从嘉靖四十一年起，至今八次春闱加两次恩科，共十次大比中，三十名一甲进士，琼林派占了六成，七百名二甲进士，琼林派占了五成，两千五百名三甲进士中，也有三成左右……这还是万历皇帝在八年、十一年的殿试中，故意排挤琼林派出身的进士的结果。
对琼林派把持科场，自然有人看不顺眼，一些北方和西南士人便公开说：“孰元孰魁，孰先孰后，琼林已编定无遗人矣”。但无论如何，沈默当初设想借广收门徒，以控制士林、把持科场，最终达到左右政权之目的达到了。
最早的琼林诸子，在万历初年便当上了侍郎尚书，甚至登阁拜相，把持了万历初年的朝政。尽管他们与晋党以及万历皇帝的斗争中纷纷下野，然而他们的首代弟子已经成长起来，纷纷上位接班，继续把持内阁六部、两京各省万历自然不会罢休，他继续斗争，继续把琼林派赶出朝堂，至少赶出北京，眼不见心不烦。据说在东暖阁有一扇屏风，上面密密麻麻写满了琼林派成员名单，每当吏部拟任命官员，万历就让人在上面找名字，没有，通过，有，否决。他希望以这种方式，来渐渐完成对琼林派的清洗，应该说是个很稳健的办法。
然而魔高一尺道高一丈，万历九年留都大会，琼林派成了王门盟主，换言之，全天下的王门中人不管是泰州派还是浙中派亦或是江右派、这种小派别的，都要听其号令。而在两代首辅的强力推广下，天下不信王学的读书人，不是不多，而是凤毛麟角。
就像孙猴子跳不出观音菩萨的五指山，无论万历皇帝用谁，都是琼林派的人。这种挫败，换了谁都受不了，万历皇帝才宁缺毋“琼”索性一个官员也不任命。
其实万历也不是破罐子破摔他这是抱着宁肯朝堂一空、朝政废弛，也要将琼林党人清洗掉的决心。这对琼林派的打击当然很大，至少那些以求取功名为目标的士子，已经打着重振理学的旗号，在与琼林派划清界限了。
但这并不能影响琼林派眼下的鼻盛，不说形同虚设的京城，单说南京六部和地方督抚，基本上都是琼林门下。而北京政权的缺位，使地方官员的权力膨胀迅速基本上各省军政事务，都是由各省督抚自决，所以没有琼林派的默许，任何行动都别想顺利进行。
一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一一、一一一一一一一一一一一口一一一一一一一一一一一一一一一一一其实在留都大会之后，本不该再有琼林派和泰州派之分，然而还未等两派整合完成，万历皇帝便悍然发动了禁毁书院令并宣布泰州派为邪教。当时泰州派要求起事，但琼林派认为各方面时机都不成熟，所以不许。
之后何心隐之死，成了两派关系的转折点，泰州派认为这是琼林派见死不救的结果琼林派也有意与其保持距离，再无合并的可能。只是因为两者早已你中有我，我中有你，才没有使矛盾激化，仍旧保持若即若离的关系。
这次泰州派暗中筹划…长沙起事，于情于理都必须跟身为巡抚的沈一贯事先磋商。对于起事沈一贯并无意见，因为受阉祸打击最大的，正是代表官绅富商利益的琼林派。
泰州派主张像前东在援救何心隐风潮中那样，发动民众、攻击税使、税丁焚烧税务衙门，以激进的手段逼迫朝廷就范。但作为地方政权的掌控者，琼林派不愿看到骚乱不可收拾。他们主张用“工人商人抗捐抗税、士子罢课，的方式和平抗议，然后通过交涉的手段达到目的，不到万不得已，不能采用暴力。
起先泰州派服从了琼林派的意见，发动工人罢工、商人罢市、士子罢课，市民抗租抗税等一系列行动却没有起到预想的效果，因为太监们根本不在乎这天下乱成什么样子，反而民众越是反抗，就越给了他们胡作非为的机会。那引爆事变的导火索—— 两位诸生家眷被强暴之事，就是马堂对抗税领导者的惩罚。
最终导火索引爆炸药桶，泰州派失去了耐心，琼林派也不得不闭上嘴巴，坐视他们主导此次起事。
