻西宁坐镇指挥平叛。
到了雍正二年初，战争的最后阶段到来，年羹尧听从林士行的建议，下令诸将“分道深入，捣其巢穴”。各路兵马遂顶风冒雪、昼夜兼进，迅猛地横扫敌军残部。在这突如其来的猛攻面前，叛军土崩瓦解。罗卜藏丹津仅率二百余人仓惶出逃，清军追击至乌兰伯克地方，擒获罗卜藏丹津之母和另一叛军头目吹拉克诺木齐，尽获其人畜部众。
罗卜藏丹津本人因为化装成妇人而得逃脱，投奔策妄阿拉布坦。这次战役历时仅短短的十五天，大军纵横千里，以迅雷不及掩耳之势横扫敌营，犁庭扫穴，大获全胜。年羹尧“年大将军”的威名也从此震慑西陲，享誉朝野。林士行身先士卒，立下赫赫战功。
雍正对年羹尧宠信优渥，并希望他们彼此做个千古君臣知遇榜样。他对年说：“……朕不为出色的皇帝，不能酬赏尔之待朕；尔不为超群之大臣，不能答应朕之知遇。……在念做千古榜样人物也……不但朕心倚眷嘉奖，朕世世子孙及天下臣民当共倾心感悦。若稍有负心，便非朕之子孙也；稍有异心，便非我朝臣民也！”
意思是说要求世世代代都要牢记年羹尧的丰功伟绩，否则便不是他雍正皇帝的子孙臣民了。由此可见，他对年羹尧的宠信到了什么地步。而年羹尧则在军队中直接赞林士行曰：“吾得弃，方始有今日也！”弃，便是林士行的字，也就是小名儿。
后来年羹尧志得意满，完全处于一种被奉承被恩宠的自我陶醉中，进而做出了许多超越本分的事情，最终招致雍正的警觉和忌恨，以致于家破人亡。雍正二年，年羹尧进京领赏军功，在赴京途中，他令都统范时捷、直隶总督李维钧等跪道迎送。到京时，黄缰紫骝，郊迎的王公以下官员跪接，年羹尧安然坐在马上行过，看都不看一眼。王公大臣下马向他问候，他也只是点点头而已。更有甚者，他在雍正面前，态度竟也十分骄横，“无人臣礼”。也参与了皇家内部矛盾，即整治了皇八子胤?集团的成员阿灵阿，这一点算是触到了雍正的逆鳞。
而此时林士行终究年轻，沉不住气，开始贪图享乐起来，未对年羹尧时时规劝。雍正三年，雍正以俯从群臣所请为名，尽削年羹尧官职，并于当年九月下令捕拿年羹尧押送北京会审。十二月，朝廷议政大臣向雍正提交审判结果，给年羹尧开列九十二款大罪，请求立正典刑。其罪状分别是：大逆罪五条，欺罔罪五条，僭越罪一十六条，狂悖罪十三条，专擅罪六条，忌刻罪六条，残忍罪四条，贪婪罪十八条，侵蚀罪十五条。
众多罪状中应服极刑及斩立决的就有三十多条，但念及年羹尧功勋卓著、名噪一时，“年大将军”的威名举国皆知，如果对其加以刑诛，恐怕天下人心不服，自己也难免要背上心狠手辣、杀戮功臣的恶名，于是表示开恩，赐其狱中自裁。年羹尧父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。叱咤一时的年大将军以身败名裂、家破人亡告终。一个曾经叱咤风云的大将军最终落此下场，实在令人扼腕叹息。
雍正三年四月，年羹尧失宠兵权被夺，在年羹尧调任杭州将军所上的谢恩折上这样批道：“看此光景，你并不知感悔。上苍在上，朕若负你，天诛地灭；你若负朕，不知上苍如何发落你也……”此时林士行终于醒悟过来，雍正这是要对年羹尧下手了。于是劝年羹尧反叛，年羹尧默然久之，夜观天象，浩然长叹曰：不谐矣，始改就臣节！
在年羹尧死的时候，雍正还派人给年羹尧留下一句话：但愿人长久，千里共婵娟。心里其实也是不想杀死他的，但为君者上，为下者忌，却又不得不杀。年羹尧死后，其父兄族中任官者俱革职，嫡亲子孙发遣边地充军，家产抄没入官。林士行感念年羹尧待己之恩，逃离军队，将家小妥善安置了，改头换面，欲潜往宫中刺杀雍正。
