死海文书的解读，让人类知道了经过第二次大灾难后，使徒会一个接着一个相继出现到地球上。正因如此，联合国政府才会花费大量财力物力，将‘第三新东京市’打造成为一个巨大的堡垒，安装了机械底座的大楼能够自由升降，就算是路面也有NeRV指挥中心当中的‘人工智能’电脑控制。
十五年的准备，在NeRV地下的最深处，巨大的十字架上封印着胸口插着‘朗基努斯之矛’的‘莉莉丝’，这个据说能够吞噬世界所有生物，让所有生物从新化为虚无而回归大自然的使徒，就像一个巨大的吸铁石，将降临地球的其他使徒，吸引到‘第三新东京市’这个战场。
十五年的时间，为了‘人类补全’计划，NeRV当中的所有人可谓倾尽全力。为了全人类的生存，不知道有多少人牺牲在了各自的岗位上。
最终，人类的终极武器，eVa终于不负众望战胜了使徒，让人们看到了希望，看到了人类打败使徒这样强大的生物，战胜命运的希望。
NeRV研究所当中所有的科研人员现在干劲十足，在水天使的自爆当中，初号eVa机体大面积受损，虽然碇唯在水天使自爆的一瞬间开启了‘aT’力场，可是没有使徒那蓝色的灵魂支持，初号eVa也仅仅能够保持下了机体的躯干、头部跟操作仓内的碇真嗣这些重要器官，双手、双脚跟身体上覆盖的那些超合金装甲已经被融化掉了。
不过‘莉莉丝’不愧为号称能够吞噬一切的使徒，身体恐怖的繁殖能力十分惊人。就算初号eVa这个‘莉莉丝’的复制体也拥有了这样的能力。四肢逐渐的重新长了出来，NeRV内的所有人便开始重新给初号eVa换上新的超合金装甲。上百米高的初号eVa全身覆盖着将近一百吨重的超合金装甲，可别小看这些金属。这些超合金装甲可是通过铝、镁、钾、钠、钙、锶、钡、铜、铅、锌、锡、钴、镍、锑、汞、镉、铋、金、银等数十种金属熔炼而成，一克这种超合金的价格，跟同等重量的黄金价格等同。着无疑耗费了大量的财力物力。可是在面对人类生死存亡的时候，财力、物力还算得了什么呢？
好像做了一个很长很长的梦一样，黑暗的梦境当中。自己像是迷了路一样的奔跑，那远处的亮光似乎怎么也抓不住，躺在病**的碇真嗣眼皮动了动，黑暗中寻找出口的碇真嗣似乎看到了光亮的出口，睁开眼睛看到的是陌生的天花板，鼻子中嗅到一股消毒水的味道。‘咚咚咚..’有力的心跳。证明自己还活着。“医院么？呼…活下来了！”碇真嗣无力的说道。
抬起手臂看了看笔直的胳膊，试着活动了一下。“没有断？”碇真嗣疑惑的想到，在跟水天使战斗的时候，那股手臂被掰断的痛楚可是清清楚楚的出现在大脑中，明明感觉到，为什么手臂会没事呢？而且在最后时刻。自己冥冥之中似乎听到了妈妈的声音，虽然声音变得十分沙哑，可是妈妈的声音是绝对错不了的。
许许多多弄不明白的东西，让碇真嗣很迷惑，稀里糊涂的被父亲接到‘第三新东京市’，进入到NeRV当中驾驶着初号eVa跟使徒进行战斗，发生的这一切就像是在做梦一般。心里没有成为拯救人类英雄的喜悦，之中只有那能够活下来的庆幸。
‘港湾酒吧’再次回复了往日的热闹，当夜幕笼罩在‘第三新东京市’的上空时，色彩绚丽的霓虹灯装点着这座融合了高科技都市的每一个角落，使徒跟初号eVa这两个庞然大物战斗而造成的废墟，已经在各种工程机械的挖掘下，水天使自爆的方圆十里范围内出现了一个真空地带，十里以外的大楼、房屋，都在爆炸的冲击波当中严重受损。修复工作正在继续，可是能够活下来的希望还是让人们忘掉工作的辛劳。
